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- PDB-4n3n: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3n
タイトルCrystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (517-1116) from Chaetomium thermophilum, apo form
要素Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(517-C)
キーワードTRANSLATION / Translation initiation / GTPase / eIF5B/IF2 / Subunit joining / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.752 Å
データ登録者Kuhle, B. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: eIF5B employs a novel domain release mechanism to catalyze ribosomal subunit joining.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(517-C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3302
ポリマ－67,2401
非ポリマー901
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(517-C)
ヘテロ分子

A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(517-C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,6594
ポリマ－134,4792
非ポリマー1802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area4560 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area53240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.470, 111.470, 115.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(517-C)


分子量: 67239.531 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 517-1092 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S8G9
#2: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 12% PEG 20000, 10 mM Na-lactate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82658 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→35.68 Å / Num. obs: 21910 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 77.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.75-2.850.5153.76159602198100
2.85-2.950.415.15153791898100
2.95-3.150.2348.54245263105100
3.15-3.750.08520.65460565904100
3.75-4.050.04238.2413320176599.7
4.05-4.350.03150.04101591330100
4.35-4.650.02759.937923101799.6
4.65-140.01875.5333264450199.9
14-170.01114.854928198.8
17-500.013110.6660911195.7
50

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.27 Å
Translation3 Å48.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1G7R

1g7r


解像度: 2.752→35.683 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7751 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1094 5 %
Rwork0.1927 --
obs0.195 21879 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.58 Å2 / Biso mean: 64.6618 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.752→35.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4573 0 6 27 4606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8256304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056729
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7331775
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7521-2.87730.38911360.308725672703
2.8773-3.02890.33171360.275425712707
3.0289-3.21860.34251340.255925562690
3.2186-3.46690.31841360.249525712707
3.4669-3.81540.25071360.204125832719
3.8154-4.36670.2621350.170325752710
4.3667-5.49830.17931390.161826372776
5.4983-35.68640.19821420.171127252867
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2883-0.0872-0.14860.23280.01830.1874-0.0490.2164-0.18710.23820.0030.15360.1059-0.1321-00.446-0.10970.07050.3852-0.03850.3992-53.3677-2.7948-4.6928
20.2223-0.0702-0.0280.27490.08230.15810.06280.16140.1870.1208-0.03820.0658-0.1287-0.263100.27990.0280.01660.54490.0140.4117-59.690518.2299-19.369
30.0584-0.00910.1088-0.03660.21410.12490.0910.216-0.28280.02940.1815-0.062-0.1046-0.09440.07210.281-0.00850.02950.4825-0.04170.4552-18.022115.6811-32.2565
40.2620.4639-0.46650.8987-0.94031.23920.44360.4087-0.20550.4290.28750.1941-0.1217-0.12290.72990.3102-0.0349-0.18710.4656-0.42930.51888.956617.4529-33.5542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 514 through 722 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 723 through 879 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 880 through 1026 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1027 through 1116 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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