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Yorodumi- PDB-4m8d: Crystal structure of an isatin hydrolase bound to product analogu... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4m8d | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of an isatin hydrolase bound to product analogue thioisatinate | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Isatin hydrolysis / Thioisatinate (product analogue) | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationisatin hydrolase / arylformamidase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / manganese ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Labrenzia aggregata (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Bjerregaard-Andersen, K. / Sommer, T. / Jensen, J.K. / Jochimsen, B. / Etzerodt, M. / Morth, J.P. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2014Title: A proton wire and water channel revealed in the crystal structure of isatin hydrolase. Authors: Bjerregaard-Andersen, K. / Sommer, T. / Jensen, J.K. / Jochimsen, B. / Etzerodt, M. / Morth, J.P. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4m8d.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4m8d.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4m8d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4m8d_validation.pdf.gz | 517 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4m8d_full_validation.pdf.gz | 532 KB | Display | |
| Data in XML | 4m8d_validation.xml.gz | 141.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 4m8d_validation.cif.gz | 207.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m8d | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4j0nSC ![]() 4jb5 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 28081.643 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Labrenzia aggregata (bacteria) / Strain: IAM 12614 / Gene: SIAM614_09648 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-MN / #3: Chemical | ChemComp-23J / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 16% w/V PEG3350, 0.2 M calcium acetate, 1 mM MnCl2, 1 mM thioisatin (Benzo[b]thiophene-2,3-dione), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1.2395 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 30, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.2395 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→49.506 Å / Num. obs: 471486 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.53 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 96.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 4J0N Resolution: 1.9→29.976 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.99 / Phase error: 18.72 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→29.976 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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