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万見
- PDB-6iej: The C2 domain of cytosolic phospholipase A2 alpha bound to phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iej
タイトルThe C2 domain of cytosolic phospholipase A2 alpha bound to phosphatidylcholine
要素Cytosolic phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / Lipid binding / Phospholipase / Calcium binding / C2 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Acyl chain remodeling of CL / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Hydrolysis of LPC / Synthesis of PA / Arachidonate metabolism / Platelet sensitization by LDL / phosphatidylglycerol catabolic process / platelet activating factor biosynthetic process ...phospho-PLA2 pathway / Acyl chain remodeling of CL / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PG / Hydrolysis of LPC / Synthesis of PA / Arachidonate metabolism / Platelet sensitization by LDL / phosphatidylglycerol catabolic process / platelet activating factor biosynthetic process / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / monoacylglycerol biosynthetic process / glycerophospholipid catabolic process / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / lysophospholipase / O-acyltransferase activity / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / : / ceramide 1-phosphate binding / arachidonate metabolic process / positive regulation of T-helper 1 type immune response / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / positive regulation of prostaglandin secretion / calcium-dependent phospholipid binding / leukotriene biosynthetic process / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / positive regulation of platelet activation / positive regulation of macrophage activation / phospholipase A2 / phosphatidylcholine catabolic process / : / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / prostaglandin biosynthetic process / phosphatidylcholine lysophospholipase A1 activity / cellular response to antibiotic / arachidonate secretion / establishment of localization in cell / nuclear envelope / regulation of cell population proliferation / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lysophospholipase, catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2, C2 domain / Lysophospholipase catalytic domain / PLA2c domain profile. / Cytoplasmic phospholipase A2, catalytic subunit / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / C2 domain / C2 domain ...Lysophospholipase, catalytic domain / Cytosolic phospholipase A2, C2 domain / Lysophospholipase catalytic domain / PLA2c domain profile. / Cytoplasmic phospholipase A2, catalytic subunit / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / Cytosolic phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.206 Å
データ登録者Hirano, Y. / Gao, Y.G. / Stephenson, D.J. / Vu, N.T. / Malinina, L. / Chalfant, C.E. / Patel, D.J. / Brown, R.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL125353 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structural basis of phosphatidylcholine recognition by the C2-domain of cytosolic phospholipase A2alpha.
著者: Hirano, Y. / Gao, Y.G. / Stephenson, D.J. / Vu, N.T. / Malinina, L. / Simanshu, D.K. / Chalfant, C.E. / Patel, D.J. / Brown, R.E.
履歴
登録2018年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic phospholipase A2
B: Cytosolic phospholipase A2
C: Cytosolic phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,69117
ポリマ－42,9183
非ポリマー1,77314
水1,47782
1
A: Cytosolic phospholipase A2
B: Cytosolic phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,78611
ポリマ－28,6122
非ポリマー1,1749
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area13100 Å2
手法PISA
2
C: Cytosolic phospholipase A2
ヘテロ分子

C: Cytosolic phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,81012
ポリマ－28,6122
非ポリマー1,19810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area13170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.294, 187.388, 68.754
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-204-

MG

21B-328-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cytosolic phospholipase A2 / Cytosolic phospholipase A2 alpha / cPLA2 / Phospholipase A2 group IVA


分子量: 14306.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PLA2G4A, CPLA2, PLA2G4 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star (DE3) / 参照: UniProt: P49147, phospholipase A2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HXG / 1,2-dihexanoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (4R,7R)-7-(hexanoyloxy)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-10-oxo-3,5,9-trioxa-4-phosphapentadecan-1-aminium 4-oxide / DHPC


分子量: 454.515 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H41NO8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES-NaOH buffer, 1.4 M magnesium chloride, 0.6 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35668 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rsym value: 0.363

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RLW

1rlw


解像度: 2.206→46.881 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1816 5.16 %
Rwork0.2244 --
obs0.2256 35185 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.206→46.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2987 0 86 82 3155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1174267
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6231170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005549
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2062-2.26590.38711000.27812237X-RAY DIFFRACTION88
2.2659-2.33260.26211390.27182523X-RAY DIFFRACTION98
2.3326-2.40790.271630.24522556X-RAY DIFFRACTION100
2.4079-2.49390.31631270.24482565X-RAY DIFFRACTION100
2.4939-2.59380.33091220.2392585X-RAY DIFFRACTION100
2.5938-2.71180.27411320.25962586X-RAY DIFFRACTION100
2.7118-2.85470.30261670.28422567X-RAY DIFFRACTION100
2.8547-3.03360.31331440.27762563X-RAY DIFFRACTION100
3.0336-3.26770.28941620.25182570X-RAY DIFFRACTION100
3.2677-3.59650.19081500.21282598X-RAY DIFFRACTION100
3.5965-4.11660.24311520.20022589X-RAY DIFFRACTION100
4.1166-5.18550.21021400.17422658X-RAY DIFFRACTION100
5.1855-46.89180.23571180.23372772X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -43.3847 Å / Origin y: -17.8458 Å / Origin z: 17.7473 Å
111213212223313233
T0.3488 Å20.1112 Å20.0764 Å2-0.3362 Å2-0.0069 Å2--0.5032 Å2
L0.7317 °20.0951 °20.2376 °2-0.5752 °2-0.0564 °2--1.0803 °2
S-0.1155 Å °-0.0121 Å °-0.0198 Å °-0.0462 Å °-0.0197 Å °-0.0163 Å °0.2954 Å °0.1975 Å °0.1277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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