PDB-4njk: Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4njk

タイトル

Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in complex with AdoMet, 7-carboxy-7-deazaguanine, and Mg2+

要素

7-carboxy-7-deazaguanine synthase

キーワード

LYASE / AdoMet radical enzyme / modified partial TIM barrel-like structure / radical SAM fold / radical AdoMet fold / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / tRNA queuosine(34) biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.911 Å

データ登録者

Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism.
著者: Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2013年11月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月22日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4njk.cif.gz	198.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4njk.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4njk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/4njk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/4njk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4njgSC 4njhC 4njiC 4njjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uvg-d 1wak-d 4nji-d 3vse-1 4jxi-2 4jf9-d 4ik1-d 2evi-d 6s68-1 3sg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

B: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

ヘテロ分子

52.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.790, 118.790, 102.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-435- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE 分子量: 25343.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア) 株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: queE, Bmul_3115, BMULJ_00116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A9AC61, UniProt: A0A0H3KB22*PLUS, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

#1: タンパク質

7-carboxy-7-deazaguanine synthase / CDG synthase / Queuosine biosynthesis protein QueE

分子量: 25343.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia multivorans (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: queE, Bmul_3115, BMULJ_00116 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9AC61, UniProt: A0A0H3KB22*PLUS, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase

-
非ポリマー , 7種, 457分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-2KA / 2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carboxylic acid / 2-アミノ-4-オキソ-3,4-ジヒドロ-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-5-カルボン酸分子量: 194.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆N₄O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: anaerobic, 1.8 M sodium dipotassium phosphate, pH 6.8, 0.1 M acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→47.2 Å / Num. obs: 55525 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.8 Å² / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.91→1.98 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / R_sym value: 0.575 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NJG

4njg

解像度: 1.911→47.182 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1832	2745	4.95 %
R_work	0.1528	-	-
obs	0.1543	55489	96.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.911→47.182 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3240	0	111	446	3797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.522	4848
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.903	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	689

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9105-1.9435	0.2642	125	0.2336	2478	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9435-1.9788	0.2034	130	0.2143	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9788-2.0169	0.2485	146	0.194	2555	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0169-2.058	0.2284	136	0.1917	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
2.058-2.1028	0.2423	145	0.1872	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1028-2.1517	0.2264	124	0.1822	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1517-2.2055	0.2108	153	0.1778	2503	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2055-2.2651	0.2146	152	0.1631	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2651-2.3318	0.1956	140	0.1607	2654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3318-2.407	0.2243	139	0.159	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
2.407-2.4931	0.1897	143	0.1575	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4931-2.5929	0.1833	116	0.1665	2662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5929-2.7109	0.252	135	0.1722	2549	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7109-2.8538	0.1864	116	0.166	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8538-3.0325	0.2271	134	0.1673	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0325-3.2666	0.1819	169	0.1677	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2666-3.5953	0.1679	113	0.1495	2610	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5953-4.1152	0.155	145	0.1241	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1152-5.1837	0.1279	145	0.1142	2681	X-RAY DIFFRACTION	96
5.1837-47.1963	0.1804	139	0.1531	2869	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6171	0.6732	1.6756	1.235	-0.8376	3.4588	0.1463	0.737	-0.4956	-0.2315	-0.0665	-0.3398	0.2912	0.4542	-0.0697	0.268	0.008	0.0185	0.3508	-0.1434	0.3304	16.8998	80.6339	3.2908
2	4.199	-5.4991	4.0465	7.7879	-6.8641	9.9074	0.1188	0.5409	-0.4561	-0.2651	0.0582	0.115	0.5134	0.1924	-0.3372	0.2824	-0.0496	0.0696	0.4394	-0.194	0.4527	18.5092	75.7968	2.0069
3	2.0577	0.5458	0.8296	2.2894	0.3256	2.7906	-0.1526	0.9193	0.0935	-0.5732	0.1137	-0.1084	-0.2356	0.4508	0.0288	0.3468	-0.0432	0.0178	0.505	0.0084	0.2304	13.3026	91.0498	-3.2451
4	9.9603	-7.3277	7.6992	6.943	-4.9897	3.2348	-0.006	0.3428	0.7578	-0.5882	-0.3616	-0.793	0.288	0.4142	0.4951	0.2601	0.0031	0.0077	0.3156	-0.027	0.2939	18.2992	92.1775	10.4135
5	4.8389	-1.1744	1.5999	4.6132	-2.0044	2.4335	-0.1849	-0.1546	0.0996	0.3964	-0.0108	-0.2973	-0.2791	-0.059	0.1891	0.2143	-0.0184	-0.0415	0.2538	-0.0438	0.2233	18.9514	89.382	20.4551
6	4.6343	-5.4283	0.121	9.718	-0.7963	2.7957	-0.0677	-0.2353	-0.4978	-0.4453	0.2256	0.5527	0.2508	-0.2552	-0.076	0.2044	-0.0494	-0.0859	0.3332	-0.0098	0.2915	10.5535	78.3766	20.6461
7	2.6204	-0.9903	-1.1317	3.5484	3.2927	8.1146	0.0364	-0.2551	-0.1821	0.0632	-0.0256	0.0473	-0.0082	-0.4367	-0.0434	0.154	0.0238	-0.024	0.2734	0.0146	0.2192	6.7545	81.4663	19.3791
8	2.4296	0.1264	0.9165	1.3311	0.1717	1.4394	0.0093	-0.6577	0.1937	0.2823	-0.1093	0.3	-0.0247	-0.2994	0.111	0.259	0.0303	0.0338	0.4787	-0.0748	0.2801	-11.0465	85.5867	27.6016
9	6.1745	-2.671	6.329	9.7118	-4.1404	8.4041	0.0454	-0.3637	-0.1752	0.5379	0.199	0.9908	0.2232	-0.7237	-0.3014	0.2903	0.0008	0.0755	0.4407	-0.093	0.4347	-24.6901	76.795	20.2976
10	1.2242	0.5055	1.7659	2.1844	3.7216	4.046	-0.0213	-1.4274	-0.034	0.2747	-0.342	0.8682	-0.2061	-0.3816	0.2464	0.4661	-0.0412	0.1206	0.9309	-0.1027	0.4956	-15.9523	85.119	37.6463
11	2.6331	-0.1621	0.5425	1.2965	0.5548	2.7682	-0.1109	-0.6592	0.441	0.1868	-0.0955	0.1945	-0.2938	-0.198	0.2233	0.2594	0.0197	-0.0245	0.4031	-0.1523	0.3262	-12.0427	92.8532	23.4461
12	3.7468	1.3921	-1.4299	2.347	-3.6797	4.1001	-0.2109	-0.1449	0.3146	-0.1486	0.0649	-0.2301	-0.2788	0.0065	0.1225	0.2695	0.0248	-0.1048	0.2567	-0.104	0.309	-11.7292	89.7139	8.4826
13	8.0426	7.8328	-6.9186	2.618	-7.3176	7.6013	-0.2048	0.5325	-0.3317	-0.4223	0.2642	0.1951	0.4011	-0.2085	0.0662	0.3021	0.0352	-0.0558	0.341	-0.1204	0.3399	-8.2398	78.2391	3.4772
14	2.0821	-0.1118	0.0751	2.0642	-1.7045	3.5433	0.0836	-0.1402	-0.2014	-0.0838	-0.0041	0.0454	0.1543	0.3252	-0.0671	0.214	-0.0101	-0.0303	0.301	-0.0592	0.2659	-3.8966	80.6159	15.2277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 2:46)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 47:60)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 61:123)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 124:139)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 140:167)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 168:189)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 190:210)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 2:36)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 37:51)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 52:68)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 69:158)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 159:177)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 178:195)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 196:210)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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