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- PDB-2ymk: Crystal structure of the hexameric anti-microbial peptide channel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ymk
タイトルCrystal structure of the hexameric anti-microbial peptide channel dermcidin
要素DCD-1
キーワードANTIBIOTIC / ANTI-MICROBIAL PEPTIDE CHANNEL / MEMBRANE SPANNING PEPTIDE / HUMAN EPIDERMAL SURFACE
機能・相同性
機能・相同性情報


killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Antimicrobial peptides / monoatomic ion channel activity / defense response to fungus / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / proteolysis / RNA binding ...killing by host of symbiont cells / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Antimicrobial peptides / monoatomic ion channel activity / defense response to fungus / peptidase activity / defense response to bacterium / lipid binding / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Dermcidin / Dermcidin/Lacritin / Dermcidin, antibiotic peptide / Single helix bin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Zeth, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure and Functional Mechanism of a Human Antimicrobial Membrane Channel.
著者: Song, C. / Weichbrodt, C. / Salnikov, E.S. / Dynowski, M. / Forsberg, B.O. / Bechinger, B. / Steinem, C. / De Groot, B.L. / Zachariae, U. / Zeth, K.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Database references / Other
改定 1.22013年4月3日Group: Database references
改定 1.32013年12月25日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DCD-1
B: DCD-1
C: DCD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8729
ポリマ－14,4803
非ポリマー3926
水43224
1
A: DCD-1
B: DCD-1
C: DCD-1
ヘテロ分子

A: DCD-1
B: DCD-1
C: DCD-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,74418
ポリマ－28,9596
非ポリマー78512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area9860 Å2
ΔGint-423.3 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.354, 50.724, 45.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A2 - 48
2114B2 - 48
3114C2 - 48

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド DCD-1 / DERMCIDIN / PREPROTEOLYSIN / SURVIVAL-PROMOTING PEPTIDE


分子量: 4826.503 Da / 分子数: 3 / 断片: PEPTIDE, RESIDUES 63-110 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PEPTIDE OF 48 RESIDUES / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: P81605, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M ZN(AC)2, 0.1 M NA-CACODYLATE, 18% PEG8000 AT PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.27
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.328
11-0.500H+0.500K+L, 0.500H-0.500K+L, 0.500H+0.520.268
11-0.500H-0.500K+L, -0.500H-0.500K-L, 0.500H-0.530.403
反射解像度: 2.5→33 Å / Num. obs: 5189 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.95 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法位相決定
BUCCANEER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.49→33.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 24.582 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27384 252 4.6 %RANDOM
Rwork0.20466 ---
obs0.20838 5189 98.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.651 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--50.26 Å20 Å242.34 Å2
2--21.97 Å20 Å2
3---28.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→33.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 6 24 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.022980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3332.0321307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7545137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.1812930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.40115194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8671.5673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61321046
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0833307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7844.5261
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 318 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.380.5
2Bmedium positional0.450.5
3Cmedium positional0.480.5
1Amedium thermal0.832
2Bmedium thermal0.882
3Cmedium thermal0.672
LS精密化 シェル解像度: 2.493→2.558 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 10 -
Rwork0.234 349 -
obs--86.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
123.37570.9891-7.64770.8216-0.10033.20150.6065-0.2339-0.76730.1665-0.4438-0.0748-0.26490.1321-0.16270.27630.0302-0.08040.18430.01590.1683-11.007132.43579.3482
220.55970.332-10.11880.79380.03765.62041.1283-0.37780.39630.02-0.5777-0.0676-0.92280.2419-0.55050.2874-0.0054-0.07190.1588-0.04190.2289-4.78722.674922.5494
321.1139-2.1127-7.4741.41250.70433.11770.54950.77080.0594-0.124-0.2946-0.09-0.3434-0.2392-0.25490.2658-0.0073-0.10180.2085-0.00660.111-4.567940.299423.8052
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 48

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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