+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vse | ||||||
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Title | Crystal structure of methyltransferase | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Rossmann fold / METHYLTRANSFERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.099 Å | ||||||
Authors | Kita, S. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
Citation | Journal: Protein Pept.Lett. / Year: 2012 Title: Crystal structure of a putative methyltransferase SAV1081 from Staphylococcus aureus Authors: Kita, S. / Tanaka, Y. / Hirano, N. / Kimura, S. / Suzuki, T. / Suzuki, T. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vse.cif.gz | 330.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vse.ent.gz | 268.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vse.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vse | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45867.570 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: Mu50 / Gene: SAV1081 / Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): B834(DE3) / References: UniProt: Q99V16, UniProt: A0A0H3JYW8*PLUS #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: 100mM sodium acetate pH4.5, 40 %(v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.9798 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jan 22, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9798 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.099→50 Å / Num. obs: 103003 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 26.86 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.099→34.126 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8392 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / Phase error: 23.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.95 Å2 / Biso mean: 20.9407 Å2 / Biso min: 3.29 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.099→34.126 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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