PDB-4ncn: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ncn

タイトル

Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (517-858) from Chaetomium thermophilum in complex with GTP

要素

Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

キーワード

TRANSLATION / Translation initiation / GTPase / eIF5B/IF2 / Subunit joining / Ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Kuhle, B. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: eIF5B employs a novel domain release mechanism to catalyze ribosomal subunit joining.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.

履歴

登録	2013年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月6日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ncn.cif.gz	308.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ncn.ent.gz	245.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ncn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ncn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ncn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ncn_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	4ncn_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4ncn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n3gC 4n3nSC 4n3sC 4ncfC 4nclC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4tmx-1 1ye3-d 4tmw-1 6d6n-1 3s95-2 4tmx-2 6rkf-5 7adh-d 6bjd-1 4tn1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (4) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (4) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (4) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (4)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (4)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (4)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

B: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.410, 114.840, 65.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	GLN	GLN	chain A	A	A	517 - 860	4 - 347
2	HIS	HIS	LEU	LEU	chain B	B	B	515 - 859	2 - 346

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein 分子量: 50972.512 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 516-946 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類) 株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0029840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S8G9

#1: タンパク質

Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein

分子量: 50972.512 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 516-946 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / 遺伝子: CTHT_0029840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S8G9

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非ポリマー , 6種, 522分子

#2: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE MISMATCH RESIDUES 576-599 IS A WRONGLY ASSIGNED INTRON IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM SEQUENCE. ...THE MISMATCH RESIDUES 576-599 IS A WRONGLY ASSIGNED INTRON IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM SEQUENCE. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS WITH HOMOLOGUES FROM OTHER SPECIES SHOWED THAT THIS INTRON CORRESPONDS TO A PROTEIN SEQUENCE, WHICH IS PRESENT AND HIGHLY CONSERVED IN ALL OTHER SPECIES. IN ADDITION, ISOLATION OF THE GENE FROM A CHAETOMIUM THERMOPHILUM CDNA LIBRARY WITH APPROPRIATE PRIMERS AMPLIFIED THE GENE INCLUDING THE WRONGLY ASSIGNED INTRON.

配列の詳細

THE MISMATCH RESIDUES 576-599 IS A WRONGLY ASSIGNED INTRON IN THE CHAETOMIUM THERMOPHILUM SEQUENCE. ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM Hepes, 13 % PEG 4000, 100 mM NaOAc, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.87→46.645 Å / Num. obs: 66297 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 28.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 20.53

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.87-1.97		0.62	2.38	1	99.8
1.97-2.07		0.37	3.84	1	99.8
2.07-2.27		0.214	6.27	1	99.9
2.27-3.17		0.07	17.3	1	99.8
3.17-3.62		0.025	45.27	1	99.7
3.62-4.07		0.02	54.88	1	99.6
4.07-4.52		0.016	67.58	1	100
4.52-14		0.014	74.43	1	99.5
14-17		0.01	99.66	1	100
17-50		0.011	94.71	1	92.7
	50			1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	46.65 Å
Translation	2.5 Å	46.65 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4N3N

4n3n

解像度: 1.87→46.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	3311	5 %
R_work	0.1635	-	-
obs	0.1656	66261	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.8536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→46.645 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5378	0	114	508	6000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	5641
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.773	7623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.073	2172
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	865
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	986

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3262	X-RAY DIFFRACTION	7.205	TORSIONAL
1	2	B	3262	X-RAY DIFFRACTION	7.205	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.8968	0.3084	139	0.2623	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8968-1.9251	0.3159	138	0.2487	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9251-1.9552	0.2594	137	0.2394	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9552-1.9872	0.2967	138	0.2337	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9872-2.0215	0.249	137	0.2151	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0215-2.0582	0.2775	140	0.2057	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0582-2.0978	0.2243	136	0.2026	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0978-2.1406	0.249	137	0.1948	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1406-2.1872	0.2418	138	0.1904	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1872-2.2381	0.2162	138	0.1815	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2381-2.294	0.2002	136	0.1721	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.294-2.3561	0.2032	139	0.1692	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3561-2.4254	0.2464	138	0.1676	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4254-2.5037	0.2281	137	0.1684	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5037-2.5931	0.2024	137	0.1669	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5931-2.697	0.2485	137	0.1728	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.8197	0.1984	139	0.1646	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8197-2.9683	0.2323	139	0.17	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9683-3.1543	0.2136	138	0.1567	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1543-3.3977	0.1795	137	0.1501	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3977-3.7395	0.1965	137	0.1423	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7395-4.2803	0.1649	140	0.1279	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2803-5.3915	0.1495	138	0.1337	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3915-46.6598	0.1957	141	0.1719	2683	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0183	-0.1746	0.0407	2.3714	0.3865	1.6904	0.0168	-0.1679	0.0288	0.2065	0.0141	-0.5741	0.1578	0.1398	0.0441	0.2108	-0.0105	-0.0335	0.1938	0.0141	0.2935	3.6359	14.5793	21.291
2	2.1754	0.444	0.2903	2.4769	0.6505	1.747	-0.0132	0.3403	-0.107	-0.5799	-0.0534	-0.1472	0.0581	-0.037	0.0429	0.2286	-0.0046	0.0205	0.2074	-0.0068	0.1637	-5.0509	15.5024	8.1379
3	1.9873	-0.8788	-0.2014	3.0697	-1.1956	0.8106	-0.0601	-0.0888	0.2119	0.2123	0.0569	-0.8956	-0.1952	0.1378	-0.0025	0.2005	-0.0309	-0.0182	0.2551	-0.0011	0.3321	9.8605	26.4645	18.8247
4	1.0975	0.3939	0.1025	2.8031	0.5568	1.3248	0.0917	-0.2138	-0.1477	0.4082	-0.1304	0.0806	0.2406	-0.1568	0.0346	0.2393	-0.0533	0.029	0.2135	0.02	0.1712	-8.305	13.3429	22.8021
5	2.9817	0.4427	-1.7264	3.8005	0.1216	2.1122	0.2118	0.3269	0.7836	-0.3321	-0.1025	0.1371	-0.3837	-0.1403	-0.1104	0.2905	0.0163	-0.0314	0.2169	0.0248	0.3181	-9.1965	37.513	15.3416
6	1.818	-0.3818	0.9135	2.5375	-2.4995	4.1148	-0.2044	-0.4387	0.2151	0.3717	0.3499	0.5336	-0.0516	-0.8424	-0.0648	0.2124	0.0208	0.0782	0.3505	-0.0747	0.2601	-17.6282	29.883	26.8956
7	1.1116	0.4394	-0.0247	1.9168	0.3097	1.7068	0.1347	-0.2406	0.1205	0.4424	-0.0588	-0.0647	0.239	0.039	-0.0844	0.2796	-0.0164	0.0096	0.2265	-0.0224	0.1577	-6.1735	27.3458	27.8023
8	1.2192	0.1444	-0.2645	1.9885	0.8602	0.4257	0.096	-0.315	-0.1437	0.7057	0.0027	-0.5593	0.234	0.1719	-0.0788	0.3128	-0.0142	-0.1288	0.2896	0.0321	0.3212	7.4419	16.2166	26.0047
9	1.314	1.0689	-0.0999	1.747	0.542	2.4354	0.2318	0.5227	-0.6851	-0.4972	0.2641	-1.7555	0.4326	0.0147	-0.3415	0.32	0.1293	-0.0681	0.397	-0.0702	0.8798	11.6898	-4.0257	12.6077
10	3.1808	-1.022	-0.7493	2.2439	-0.3407	2.0394	0.2525	0.4962	-0.4339	-0.4341	-0.058	-0.6898	0.0499	0.1555	-0.2626	0.3028	0.048	0.0889	0.3395	-0.0286	0.55	10.8475	9.4279	8.215
11	3.0943	1.2932	-0.4362	2.5423	-0.6259	0.1698	0.4499	0.2523	-0.5999	-0.0383	-0.1359	-1.252	0.206	-0.0046	-0.1741	0.366	0.076	0.0129	0.3075	-0.019	0.538	8.0798	-4.1625	13.2911
12	0.677	0.0157	-0.3443	3.2896	1.5194	4.1035	0.0525	-1.263	-0.3892	0.9004	-0.1041	-0.8385	0.7789	0.1825	-0.7587	0.6808	0.0292	-0.494	0.5822	0.1678	1.2521	13.2685	-10.068	25.8145
13	1.6364	-0.2678	0.6316	2.1676	0.2852	2.5401	0.0224	0.0372	0.0099	-0.1344	-0.0653	0.1066	-0.0474	-0.0347	0.0385	0.1333	-0.0112	-0.0073	0.1496	0.0165	0.1925	13.3187	43.4417	-0.2991
14	1.6502	0.0689	0.2906	1.8261	-0.4044	2.1846	-0.0031	0.0031	-0.054	-0.0459	-0.0545	-0.1788	0.0541	0.1338	0.0625	0.1267	-0.0016	0.0084	0.1612	0.0272	0.2079	20.3625	45.4286	1.9279
15	1.1863	0.0058	1.4558	2.2776	-0.5589	2.1793	-0.2313	-0.0307	0.4842	0.0861	-0.1652	0.0529	-0.6618	-0.3542	0.252	0.3702	0.027	-0.039	0.199	-0.0069	0.3918	15.513	66.0872	7.4548
16	3.1264	-3.4848	0.5323	5.6877	-0.1482	0.9529	-0.3463	-0.4939	0.6714	0.8954	0.0493	-0.8795	-0.3537	0.1657	0.2976	0.3671	-0.0593	-0.0865	0.3302	-0.0428	0.3605	26.4588	58.8945	16.5665
17	1.7005	0.169	1.2375	2.7819	-0.4708	2.2152	-0.1083	0.1177	0.4312	-0.0829	-0.018	-0.6295	-0.2016	0.4694	0.0998	0.2327	-0.0525	-0.0198	0.2577	0.032	0.3351	27.6792	54.7706	5.2911
18	0.9258	-0.1141	0.6583	2.7446	1.1657	1.8426	0.0165	0.2914	0.0716	-0.0575	0.0464	-0.858	0.0425	0.4159	-0.0137	0.229	0.0138	0.0194	0.292	0.06	0.3075	24.3135	43.3375	-8.3021
19	3.0675	1.4803	0.3995	3.0566	0.1863	2.1162	0.341	-0.0513	0.4437	0.4494	-0.0065	0.6843	0.4613	-0.7848	-0.3405	0.4604	-0.0917	0.0444	0.4297	0.0357	0.2834	5.8739	28.8907	-7.3082
20	1.76	0.1162	-0.0008	2.2356	0.5884	3.5788	-0.0214	-0.0366	-0.2806	0.2104	0.0005	-0.1922	1.0247	0.232	0.0026	0.5398	0.0459	-0.0266	0.276	-0.0025	0.2062	11.4427	25.5598	-11.8855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 517 through 535 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 536 through 560 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 561 through 588 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 589 through 652 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 653 through 672 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 673 through 693 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 694 through 722 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 723 through 753 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 754 through 797 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 798 through 820 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 821 through 838 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 839 through 860 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 515 through 560 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 561 through 652 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 653 through 672 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 673 through 692 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 693 through 722 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 723 through 753 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 754 through 771 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 772 through 859 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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