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- PDB-4n59: The Crystal Structure of Pectocin M2 at 2.3 Angstroms -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n59
タイトルThe Crystal Structure of Pectocin M2 at 2.3 Angstroms
要素Pectocin M2
キーワードHYDROLASE / Lipid-II Hydrolase / Bacteriocin / Protein Antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Beta-Lactamase ...Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / Beta-Lactamase / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Pectocin M2
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zeth, K. / Grinter, R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Walker, D.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the atypical bacteriocin pectocin M2 implies a novel mechanism of protein uptake.
著者: Grinter, R. / Josts, I. / Zeth, K. / Roszak, A.W. / McCaughey, L.C. / Cogdell, R.J. / Milner, J.J. / Kelly, S.M. / Byron, O. / Walker, D.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pectocin M2
B: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,67410
ポリマ－61,8072
非ポリマー8678
水91951
1
A: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3075
ポリマ－30,9031
非ポリマー4034
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pectocin M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3675
ポリマ－30,9031
非ポリマー4644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.649, 116.745, 60.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pectocin M2


分子量: 30903.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (バクテリア)
株: PBR1692 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A0A067XG75*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 % PEG3350, 0.2 M Ammonium sulphate, 3% MPD, 0.1M Bis-tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月17日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 55667 / Num. obs: 52652 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.41
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: pdb entry 4N58

4n58


解像度: 2.3→44.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 13.992 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27369 1384 5 %RANDOM
Rwork0.20634 ---
obs0.20964 26116 99.49 %-
all-26250 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.992 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0.59 Å2
2---1.4 Å2-0 Å2
3---1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 34 51 4164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9735689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86638890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7525529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.07125.4200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.14115707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3981517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4612.042104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4572.0342103
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.123.0322625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3745.0772666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0532.4262096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9443.7892120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6875.5533093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.26326.9484760
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.25426.9344751
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 95 -
Rwork0.283 1897 -
obs--96.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07530.04540.56271.5892-1.49022.79420.19460.5015-0.1922-0.0635-0.05010.1433-0.0604-0.0029-0.14450.41150.14840.00020.5883-0.01820.362622.08082.375335.0853
21.38031.20040.60053.49610.46090.28810.06860.0017-0.11310.296-0.1322-0.10250.02890.05370.06350.4748-0.0219-0.00180.44760.05780.460835.26213.836965.3263
33.56841.304-3.87023.3688-4.96758.77-0.8863-0.22560.04581.33650.4673-0.5803-1.3575-0.39170.41911.35980.2279-0.15540.4877-0.12870.354719.864232.151288.2455
42.117-1.9605-0.69663.17350.83050.31440.13850.10180.0332-0.0169-0.26350.0411-0.02860.06320.12510.42960.026-0.02180.44680.04360.474734.278725.181555.2414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION2A112 - 271
4X-RAY DIFFRACTION3B2 - 111
5X-RAY DIFFRACTION3B301
6X-RAY DIFFRACTION4B112 - 271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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