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- PDB-6s68: Structure of the Fluorescent Protein AausFP2 from Aequorea cf. au... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s68
タイトルStructure of the Fluorescent Protein AausFP2 from Aequorea cf. australis at pH 7.6
要素Aequorea cf. australis fluorescent protein 2 (AausFP2)
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP-like fluorescent protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Aequorea australis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Depernet, H. / Gotthard, G. / Lambert, G.G. / Shaner, N.C. / Royant, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM109984-01 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2020
タイトル: Aequorea's secrets revealed: New fluorescent proteins with unique properties for bioimaging and biosensing.
著者: Lambert, G.G. / Depernet, H. / Gotthard, G. / Schultz, D.T. / Navizet, I. / Lambert, T. / Adams, S.R. / Torreblanca-Zanca, A. / Chu, M. / Bindels, D.S. / Levesque, V. / Nero Moffatt, J. / ...著者: Lambert, G.G. / Depernet, H. / Gotthard, G. / Schultz, D.T. / Navizet, I. / Lambert, T. / Adams, S.R. / Torreblanca-Zanca, A. / Chu, M. / Bindels, D.S. / Levesque, V. / Nero Moffatt, J. / Salih, A. / Royant, A. / Shaner, N.C.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aequorea cf. australis fluorescent protein 2 (AausFP2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5711
ポリマ－25,5711
非ポリマー00
水2,666148
1
A: Aequorea cf. australis fluorescent protein 2 (AausFP2)

A: Aequorea cf. australis fluorescent protein 2 (AausFP2)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1422
ポリマ－51,1422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3750 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.410, 75.130, 100.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-375-

HOH

21A-426-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aequorea cf. australis fluorescent protein 2 (AausFP2)


分子量: 25571.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The PIA chromophore is formed upon autocatalytic cyclization of the three consecutive amino acid residues A, Y and G.
由来: (組換発現) Aequorea australis (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 % / 解説: plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 24% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日 / 詳細: CRL Transfocator, Elliptical mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→44.11 Å / Num. obs: 13079 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 12.79
反射 シェル解像度: 2.06→2.11 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 976 / CC1/2: 0.683 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: phiYFPv (Phialidium, PDB:4HE4)

4he4


解像度: 2.06→44.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 9.351 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.167
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2018 632 4.8 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.1683 12447 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.15 Å2 / Biso mean: 34.468 Å2 / Biso min: 22.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å20 Å20 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3---2.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.06→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 20 148 1905
Biso mean--28.93 44.21 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0131831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.6582481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3041.5893901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0155233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33723.22693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84515316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.307159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02392
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.113 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 41 -
Rwork0.238 930 -
all-971 -
obs--99.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.716 Å / Origin y: 8.858 Å / Origin z: 13.574 Å
111213212223313233
T0.226 Å2-0.0203 Å2-0.0133 Å2-0.0337 Å20.0206 Å2--0.0168 Å2
L1.0276 °20.4176 °20.3565 °2-1.679 °2-0.7929 °2--2.223 °2
S-0.0967 Å °0.0356 Å °0.0504 Å °-0.198 Å °0.1917 Å °0.1651 Å °0.0106 Å °-0.2303 Å °-0.095 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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