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万見
- EMDB-3601: Cryo EM structure of the conjugative relaxes TraI of the F/R1 pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3601
タイトルCryo EM structure of the conjugative relaxes TraI of the F/R1 plasmid system
マップデータ
試料
  • 複合体: TraI-22mer complex
    • 複合体: TraI protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA helicase I
    • 複合体: 22-mer DNA/RNA hybrid
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードRelaxase / Cryo EM / Helicase / translocase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA helicase activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity ...DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA helicase activity / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / : / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal ...DNA helicase, TraI type / Conjugative transfer relaxase protein TraI / TraI, 2B/2B-like domain / TraI, N-terminal subdomain / : / DNA helicase TraI, C-terminal / single-stranded DNA binding TraI N-terminal subdomain / DNA relaxase TraI 2B/2B-like domain / TraI helicase-associated ssDNA bd, N-terminal / Conjugative relaxase, N-terminal / TrwC relaxase / TrwC relaxase / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional conjugation protein TraI / DNA helicase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zanetti G / Ilangovan A / Waksman G
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM Structure of a Relaxase Reveals the Molecular Basis of DNA Unwinding during Bacterial Conjugation.
著者: Aravindan Ilangovan / Christopher W M Kay / Sandro Roier / Hassane El Mkami / Enrico Salvadori / Ellen L Zechner / Giulia Zanetti / Gabriel Waksman /
要旨: Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans- ...Relaxases play essential roles in conjugation, the main process by which bacteria exchange genetic material, notably antibiotic resistance genes. They are bifunctional enzymes containing a trans-esterase activity, which is responsible for nicking the DNA strand to be transferred and for covalent attachment to the resulting 5'-phosphate end, and a helicase activity, which is responsible for unwinding the DNA while it is being transported to a recipient cell. Here we show that these two activities are carried out by two conformers that can both load simultaneously on the origin of transfer DNA. We solve the structure of one of these conformers by cryo electron microscopy to near-atomic resolution, elucidating the molecular basis of helicase function by relaxases and revealing insights into the mechanistic events taking place in the cell prior to substrate transport during conjugation.
履歴
登録2017年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年5月3日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5n8o
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 201.6 Å		1.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 201.6 Å		1.05 Å/pix.
x 192 pix.
= 201.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.14619626 - 0.2710497
平均 (標準偏差)0.0012987428 (±0.012253763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 201.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z201.600201.600201.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1460.2710.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TraI-22mer complex

全体名称: TraI-22mer complex
要素
  • 複合体: TraI-22mer complex
    • 複合体: TraI protein
      • タンパク質・ペプチド: DNA helicase I
    • 複合体: 22-mer DNA/RNA hybrid
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

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超分子 #1: TraI-22mer complex

超分子名称: TraI-22mer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 193 KDa

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超分子 #2: TraI protein

超分子名称: TraI protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: 22-mer DNA/RNA hybrid

超分子名称: 22-mer DNA/RNA hybrid / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA helicase I

分子名称: DNA helicase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 191.996734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMSIAQVRSA GSAGNYYTDK DNYYVLGSMG ERWAGKGAEQ LGLQGSVDKD VFTRLLEGRL PDGADLSRMQ DGSNKHRPGY DLTFSAPKS VSMMAMLGGD KRLIDAHNQA VDFAVRQVEA LASTRVMTDG QSETVLTGNL VMALFNHDTS RDQEPQLHTH A VVANVTQH ...文字列:
MMSIAQVRSA GSAGNYYTDK DNYYVLGSMG ERWAGKGAEQ LGLQGSVDKD VFTRLLEGRL PDGADLSRMQ DGSNKHRPGY DLTFSAPKS VSMMAMLGGD KRLIDAHNQA VDFAVRQVEA LASTRVMTDG QSETVLTGNL VMALFNHDTS RDQEPQLHTH A VVANVTQH NGEWKTLSSD KVGKTGFIEN VYANQIAFGR LYREKLKEQV EALGYETEVV GKHGMWEMPG VPVEAFSGRS QA IREAVGE DASLKSRDVA ALDTRKSKQH VDPEIRMAEW MQTLKETGFD IRAYRDAADQ RTEIRTQAPG PASQDGPDVQ QAV TQAIAG LSERKVQFTY TDVLARTVGI LPPENGVIER ARAGIDEAIS REQLIPLDRE KGLFTSGIHV LDELSVRALS RDIM KQNRV TVHPEKSVPR TAGYSDAVSV LAQDRPSLAI VSGQGGAAGQ RERVAELVMM AREQGREVQI IAADRRSQMN LKQDE RLSG ELITGRRQLL EGMAFTPGST VIVDQGEKLS LKETLTLLDG AARHNVQVLI TDSGQRTGTG SALMAMKDAG VNTYRW QGG EQRPATIISE PDRNVRYARL AGDFAASVKA GEESVAQVSG VREQAILTQA IRSELKTQGV LGHPEVTMTA LSPVWLD SR SRYLRDMYRP GMVMEQWNPE TRSHDRYVID RVTAQSHSLT LRDAQGETQV VRISSLDSSW SLFRPEKMPV ADGERLRV T GKIPGLRVSG GDRLQVASVS EDAMTVVVPG RAEPASLPVS DSPFTALKLE NGWVETPGHS VSDSATVFAS VTQMAMDNA TLNGLARSGR DVRLYSSLDE TRTAEKLARH PSFTVVSEQI KARAGETLLE TAISLQKAGL HTPAQQAIHL ALPVLESKNL AFSMVDLLT EAKSFAAEGT GFTELGGEIN AQIKRGDLLY VDVAKGYGTG LLVSRASYEA EKSILRHILE GKEAVTPLME R VPGELMET LTSGQRAATR MILETSDRFT VVQGYAGVGK TTQFRAVMSA VNMLPASERP RVVGLGPTHR AVGEMRSAGV DA QTLASFL HDTQLQQRSG ETPDFSNTLF LLDESSMVGN TEMARAYALI AAGGGRAVAS GDTDQLQAIA PGQSFRLQQT RSA ADVVIM KEIVRQTPEL REAVYSLINR DVERALSGLE SVKPSQVPRL EGAWAPEHSV TEFSHSQEAK LAEAQQKAML KGEA FPDIP MTLYEAIVRD YTGRTPEARE QTLIVTHLNE DRRVLNSMIH DAREKAGELG KEQVMVPVLN TANIRDGELR RLSTW EKNP DALALVDNVY HRIAGISKDD GLITLQDAEG NTRLISPREA VAEGVTLYTP DKIRVGTGDR MRFTKSDRER GYVANS VWT VTAVSGDSVT LSDGQQTRVI RPGQERAEQH IDLAYAITAH GAQGASETFA IALEGTEGNR KLMAGFESAY VALSRMK QH VQVYTDNRQG WTDAINNAVQ KGTAHDVLEP KPDREVMNAQ RLFSTARELR DVAAGRAVLR QAGLAGGDSP ARFIAPGR K YPQPYVALPA FDRNGKSAGI WLNPLTTDDG NGLRGFSGEG RVKGSGDAQF VALQGSRNGE SLLADNMQDG VRIARDNPD SGVVVRIAGE GRPWNPGAIT GGRVWGDIPD NSVQPGAGNG EPVTAEVLAQ RQAEEAIRRE TERRADEIVR KMAENKPDLP DGKTELAVR DIAGQERDRS AISERETALP ESVLRESQRE REAVREVARE NLLQERLQQM ERDMVRDLQK EKTLGGD

UniProtKB: DNA helicase I

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.647284 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMtris
100.0 mMsodium clorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blot time 4 sec force 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2900 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 2.5 e/Å2 / 詳細: Total exposure 8 sec for a total dose of 50 e-
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 47619 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned and summed with MotionCor2.
粒子像選択選択した数: 830000
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: EMAN2 starting model generator
詳細: 10 models were generated from selected 2D classes, and used in relion 3D refinement. 2 models converged to the same structure, at ~10A resolution, and this structure was used further.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 詳細: Relion automatic procedure / 使用した粒子像数: 184451
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 詳細: Automatic relion procedures
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 詳細: Please see article for details of processing
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Please see article for details of model building and refinement
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5n8o:
Cryo EM structure of the conjugative relaxase TraI of the F/R1 plasmid system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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