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- PDB-4nif: Heterodimeric structure of ERK2 and RSK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nif
タイトルHeterodimeric structure of ERK2 and RSK1
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
キーワードTRANSFERASE / Kinase domain / SIGNALING / Substrate kinase binding
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / negative regulation of TOR signaling / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / negative regulation of cell differentiation / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of telomere capping / thyroid gland development / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP kinase activity / regulation of ossification / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Schwann cell development / Growth hormone receptor signaling / stress-activated MAPK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / : / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to cadmium ion / NPAS4 regulates expression of target genes / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / ESR-mediated signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / caveola / long-term synaptic potentiation / positive regulation of cell differentiation / Negative regulation of FGFR3 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Mitogen-activated protein kinase 1 / Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gogl, G. / Remenyi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural assembly of the signaling competent ERK2-RSK1 heterodimeric protein kinase complex
著者: Alexa, A. / Gogl, G. / Glatz, G. / Garai, A. / Zeke, A. / Varga, J. / Dudas, E. / Jeszenoi, N. / Bodor, A. / Hetenyi, C. / Remenyi, A.
履歴
登録2013年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
B: Mitogen-activated protein kinase 1
D: Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
E: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,51011
ポリマ－158,1634
非ポリマー1,3477
水18,1231006
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12100 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area56020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.490, 87.850, 116.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-1 / S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90-RSK 1 / p90RSK1 / p90S6K / MAP kinase- ...S6K-alpha-1 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / p90-RSK 1 / p90RSK1 / p90S6K / MAP kinase-activated protein kinase 1a / MAPK-activated protein kinase 1a / MAPKAP kinase 1a / MAPKAPK-1a / Ribosomal S6 kinase 1 / RSK-1


分子量: 37492.809 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal kinase domain, UNP residues 411-735 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA1, MAPKAPK1A, RSK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15418, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41588.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase

-
非ポリマー , 4種, 1013分子

#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1006 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 0.1M MES, 15% PEG4000, 0.125M (NH4)2SO4, 2% Benzamidine, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.91961 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→60.63 Å / Num. all: 97610 / Num. obs: 97338 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.68 / Observed criterion σ(I): 2.68
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1439) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y9Q(for chain B,E), 2WNT(for chain A,D).

2y9q

2wnt


解像度: 2.15→60.63 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 4859 4.99 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.1605 97289 99.76 %-
all-97610 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→60.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10503 0 79 1006 11588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02814815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.784133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051905
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.15-2.17440.28451560.23443060100
2.1744-2.20.26111490.21323062100
2.2-2.22680.2451590.20593052100
2.2268-2.2550.27191750.19223053100
2.255-2.28470.23131690.19193069100
2.2847-2.3160.23751660.18763088100
2.316-2.34910.26541230.18413083100
2.3491-2.38410.25741710.18063053100
2.3841-2.42140.22771610.17753095100
2.4214-2.46110.21781610.16713085100
2.4611-2.50350.25661640.17353041100
2.5035-2.5490.21941570.16993080100
2.549-2.59810.25681540.17473094100
2.5981-2.65110.21211660.17313078100
2.6511-2.70870.23861570.16163072100
2.7087-2.77180.221620.16193069100
2.7718-2.84110.23391530.15883102100
2.8411-2.91790.22531930.16463048100
2.9179-3.00370.231670.16263047100
3.0037-3.10070.19641610.15943098100
3.1007-3.21150.18521650.15723063100
3.2115-3.34010.2171480.15313115100
3.3401-3.49210.18611540.15413097100
3.4921-3.67620.18511610.1453092100
3.6762-3.90650.20671610.13693119100
3.9065-4.2080.17191660.13633066100
4.208-4.63130.17831840.1254307399
4.6313-5.30120.18391650.14133098100
5.3012-6.67760.21431610.17043126100
6.6776-60.65770.18971700.1617315298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1401-0.5188-0.31694.04640.63184.6752-0.49040.01650.34460.35140.2681-0.1147-1.39740.0060.20950.62320.0316-0.11370.343-0.05620.3118-22.482243.616-16.3289
22.29860.2343-1.09152.38390.47553.8943-0.2523-0.05410.3828-0.12320.0770.4005-0.3807-0.45770.06710.2360.112-0.07840.308-0.04760.2902-33.580735.0662-7.286
36.8156-4.7324-1.44067.37592.8284.8833-0.1372-0.19520.1502-0.03270.06620.2292-0.1177-0.1680.04350.1667-0.00140.02610.28720.00460.1536-30.252827.5768-5.9662
44.5309-3.5461-3.09393.80483.89654.0355-0.2512-0.51950.20230.48290.25250.010.0348-0.14020.00170.27450.10060.02860.3441-0.02010.2351-29.471925.03045.8836
56.66481.1033-0.33613.83530.98673.59730.117-1.089-0.07261.1283-0.15870.05060.2005-0.16430.02340.61560.17340.07370.56350.00490.3638-32.285731.372317.0005
64.1318-0.6638-1.05653.57560.69192.7058-0.307-0.57950.5480.3127-0.06980.7131-0.2127-0.38020.30320.39970.13950.05410.4727-0.10660.4514-37.559835.56319.3878
72.4764-3.7120.30936.6790.64973.27490.0988-0.5525-0.52430.73080.1012-0.39130.20280.218-0.15350.2859-0.0369-0.12560.2718-0.05520.72339.532922.47195.0642
81.95770.3118-0.33782.2234-0.30171.01350.0007-0.26220.05760.4713-0.0009-0.0926-0.14680.0035-0.00920.27510.0451-0.08470.2303-0.01820.2484-6.27069.57686.1202
97.98340.11-0.61116.0319-1.29923.5936-0.16680.8208-0.3572-0.681-0.06090.67830.5317-0.17810.23260.31890.0091-0.11690.24980.00340.2633-3.89270.7704-6.0702
104.2839-0.53190.33611.9957-0.25833.83020.01090.7921-0.3083-0.4061-0.0543-0.05890.2382-0.00120.05720.23980.00110.00170.3065-0.05290.2706-5.82139.4027-20.6806
112.3490.2728-0.48442.395-0.60281.2697-0.07390.2114-0.1474-0.08930.0072-0.41960.01350.03760.04820.16360.0402-0.04930.2178-0.04760.34792.22025.0465-8.1591
125.40531.40961.06425.7421-1.27552.50520.50820.1618-0.8694-0.52010.38690.0851.243-0.1969-0.82070.5132-0.1074-0.14930.3740.02540.3806-28.17014.669-26.3466
134.0539-0.61420.01225.58291.18711.38520.07810.1494-0.1737-0.2728-0.0285-0.04760.1517-0.3048-0.06330.2276-0.0913-0.04870.30190.020.2249-29.846217.913-28.3038
143.63310.27980.3541.7089-0.12261.2751-0.0187-0.2179-0.18910.11630.17050.28830.2867-0.342-0.04460.2875-0.10590.02790.37740.09570.2388-43.547414.4341-23.7326
154.98733.8847-0.79629.3229-1.86833.9876-0.0579-0.1497-0.0070.12870.080.23780.0245-0.3811-0.02990.15180.0198-0.00010.30740.01770.1722-41.197423.451-27.1753
164.67324.6309-1.60644.5592-1.41841.6932-0.33090.25040.2709-0.44350.63560.71320.0762-0.6271-0.10620.2809-0.0515-0.02270.42080.1280.349-50.469725.9335-34.7662
174.1019-1.0356-3.11685.83590.60014.43730.17961.565-0.2332-1.8395-0.13980.37020.2651-0.8672-0.03270.9116-0.1761-0.20080.98210.09230.4724-57.078414.7164-46.0365
185.4663-0.01230.14514.91875.53846.25360.02350.51580.7502-1.10480.00341.6024-0.667-1.34860.02630.4934-0.0116-0.15810.82980.31650.8131-63.966722.4556-33.9628
193.95750.236-0.74884.98180.91564.2584-0.10130.0440.219-0.07080.28970.82780.4247-0.7467-0.16040.3042-0.0715-0.01150.56960.14240.5153-57.98315.3143-29.5775
207.26356.0111-2.33889.635-5.76247.5811-0.13330.53940.1334-0.34390.32770.2042-0.3452-0.3977-0.09650.62550.0360.12080.2679-0.06040.3283-27.350328.4626-65.8809
211.394-0.3165-0.2532.428-0.15091.05610.05590.149-0.1014-0.27350.01480.31750.1016-0.2044-0.07720.3693-0.0442-0.03620.24150.02380.1839-36.848141.4692-53.917
225.1193-1.6935-3.05123.839-1.91046.02510.1274-0.44120.77590.9953-0.024-0.4271-0.25810.5621-0.11370.38360.0182-0.06740.2084-0.00520.2617-25.969150.3182-48.6726
233.57741.5999-0.58210.7933-0.87956.37830.1266-0.24380.1240.1946-0.1478-0.2435-0.20320.32780.02630.2934-0.0163-0.00660.18910.01120.2192-18.491139.5854-40.3293
243.5733-2.828-1.1712.96030.15442.0390.3496-1.33660.79860.6668-0.90250.3115-0.9637-0.8580.71090.6963-0.166-0.14670.9821-0.23790.735-5.376948.3042-32.6128
252.4202-0.804-0.74042.2237-0.0811.34440.1-0.12170.0976-0.2028-0.0223-0.2569-0.09420.168-0.05820.3514-0.06110.04430.19690.010.1921-20.571346.1369-52.5001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 413 through 456 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 457 through 529 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 530 through 582 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 583 through 609 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 610 through 665 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 666 through 706 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 707 through 728 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 9 through 162 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 163 through 183 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 184 through 266 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 267 through 360 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 413 through 441 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 442 through 466 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 467 through 529 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 530 through 582 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 583 through 609 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 610 through 631 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 632 through 665 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 666 through 706 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 707 through 728 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 10 through 162 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 163 through 183 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 184 through 244 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 245 through 266 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 267 through 360 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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