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- PDB-4n41: Structure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n41
タイトルStructure of Thermus thermophilus Argonaute bound to guide DNA and 15-mer target DNA
要素
  • 5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • Argonaute
キーワードNUCLEAR PROTEIN/DNA / Argonaute / RNA interference / DNA interference / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain ...Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.248 Å
データ登録者Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Wang, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure-based cleavage mechanism of Thermus thermophilus Argonaute DNA guide strand-mediated DNA target cleavage.
著者: Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Rao, Y. / Tian, W. / Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Patel, D.J. / Wang, Y.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
B: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
D: 5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,7639
ポリマ－174,6906
非ポリマー733
水3,063170
1
A: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
D: 5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2134
ポリマ－87,1893
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31380 Å2
手法PISA
2
B: Argonaute
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5505
ポリマ－87,5023
非ポリマー492
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.513, 101.699, 153.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
12chain C and segid C
22chain D and segid D
32chain E and segid E
42chain F and segid F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
112chain C and segid CC0
212chain D and segid DD0
312chain E and segid EE0
412chain F and segid FF0

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76728.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: Thermophilus / 遺伝子: Argonaute, TT_P0026 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q746M7

-
DNA鎖 , 3種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*T*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(P*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*G)-3'


分子量: 3871.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*CP*G)-3'


分子量: 4184.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 173分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 306 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 306K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.248→50 Å / Num. obs: 86435 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 49.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.442 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.248-2.36.90.77257270.842198.9
2.3-2.367.40.66257450.8551100
2.36-2.427.50.57657140.8951100
2.42-2.57.50.48757490.9391100
2.5-2.587.50.39157570.9761100
2.58-2.677.50.30957191.0721100
2.67-2.777.50.23757531.2281100
2.77-2.97.50.19157571.3031100
2.9-3.057.50.14257431.4541100
3.05-3.247.50.10857771.6471100
3.24-3.57.50.0857901.881100
3.5-3.857.40.06357462.0861100
3.85-4.47.20.05657922.519199.9
4.4-5.557.10.04758182.316199.9
5.55-507.10.03258481.655198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F73

3f73


解像度: 2.248→45.524 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.7809 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 4330 5.01 %
Rwork0.2229 --
obs0.2248 86385 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.48 Å2 / Biso mean: 68.4624 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.248→45.524 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10062 1189 3 170 11424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27416151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061793
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061899
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5644321
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5333X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
12B5333X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
21C504X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
22D504X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
23E504X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
24F504X-RAY DIFFRACTION10.428TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.248-2.27360.32731410.28032622276395
2.2736-2.30040.30911520.266127222874100
2.3004-2.32840.27951280.257227212849100
2.3284-2.35790.30071490.252727612910100
2.3579-2.38890.30031360.25827262862100
2.3889-2.42160.311470.264126882835100
2.4216-2.45620.34511540.265927372891100
2.4562-2.49290.36251500.259727202870100
2.4929-2.53180.31111480.249526952843100
2.5318-2.57330.3031370.246727922929100
2.5733-2.61770.2781530.250627132866100
2.6177-2.66530.35371250.253927322857100
2.6653-2.71660.33411330.248127622895100
2.7166-2.7720.28471550.240326872842100
2.772-2.83230.33891360.239427952931100
2.8323-2.89810.26161540.236626902844100
2.8981-2.97060.27371440.242127602904100
2.9706-3.05090.30951520.244926912843100
3.0509-3.14070.26251390.25927632902100
3.1407-3.2420.311340.255727422876100
3.242-3.35790.3081280.238827562884100
3.3579-3.49230.26621260.244827892915100
3.4923-3.65110.28421300.225327402870100
3.6511-3.84350.25361530.218427262879100
3.8435-4.08420.24731500.217527602910100
4.0842-4.39930.2161700.189127142884100
4.3993-4.84160.20621350.19327602895100
4.8416-5.54110.23461470.203327732920100
5.5411-6.97720.26011680.2227622930100
6.9772-45.53370.20931560.1932756291298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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