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- PDB-4nji: Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nji | ||||||
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Title | Crystal Structure of QueE from Burkholderia multivorans in complex with AdoMet, 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin, and Mg2+ | ||||||
![]() | 7-carboxy-7-deazaguanine synthase | ||||||
![]() | LYASE / AdoMet radical enzyme / modified partial TIM barrel-like structure / radical SAM fold / radical AdoMet fold / synthase | ||||||
Function / homology | ![]() 7-carboxy-7-deazaguanine synthase / carbon-nitrogen lyase activity / queuosine biosynthetic process / S-adenosyl-L-methionine binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism. Authors: Dowling, D.P. / Bruender, N.A. / Young, A.P. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. / Drennan, C.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 192.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 152.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4njgSC ![]() 4njhC ![]() 4njjC ![]() 4njkC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 25343.725 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A9AC61, UniProt: A0A0H3KB22*PLUS, 7-carboxy-7-deazaguanine synthase |
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-Non-polymers , 7 types, 319 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/2K8.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/2K8.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.65 Å3/Da / Density % sol: 66.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 Details: anaerobic, 1.8-2.2 M sodium dipotassium phosphate, pH 6.8, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.197→28.9 Å / Num. all: 38406 / Num. obs: 38406 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.197→2.28 Å / Redundancy: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 99.7 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4NJG Resolution: 2.197→28.892 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.197→28.892 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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