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- PDB-4nag: Xanthomonins I III are a New Class of Lasso Peptides Featuringa S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nag
タイトルXanthomonins I III are a New Class of Lasso Peptides Featuringa Seven-Membered Macrolactam Ring
要素Xanthomonin I
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / biosynthesis / lasso peptides / natural products / macrocycles / steric hindrance / Lariat knot / Lasso fold
機能・相同性HEXANE-1,6-DIOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas gardneri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 0.81 Å
データ登録者Hegemann, J.D. / Zimmermann, M. / Zhu, S. / Steuber, H. / Harms, K. / Xie, X. / Marahiel, M.A.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Xanthomonins I-III: A New Class of Lasso Peptides with a Seven-Residue Macrolactam Ring.
著者: Hegemann, J.D. / Zimmermann, M. / Zhu, S. / Steuber, H. / Harms, K. / Xie, X. / Marahiel, M.A.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月21日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthomonin I
B: Xanthomonin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0593
ポリマ－2,9412
非ポリマー1181
水66737
1
A: Xanthomonin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5892
ポリマ－1,4711
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xanthomonin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4711
ポリマ－1,4711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)13.804, 45.096, 13.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Xanthomonin I


分子量: 1470.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas gardneri (バクテリア)
株: ATCC 19865 / 遺伝子: XGA_4058 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F0CAT0
#2: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.3 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.81→23.55 Å / Num. all: 24760 / Num. obs: 23992 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.81→23.55 Å / Num. parameters: 2161 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: AUTHOR CONFIRMED THAT R-FREE WAS NOT USED. /
Rfactor反射数%反射
all0.054 24760 -
obs-23992 85 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 210 / Occupancy sum non hydrogen: 232.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.81→23.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数206 0 8 37 251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0284
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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