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- PDB-5ep8: X-Ray Structure of the Complex Pyrimidine-nucleoside phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ep8
タイトルX-Ray Structure of the Complex Pyrimidine-nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis with Sulfate Ion
要素Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase / NP-2 superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine-nucleoside phosphorylase / pyrimidine nucleoside metabolic process / thymidine phosphorylase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C ...Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, bacterial/eukaryotic / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain / Thymidine/pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Pyrimidine nucleoside phosphorylase, C-terminal / Pyrimidine-nucleoside phosphorylase, conserved site / Pyrimidine nucleoside phosphorylase-like, C-terminal domain superfamily / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Thymidine and pyrimidine-nucleoside phosphorylases signature. / Pyrimidine nucleoside phosphorylase C-terminal domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Lashkov, A.A. / Balaev, V.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RFBR14-04-00952 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: X-Ray Structure of the Complex Pyrimidine-nucleoside phosphorylase from Bacillus subtilis with Sulfate Ion
著者: Lashkov, A.A. / Balaev, V.V. / Gabdoulkhakov, A.G. / Betzel, C. / Mikhailov, A.M.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
B: Pyrimidine-nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8505
ポリマ－92,6342
非ポリマー2153
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area34410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.463, 91.350, 109.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pyrimidine-nucleoside phosphorylase / Py-NPase


分子量: 46317.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: pdp, BSU39400 / プラスミド: pET15b/pdp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P39142, pyrimidine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Sodium acetate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→70.224 Å / Num. all: 23783 / Num. obs: 23783 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 11.522 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 102504
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.66-2.84.40.8910.91508034240.4680.8911.799.7
2.8-2.974.30.4751.61384732390.2540.4752.999.3
2.97-3.184.50.2882.71377130420.150.288599.9
3.18-3.434.30.1664.71238228520.0880.1668.499.9
3.43-3.764.30.0858.91113526170.0460.08514.799.2
3.76-4.214.40.04615.61072924150.0240.04625.599.9
4.21-4.864.20.0323.3889821180.0160.0336.899
4.86-5.954.40.02624.8797518160.0140.02640.199.9
5.95-8.4140.02223.1565014300.0120.0224699.2
8.41-47.0563.70.01633.430378300.0090.01659.498

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.52
最高解像度最低解像度
Rotation47.06 Å3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H5Q

3h5q


解像度: 2.66→70.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2928 / WRfactor Rwork: 0.2154 / FOM work R set: 0.7122 / SU B: 21.081 / SU ML: 0.408 / SU Rfree: 0.4263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2928 1171 4.9 %RANDOM
Rwork0.2154 ---
obs0.2191 22573 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 138.01 Å2 / Biso mean: 75.353 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.45 Å2-0 Å20 Å2
2---4.34 Å2-0 Å2
3----3.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→70.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6466 0 11 27 6504
Biso mean--120.2 57.39 -
残基数----866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1251.998832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.855315201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.955866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88825.952252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.651151232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6291530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7857.4023464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7837.4023463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.56411.0984327
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.729 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 96 -
Rwork0.38 1635 -
all-1731 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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