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万見
- PDB-4n3g: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n3g
タイトルCrystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (870-1116) from Chaetomium thermophilum, domains III and IV
要素Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(870-C)
キーワードTRANSLATION / Translation initiation / GTPase / eIF5B/IF2 / Subunit joining / Ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain ...Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LACTIC ACID / Eukaryotic translation initiation factor 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.203 Å
データ登録者Kuhle, B. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2014
タイトル: eIF5B employs a novel domain release mechanism to catalyze ribosomal subunit joining.
著者: Kuhle, B. / Ficner, R.
履歴
登録2013年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Other
改定 1.22014年8月6日Group: Structure summary
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(870-C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4554
ポリマ－67,2401
非ポリマー2163
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.230, 98.230, 97.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5B-like protein, eIF5B(870-C)


分子量: 67239.531 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 517-1092 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0029840 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G0S8G9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM MES, 12% PEG 20000, 10 mM Na-lactate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.82658 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82658 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→99.7954 Å / Num. obs: 9288 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 117.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 32.12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.2-3.30.5744.315506800100
3.3-3.40.4155.754940718100
3.4-3.60.2249.7380971198100
3.6-4.060.09219.15127091958100
4.06-4.290.0530.914543675100
4.29-4.520.0437.42362955199.8
4.52-4.750.03442.3294045799.8
4.75-140.01860.7116921280699.8
14-170.01489.7826056100
17-500.01477.552916989.6
50

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å43.86 Å
Translation3.2 Å43.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.203→43.857 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7712 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2195 465 5.02 %
Rwork0.19 --
obs0.1915 9266 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 175.42 Å2 / Biso mean: 97.7706 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.203→43.857 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 13 0 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6112666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.076753
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.2033-3.66660.34451530.280128723025
3.6666-4.61870.23391530.196629203073
4.6187-43.86070.18941590.168830093168
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.09320.6487-1.12581.661-0.9810.83620.34950.0171-0.04650.1039-0.31680.388-0.3250.0282-0.00020.61410.0688-0.05030.6719-0.01610.6195-9.717674.123629.1659
20.3210.6151-0.34281.492-0.24180.43610.08790.0027-0.64190.556-0.3679-0.63550.632-0.2993-0.0130.4620.01110.06150.5380.02631.0357-7.576558.159423.1497
32.1510.2609-0.53661.1553-1.10030.968-0.0317-0.05010.1741-0.1869-0.2266-0.13990.2781-0.376-0.00060.6115-0.15630.13470.8178-0.00350.6081-10.668731.38163.2568
42.09611.1169-1.08171.4645-0.64241.9286-0.1105-0.29640.7471-0.0791-0.16120.426-0.84290.5504-0.42760.6595-0.07050.06870.641-0.0190.8965-1.465847.4762.3637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 870 through 953 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 954 through 979 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 980 through 1083 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1084 through 1116 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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