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- PDB-4nft: Crystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nft
タイトルCrystal structure of human lnkH2B-h2A.Z-Anp32e
要素
  • Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E
  • Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
キーワードCHAPERONE / Histone binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase inhibitor activity / histone chaperone activity / Swr1 complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...phosphatase inhibitor activity / histone chaperone activity / Swr1 complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / protein folding chaperone / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / cellular response to estradiol stimulus / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / nucleosome / nucleosome assembly / antibacterial humoral response / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine-rich repeat / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Leucine-rich repeat profile. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / Leucine-rich repeat / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Leucine-rich repeat profile. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2A.Z / Histone H2B type 2-E / Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Shan, S. / Pan, L. / Mao, Z. / Wang, W. / Sun, J. / Dong, Q. / Liang, X. / Ding, X. / Chen, S. / Dai, L. ...Shan, S. / Pan, L. / Mao, Z. / Wang, W. / Sun, J. / Dong, Q. / Liang, X. / Ding, X. / Chen, S. / Dai, L. / Zhang, Z. / Zhu, B. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Anp32e, a higher eukaryotic histone chaperone directs preferential recognition for H2A.Z
著者: Mao, Z. / Pan, L. / Wang, W. / Sun, J. / Shan, S. / Dong, Q. / Liang, X. / Dai, L. / Ding, X. / Chen, S. / Zhang, Z. / Zhu, B. / Zhou, Z.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
B: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
C: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
D: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
E: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E
F: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0916
ポリマ－102,0916
非ポリマー00
水2,630146
1
A: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5091
ポリマ－22,5091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5091
ポリマ－22,5091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
F: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5372
ポリマ－28,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9810 Å2
手法PISA
4
D: Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z
E: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5372
ポリマ－28,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.412, 104.297, 124.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Histone H2B type 2-E, Histone H2A.Z / Histone H2B-GL105 / Histone H2B.q / H2B/q / H2A/z


分子量: 22508.875 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-126, 16-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera of H2B and H2A.Z / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BFQ, H2AZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16778, UniProt: P0C0S5
#2: タンパク質 Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member E / Anp32e / LANP-like protein / LANP-L


分子量: 6027.800 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 185-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANP32E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BTT0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Sodium thiocyanate, 20%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29217 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 31.81 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.61→39.795 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.5309 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 1478 5.12 %RANDOM
Rwork0.2195 ---
obs0.2221 28845 98 %-
all-29217 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.73 Å2 / Biso mean: 31.3547 Å2 / Biso min: 12.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→39.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 0 146 5918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0817888
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6352212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6104-2.69470.32221340.32394252895
2.6947-2.7910.37771260.285325112637100
2.791-2.90270.37251400.26872505264599
2.9027-3.03470.27941460.250225062652100
3.0347-3.19470.31231460.24832526267299
3.1947-3.39470.27641530.23122495264899
3.3947-3.65670.24471140.20882518263299
3.6567-4.02430.26971210.19892533265499
4.0243-4.60590.24131320.18042531266399
4.6059-5.80010.26711420.19772516265899
5.8001-39.79990.20061240.19042332245690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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