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- PDB-3rht: Crystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rht
タイトルCrystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-like protein from Planctomyces limnophilus
要素(GATase1)-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative glutamine amidotransferase / Putative glutamine amidotransferase / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Putative glutamine amidotransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of type 1 glutamine amidotransferase (GATase1)-like protein from Planctomyces limnophilus
著者: Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (GATase1)-like protein
B: (GATase1)-like protein
C: (GATase1)-like protein
D: (GATase1)-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,62225
ポリマ－114,3494
非ポリマー1,27321
水10,719595
1
A: (GATase1)-like protein
D: (GATase1)-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,80012
ポリマ－57,1752
非ポリマー62510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
2
B: (GATase1)-like protein
C: (GATase1)-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,82313
ポリマ－57,1752
非ポリマー64811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.287, 126.827, 101.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
(GATase1)-like protein


分子量: 28587.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_2614 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: D5SQH6

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非ポリマー , 6種, 616分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 14.4% PEG8000, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. all: 93377 / Num. obs: 93329 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4567 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.83→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.365 / SU ML: 0.075 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19172 1383 1.5 %RANDOM
Rwork0.15754 ---
all0.15803 93207 --
obs0.15803 93207 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.098 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å20 Å2-0.35 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7752 0 73 595 8420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0218103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.94311062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.937312892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.851022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.11324.143350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.416151232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0011542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021620
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7661.55058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2471.52074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31228095
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41633045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6934.52967
LS精密化 シェル解像度: 1.832→1.88 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 103 -
Rwork0.263 6552 -
obs-6655 97.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8417-0.43311.77491.49110.45262.84240.0068-0.5094-0.11890.26880.00060.0801-0.028-0.2802-0.00730.1001-0.0149-0.00170.20210.03450.0323-4.073946.102934.3467
21.5310.10640.07430.8294-0.14462.31820.0196-0.2049-0.29230.0923-0.0249-0.05640.24760.08260.00530.1003-0.0053-0.01220.09970.04390.133.895135.341424.2757
33.2106-0.84022.89813.6189-5.405221.12920.08850.3529-0.24720.0049-0.1621-0.12650.72210.64370.07370.09430.0016-0.01550.1287-0.110.13951.430235.493-1.9492
41.778-0.41690.17541.28520.01731.65770.0051-0.214-0.26890.14920.02630.11730.1598-0.2662-0.03140.0733-0.0586-0.00420.12680.02470.0834-7.65538.202323.601
54.52761.3352-0.90122.2124-1.09553.24720.04920.55630.5851-0.0944-0.02890.1563-0.3561-0.0615-0.02030.10490.0117-0.03020.14750.09610.098811.716447.36555.7996
62.2950.1634-0.39781.2745-0.27941.75780.07350.03920.32040.0072-0.0912-0.0606-0.21790.15130.01770.0531-0.0232-0.0260.0390.02120.086320.88445.959270.9458
710.38651.861-1.050214.80410.56937.94680.4119-1.1345-0.65710.6977-0.4668-0.63270.21610.13830.05480.1128-0.0578-0.0870.2240.11790.097317.387321.157289.3378
82.45450.61960.14691.35090.07641.69910.01920.0690.3379-0.0113-0.04260.1208-0.2009-0.08540.02340.03640.01510.00230.01230.00990.050110.349743.750170.2148
93.34291.67170.47152.33530.37341.7548-0.20950.4137-0.5446-0.51880.134-0.27540.26750.01370.07550.2326-0.00150.09460.1296-0.08370.163411.58813.574653.8594
101.74340.41230.02812.03150.13271.3213-0.00340.0168-0.3583-0.0541-0.0999-0.11110.1943-0.09720.10330.0553-0.00410.02930.0211-0.00350.10176.791114.485870.8583
112.08121.73850.450214.78526.62693.63750.1631-0.4229-0.04270.4468-0.48520.48370.2001-0.20710.32210.0575-0.036-0.00160.13510.01580.04758.531326.384785.9353
122.22420.9989-0.23431.8434-0.02851.2863-0.090.0778-0.4934-0.1395-0.0299-0.37610.18570.13480.11990.05480.03410.03820.0306-0.0010.148317.460215.868967.8951
133.84830.4488-0.72576.5281-1.63866.98040.1246-0.11260.54170.0311-0.0135-0.0283-0.39780.1332-0.11110.0427-0.00310.00240.0183-0.04120.1257-2.686167.46512.8938
143.6004-2.406-0.0082.9489-0.07271.3920.14410.08070.5235-0.0539-0.0511-0.1776-0.33620.0106-0.0930.1211-0.00550.01970.0625-0.01980.1453-4.240769.740410.4932
151.64060.8535-0.50342.7987-1.09512.03550.08610.16310.2916-0.00040.00990.2761-0.2942-0.27-0.0960.07510.04870.00420.142-0.00260.0965-15.933564.63563.7052
161.8513-0.2903-0.05071.31150.01351.56650.03110.2128-0.0255-0.1271-0.02-0.02240.0543-0.0572-0.01110.0351-0.01-0.0040.0971-0.02820.0148-2.758650.83680.1235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3A165 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4A188 - 254
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6B50 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7B170 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8B184 - 254
9X-RAY DIFFRACTION9C3 - 69
10X-RAY DIFFRACTION10C70 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11C158 - 186
12X-RAY DIFFRACTION12C187 - 254
13X-RAY DIFFRACTION13D3 - 13
14X-RAY DIFFRACTION14D14 - 63
15X-RAY DIFFRACTION15D64 - 116
16X-RAY DIFFRACTION16D117 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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