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万見
- PDB-4n7e: Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n7e
タイトルCrystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF38469
要素Sortilin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sortilin / Small molecule ligand / AF38469 / AF40431 / proNGF / Alzheimer's disease / Beta-propeller Asp-box repeat / Vps10p domain / 10CC domain / Receptor Sorting / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / Golgi to endosome transport / nerve growth factor receptor activity ...neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / negative regulation of lipoprotein lipase activity / Golgi to lysosome transport / myotube differentiation / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / plasma membrane to endosome transport / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / Golgi to endosome transport / nerve growth factor receptor activity / vesicle organization / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nerve growth factor binding / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / clathrin-coated vesicle / Golgi cisterna membrane / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / endosome to lysosome transport / glucose import / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / ossification / response to insulin / endocytosis / cytoplasmic vesicle / regulation of gene expression / nuclear membrane / lysosome / early endosome / endosome membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Complement Module; domain 1 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #270 / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / Complement Module; domain 1 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Ribbon / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2JQ / TRIETHYLENE GLYCOL / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Andersen, J.L. / Strandbygaard, D. / Thirup, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: The identification of AF38469: An orally bioavailable inhibitor of the VPS10P family sorting receptor Sortilin.
著者: Schrder, T.J. / Christensen, S. / Lindberg, S. / Langgard, M. / David, L. / Maltas, P.J. / Eskildsen, J. / Jacobsen, J. / Tagmose, L. / Simonsen, K.B. / Biilmann Rnn, L.C. / de Jong, I.E. / ...著者: Schrder, T.J. / Christensen, S. / Lindberg, S. / Langgard, M. / David, L. / Maltas, P.J. / Eskildsen, J. / Jacobsen, J. / Tagmose, L. / Simonsen, K.B. / Biilmann Rnn, L.C. / de Jong, I.E. / Malik, I.J. / Karlsson, J.J. / Bundgaard, C. / Egebjerg, J. / Stavenhagen, J.B. / Strandbygard, D. / Thirup, S. / Andersen, J.L. / Uppalanchi, S. / Pervaram, S. / Kasturi, S.P. / Eradi, P. / Sakumudi, D.R. / Watson, S.P.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2765
ポリマ－77,7911
非ポリマー1,4854
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.948, 77.402, 111.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NT3 / NTR3


分子量: 77790.883 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 78-756 / 変異: V617M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1 / プラスミド: pCEP-pu / Cell (発現宿主): HEK 293F cell / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99523

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-2JQ / 2-[(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-(trifluoromethyl)benzoic acid


分子量: 324.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11F3N2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.58 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 27 % (w/v) PEG 3350, 4.5 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月15日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.7 Å / Num. all: 30397 / Num. obs: 30397 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 84.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.80.8452.2197.9
2.8-30.5223.71100
3-3.20.2776.21100
3.2-3.50.15810.51100
3.5-3.80.09215.51100
3.8-4.30.06221.51100
4.3-4.90.04530.91100
4.9-60.04630.61100
6-8.50.04431.11100
8.5-46.70.03346199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F6K with ligand, glycosylations and waters removed

3f6k


解像度: 2.7→44.4 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2416 2223 7.32 %Random
Rwork0.2008 ---
obs0.2038 30366 99.6 %-
all-30397 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 100 51 5291
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3547258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2371942
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.75490.34061300.33691640X-RAY DIFFRACTION95
2.7549-2.8190.321390.30931763X-RAY DIFFRACTION100
2.819-2.88950.34841340.28321783X-RAY DIFFRACTION100
2.8895-2.96760.33261410.27631732X-RAY DIFFRACTION100
2.9676-3.05490.35531400.28111752X-RAY DIFFRACTION100
3.0549-3.15350.32071390.27091754X-RAY DIFFRACTION100
3.1535-3.26620.3171380.25031752X-RAY DIFFRACTION100
3.2662-3.39690.24181400.23521743X-RAY DIFFRACTION100
3.3969-3.55140.23891370.21421759X-RAY DIFFRACTION100
3.5514-3.73860.24911370.21551787X-RAY DIFFRACTION100
3.7386-3.97270.26041350.20371745X-RAY DIFFRACTION100
3.9727-4.27920.21951480.16571778X-RAY DIFFRACTION100
4.2792-4.70940.18511370.15341761X-RAY DIFFRACTION100
4.7094-5.38980.2131420.1611769X-RAY DIFFRACTION100
5.3898-6.78670.23911380.18381790X-RAY DIFFRACTION100
6.7867-44.36430.21471480.18921835X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.091-2.1932-0.65.1885-0.45842.98090.172-0.83840.23060.79590.0649-0.165-0.61420.399-0.16690.8964-0.2521-0.07540.7899-0.10320.5767-17.49436.650639.4273
22.3265-1.0199-0.15827.2941.29413.97810.37410.41380.3582-0.0911-0.29320.329-1.0896-0.593-0.05510.6850.13330.1220.59010.08360.4514-28.296839.66111.1504
33.3568-0.0639-1.29462.2603-0.26765.5782-0.091-0.146-0.63960.4182-0.195-0.07920.68090.11210.22140.4805-0.08070.02520.37950.06260.6396-18.928611.32821.9023
45.2342-2.8021-0.24623.5579-0.02393.02750.69010.969-0.0068-0.6824-0.7077-0.0208-0.1422-0.40260.12420.46650.06710.06770.95130.11520.7826-18.397528.9515-1.876
54.1353-4.02612.75683.9631-2.71151.84140.84331.86470.9171-0.6105-1.3497-0.86970.13590.570.38470.66080.30420.2311.34080.35711.0029-21.983539.0975-12.3725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 54:228)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 229:386)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 387:612)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 613:681)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 682:715)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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