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- PDB-4n58: Crystal Structure of Pectocin M2 at 1.86 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n58
タイトルCrystal Structure of Pectocin M2 at 1.86 Angstroms
要素Pectocin M2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Plant-Like ferredoxin / Colicin M-like cytotoxic domain / Lipid-II hydrolase / Bacteriocin (バクテリオシン) / Protein Antibiotc
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Β-ラクタマーゼ ...Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Β-ラクタマーゼ / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Pectocin M2
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis PBR1692 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Grinter, R. / Roszak, A.W. / Zeth, K. / Cogdell, C.J. / Walker, D.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the atypical bacteriocin pectocin M2 implies a novel mechanism of protein uptake.
著者: Grinter, R. / Josts, I. / Zeth, K. / Roszak, A.W. / McCaughey, L.C. / Cogdell, R.J. / Milner, J.J. / Kelly, S.M. / Byron, O. / Walker, D.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectocin M2
B: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,32868
ポリマ－61,8072
非ポリマー6,52166
水7,891438
1
A: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,97432
ポリマ－30,9031
非ポリマー3,07031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,35436
ポリマ－30,9031
非ポリマー3,45135
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Pectocin M2
ヘテロ分子

A: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,94764
ポリマ－61,8072
非ポリマー6,14062
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area14890 Å2
ΔGint-380 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
4
B: Pectocin M2
ヘテロ分子

B: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,70972
ポリマ－61,8072
非ポリマー6,90270
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area17860 Å2
ΔGint-417 kcal/mol
Surface area26220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.450, 117.450, 128.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-630-

HOH

21B-451-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pectocin M2


分子量: 30903.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis PBR1692 (バクテリア)
株: PBR1692 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A0A067XG75*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 504分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.8 M Ammonium Sulphate, 3% MPD, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月4日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→64.22 Å / Num. all: 86224 / Num. obs: 86224 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 6313 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→58.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.72 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19714 4306 5 %RANDOM
Rwork0.16787 ---
all0.1693 81712 --
obs0.1693 81736 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.73 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→58.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4113 0 389 438 4940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.024583
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5462.036168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02139844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7135546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33325.243206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.79515718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2571521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.024941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.72.4452151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6862.4442150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4183.6452690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4183.6472691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7313.4042432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.7313.4062433
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2494.8083469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.09423.3655286
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.09122.465136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.861→1.909 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 353 -
Rwork0.243 5949 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.895-0.79310.00952.3005-0.21162.6172-0.11430.06080.43860.17380.1028-0.2401-0.25490.00280.01150.1194-0.0225-0.05120.1510.04540.201865.854655.512215.8314
210.9125-9.77962.44218.9578-1.13696.28370.04790.50950.7956-0.0418-0.4441-0.667-0.0280.1330.39620.01990.02790.0240.22060.09430.215745.759564.0245.3587
31.4173-0.6047-0.43230.54020.2060.1453-0.0916-0.22090.09030.11260.1049-0.10770.07270.0861-0.01330.18150.07260.00740.2474-0.01640.088218.518965.253213.0418
45.28571.40560.64313.04190.42364.4849-0.18080.2828-0.7863-0.37960.2046-0.40040.69150.1308-0.02380.38410.04620.12710.1682-0.01040.2189123.959145.6333.6924
56.95663.9111.861112.1171-1.96216.74870.24960.2805-0.57690.19020.0877-0.01710.07840.5079-0.33730.0452-0.00510.00030.0865-0.02520.0982104.722436.442316.0555
61.55860.80210.34020.42130.17130.4536-0.07740.2889-0.074-0.07280.1385-0.0490.08240.045-0.06110.1945-0.0327-0.00560.2249-0.00260.088377.903335.45678.2923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3A116 - 272
4X-RAY DIFFRACTION4B3 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5B97 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6B116 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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