+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xjv | |||||||||
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Title | Crystal structure of human thioesterase 2 | |||||||||
Components | S-acyl fatty acid synthase thioesterase, medium chain | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / closed conformation / fatty acid synthase / lipid metabolism | |||||||||
Function / homology | Function and homology information : / medium-chain fatty acid biosynthetic process / : / : / : / Fatty acyl-CoA biosynthesis / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / lipid biosynthetic process / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||
Authors | Ritchie, M.K. / Kridel, S.J. / Lowther, W.T. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2016 Title: Crystal Structure and Substrate Specificity of Human Thioesterase 2: INSIGHTS INTO THE MOLECULAR BASIS FOR THE MODULATION OF FATTY ACID SYNTHASE. Authors: Ritchie, M.K. / Johnson, L.C. / Clodfelter, J.E. / Pemble, C.W. / Fulp, B.E. / Furdui, C.M. / Kridel, S.J. / Lowther, W.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xjv.cif.gz | 139.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xjv.ent.gz | 111.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xjv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xjv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3flbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30599.783 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: OLAH, THEDC1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) References: UniProt: Q9NV23, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 62.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.6 Details: Rod-shaped crystals of TE2 (10 mg/ml with 10 mM fresh DTT) were grown using the vapor diffusion method at 25 C, using a 1:1 drop to well ratio. The well solutions contained 1.64 M NaH2PO4, 0. ...Details: Rod-shaped crystals of TE2 (10 mg/ml with 10 mM fresh DTT) were grown using the vapor diffusion method at 25 C, using a 1:1 drop to well ratio. The well solutions contained 1.64 M NaH2PO4, 0.42 M K2HPO4 and 50 mM HEPES. Crystals were cryoprotected by transfer to paratone. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 24, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.8→24.817 Å / Num. all: 9601 / Num. obs: 9601 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 66.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 113166 / Scaling rejects: 849 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3FLB Resolution: 2.8→24.817 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 204.62 Å2 / Biso mean: 94.6564 Å2 / Biso min: 50.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→24.817 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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