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万見
- PDB-6shk: High resolution structure of the antimicrobial peptide Dermcidin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6shk
タイトルHigh resolution structure of the antimicrobial peptide Dermcidin from human
要素Dermcidin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / AMP / antimicrobial peptides (抗微生物ペプチド) / channel / barrel stave model
機能・相同性
機能・相同性情報


killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / 抗微生物ペプチド / defense response to fungus / monoatomic ion channel activity / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / タンパク質分解 / RNA binding ...killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / 抗微生物ペプチド / defense response to fungus / monoatomic ion channel activity / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / タンパク質分解 / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dermcidin / Dermcidin/Lacritin / Dermcidin, antibiotic peptide
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.992 Å
データ登録者Zeth, K.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure and Functional Mechanism of a Human Antimicrobial Membrane Channel
著者: Zeth, K.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure and functional mechanism of a human antimicrobial membrane channel.
著者: Song, C. / Weichbrodt, C. / Salnikov, E.S. / Dynowski, M. / Forsberg, B.O. / Bechinger, B. / Steinem, C. / de Groot, B.L. / Zachariae, U. / Zeth, K.
履歴
登録2019年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dermcidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9573
ポリマ－4,8271
非ポリマー1312
水0
1
A: Dermcidin
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,74418
ポリマ－28,9596
非ポリマー78512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area10600 Å2
ΔGint-429 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.758, 50.758, 105.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Dermcidin / / Preproteolysin


分子量: 4826.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCD, AIDD, DSEP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P81605, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 4000, Ph 7, 200 mM Zinc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 6939 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.34 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 3.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 1072 / CC1/2: 0.54 / Rrim(I) all: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YMK

2ymk


解像度: 1.992→35.293 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 341 4.96 %
Rwork0.281 --
obs0.2806 6870 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 157.98 Å2 / Biso mean: 79.3895 Å2 / Biso min: 39.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.992→35.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数337 0 2 0 339
Biso mean--103.97 --
残基数----48
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.992-2.50910.41461700.3625323798
2.5091-35.290.25511710.2679329299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.3332 Å / Origin y: 10.2572 Å / Origin z: 50.5063 Å
111213212223313233
T0.5015 Å2-0.1075 Å2-0.0244 Å2-0.6228 Å20.0234 Å2--0.5298 Å2
L1.3203 °2-0.7765 °2-1.2003 °2-1.6843 °20.9691 °2--2.2863 °2
S-0.1149 Å °0.1617 Å °-0.012 Å °0.0442 Å °0.0399 Å °0.1186 Å °1.2991 Å °-1.3064 Å °0.0277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain 'A' and (resid 1 through 48 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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