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- PDB-4n3x: Crystal structure of Rabex-5 CC domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3x
タイトルCrystal structure of Rabex-5 CC domain
要素Rab5 GDP/GTP exchange factor
キーワードENDOCYTOSIS / Rab5 / Rabex-5 / Rabaptin-5 / GEF activity / early endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of mast cell cytokine production ...dendritic transport / negative regulation of Kit signaling pathway / mast cell migration / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Kit signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of leukocyte migration / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of mast cell cytokine production / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / negative regulation of Ras protein signal transduction / TBC/RABGAPs / protein targeting to membrane / mast cell degranulation / negative regulation of interleukin-6 production / endocytic vesicle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of protein phosphorylation / recycling endosome / small GTPase binding / negative regulation of inflammatory response / ubiquitin protein ligase activity / protein transport / early endosome membrane / Ras protein signal transduction / early endosome / dendrite / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger ...RABX5, catalytic core helical domain / Domain of unknown function (DUF5601) / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab5 GDP/GTP exchange factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, Z. / Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism for Rabex-5 GEF activation by Rabaptin-5
著者: Zhang, Z. / Zhang, T. / Wang, S. / Gong, Z. / Tang, C. / Chen, J. / Ding, J.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab5 GDP/GTP exchange factor
B: Rab5 GDP/GTP exchange factor
C: Rab5 GDP/GTP exchange factor
D: Rab5 GDP/GTP exchange factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3324
ポリマ－24,3324
非ポリマー00
水1,892105
1
A: Rab5 GDP/GTP exchange factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0831
ポリマ－6,0831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rab5 GDP/GTP exchange factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0831
ポリマ－6,0831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Rab5 GDP/GTP exchange factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0831
ポリマ－6,0831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Rab5 GDP/GTP exchange factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0831
ポリマ－6,0831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.757, 40.345, 51.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Rab5 GDP/GTP exchange factor / RRabex-5 / AP1 / Rabaptin-5-associated exchange factor for Rab5


分子量: 6082.916 Da / 分子数: 4 / 断片: Rabex-5 CC domain, UNP residues 626-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABEX5 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9UJ41
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.10M NaAc, 17.5% MPD, 2% PEG4000 , pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 12748 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 14 / Num. unique all: 12748 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N3Y

4n3y


解像度: 2→30.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.911 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 622 4.9 %RANDOM
Rwork0.1911 ---
obs0.1932 12681 96.3 %-
all-12748 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.16 Å2 / Biso mean: 30.908 Å2 / Biso min: 4.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-0 Å20.8 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1621 0 0 105 1726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.9672180
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00233725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8995191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64326.12993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.76915356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2581512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1720.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02351
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 39 -
Rwork0.199 891 -
all-930 -
obs--96.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.42320.2302-2.83910.0153-0.13641.578-0.03960.1409-0.26450.0001-0.00760.01280.03810.10010.04720.00960.01740.00880.0667-0.03060.0957-1.0064-7.7307-17.9882
26.5316-1.0187-4.15580.24260.92213.5952-0.04370.03710.0914-0.00510.07090.0122-0.03550.2411-0.02720.0135-0.00690.0180.120.01120.0634-4.4901-0.3279-21.4323
310.16991.5877-2.85490.2976-0.31641.1455-0.17620.19930.1815-0.03760.06220.09160.0225-0.00310.11390.01320.0002-0.00560.06240.04780.09531.8502-2.2351-9.2092
410.80020.0886-7.42460.0103-0.07745.9597-0.00580.35020.15850.0192-0.01780.0049-0.0608-0.07980.02370.0439-0.02670.01280.0730.04940.0784-0.67465.2282-12.1704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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