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- PDB-4nco: Crystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nco
タイトルCrystal Structure of the BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer in Complex with the Broadly Neutralizing Fab PGT122
要素
  • BG505 SOSIP gp120
  • BG505 SOSIP gp41
  • PGT122 heavy chain
  • PGT122 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Type-1 membrane fusion glycoprotein trimer / HIV-1 envelope / gp120 / gp41 / membrane fusion / viral entry / CD4 / CCR5/CXCR4 / broadly neutralizing antibodies / viral surface / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
2alpha-alpha-mannobiose / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Stanfield, R.L. / Lyumkis, D. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a soluble cleaved HIV-1 envelope trimer.
著者: Julien, J.P. / Cupo, A. / Sok, D. / Stanfield, R.L. / Lyumkis, D. / Deller, M.C. / Klasse, P.J. / Burton, D.R. / Sanders, R.W. / Moore, J.P. / Ward, A.B. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BG505 SOSIP gp120
B: BG505 SOSIP gp41
C: PGT122 light chain
D: PGT122 heavy chain
E: BG505 SOSIP gp120
F: BG505 SOSIP gp41
G: PGT122 light chain
H: PGT122 heavy chain
I: BG505 SOSIP gp120
J: BG505 SOSIP gp41
K: PGT122 light chain
L: PGT122 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,93560
ポリマ－323,77212
非ポリマー27,16348
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.200, 260.720, 283.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 AEIBFJ

#1: タンパク質 BG505 SOSIP gp120


分子量: 53121.105 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-504 / 変異: T332N,A501C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#2: タンパク質 BG505 SOSIP gp41


分子量: 6656.196 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 2種, 6分子 CGKDHL

#3: 抗体 PGT122 light chain


分子量: 22712.082 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 PGT122 heavy chain


分子量: 25434.691 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 48分子

#5: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose / 2alpha-alpha-mannobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE OF CHAINS B, F, AND J IS ...THE SEQUENCE OF CHAINS B, F, AND J IS AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQLLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD (CONTAINS I559P AND T605C MUTATIONS) BUT ALL RESIDUES ARE MODELED AS ALANINE AND REPORTED AS "UNKNOWN RESIDUE."

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1 M CAPS, 2 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.7→40 Å / Num. all: 51575 / Num. obs: 51575 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 4.7→4.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2040 / % possible all: 59.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 4JY5 AND 3JWD, EMDB ENTRY EMD-5624

4jy5

3jwd


解像度: 4.7→39.892 Å / SU ML: 1.04 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 48.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3893 2547 5.06 %RANDOM
Rwork0.3752 ---
obs0.3759 50320 88.99 %-
all-51575 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.7→39.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20217 0 1797 0 22014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622644
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38931071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.7828439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693963
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.7-4.79030.50091000.40821755X-RAY DIFFRACTION60
4.7903-4.88790.4301990.40761909X-RAY DIFFRACTION64
4.8879-4.9940.43431340.38582095X-RAY DIFFRACTION72
4.994-5.10990.40871230.38362303X-RAY DIFFRACTION78
5.1099-5.23740.38751310.39032484X-RAY DIFFRACTION83
5.2374-5.37870.43561290.37372527X-RAY DIFFRACTION85
5.3787-5.53660.37561260.36682591X-RAY DIFFRACTION87
5.5366-5.71480.36031340.37562677X-RAY DIFFRACTION90
5.7148-5.91840.40981530.38232739X-RAY DIFFRACTION92
5.9184-6.15460.40751480.38572829X-RAY DIFFRACTION95
6.1546-6.43360.41811620.39342959X-RAY DIFFRACTION99
6.4336-6.77120.43351400.39622986X-RAY DIFFRACTION100
6.7712-7.19320.40611600.39742983X-RAY DIFFRACTION100
7.1932-7.74480.39111570.39432956X-RAY DIFFRACTION100
7.7448-8.51740.411790.3722973X-RAY DIFFRACTION100
8.5174-9.73420.34561480.33582991X-RAY DIFFRACTION100
9.7342-12.20550.35231680.31532976X-RAY DIFFRACTION100
12.2055-39.89340.37161560.41093040X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.10360.09440.0972-0.0956-0.0033-0.03231.19980.59042.2206-0.5340.3426-0.0979-0.49990.10630-1.26211.5182-1.72171.2877-0.5129-0.5054192.0521-3.226358.1657
20.00720.05520.07220.08090.01650.02750.2046-0.1023-0.1825-0.0335-0.07310.23460.30310.000700.84820.1581-0.75481.07670.62980.396192.5071-23.6259390.549
3-0.2474-0.211-0.1992-0.1724-0.0056-0.0740.46240.68820.9394-0.09190.7292-0.8486-0.56350.64790-1.686-0.17651.7103-0.5114-0.9232-2.9825155.207916.8909324.7262
4-0.0194-0.02810.0066-0.01950.00360.0016-0.0281-0.2446-0.19650.25240.1275-0.210.20620.158200.2332-0.00010.83590.0154-0.37570.3413125.277812.1693318.1002
5-0.00860.0338-0.0182-0.0655-0.01130.0060.0097-0.04150.04120.00880.0067-0.3896-0.05870.06440-0.0437-0.02890.53170.20780.0774-1.1886115.486430.5343291.4901
6-0.0567-0.156-0.05370.1223-0.01-0.0971-0.55320.3848-1.1907-1.9414-0.0899-1.59950.75190.3830-0.5090.27880.9382-0.14092.7843-2.2239104.7719-22.1778392.2057
7-0.00250.0266-0.1298-0.11060.0005-0.0071-0.33540.152-0.85920.2377-0.13261.84430.0072-0.695300.3659-0.5898-1.6197-0.1082-1.4626-0.369133.222268.6058380.6325
8-0.0005-0.04290.05520.03460.00640.03090.0230.00740.04440.351-0.1377-0.13570.13760.0745-00.5481-0.39410.87510.9924-0.5132-0.5936102.3799-2.7074425.0748
90.0161-0.0089-0.0299-0.0111-0.0040.0104-0.23690.25770.2002-0.1544-0.0917-0.1316-0.21540.06601.6392-0.7345-0.94061.64071.34312.4293165.197870.2911401.8105
10-0.30170.1288-0.1361-0.57610.2247-0.13860.29440.1391-0.3184-0.5439-0.00920.43281.1378-0.1596-0-2.5457-0.10612.3265-0.76091.3591-3.0278115.769-13.7703340.252
11-0.1284-0.11050.1838-0.1244-0.1056-0.27140.23530.34820.178-0.08370.32720.447-0.5341-0.37860-1.207-1.1166-1.2593-1.5235-1.3552-1.0328111.096138.7613341.8391
12-0.03860.0391-0.0141-0.08890.0378-0.00860.0891-0.13840.00560.2213-0.02020.1221-0.02250.00290-0.5819-0.594-0.1207-0.1660.06470.7858117.680610.1087320.9838
13-0.0255-0.0140.0512-0.0050.0153-0.03040.0479-0.04740.02870.1912-0.0951-0.1575-0.13010.099100.78440.74880.06210.23890.40821.0479120.04818.9247319.9039
14-0.04340.04970.0106-0.00320.03730.013-0.1849-0.08950.18140.0792-0.1735-0.11360.0803-0.0414-00.4515-0.43320.57630.5476-0.4439-0.1162122.5602-0.3136288.7981
150.0205-0.00920.00670.0075-0.03810.01960.07470.0950.0684-0.13550.06450.01330.181-0.0122-00.328-0.0267-0.15310.1133-0.02580.163194.48829.878299.3891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((chain 'C' and resid 8 through 109) or (chain 'D' and resid 1 through 109))
2X-RAY DIFFRACTION2((chain 'C' and resid 110 through 209) or (chain 'D' and resid 110 through 211))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 44 through 493)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 1 through 37)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'B' and resid 101 through 140)
6X-RAY DIFFRACTION6((chain 'G' and resid 8 through 109) or (chain 'H' and resid 1 through 109))
7X-RAY DIFFRACTION7((chain 'K' and resid 8 through 109) or (chain 'L' and resid 1 through 109))
8X-RAY DIFFRACTION8((chain 'G' and resid 110 through 209) or (chain 'H' and resid 110 through 211))
9X-RAY DIFFRACTION9((chain 'K' and resid 110 through 209) or (chain 'L' and resid 110 through 211))
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'E' and resid 44 through 493)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'I' and resid 44 through 493)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'F' and resid 1 through 37)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'J' and resid 1 through 37)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'F' and resid 101 through 140)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain 'J' and resid 101 through 140)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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