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- PDB-5xt2: Crystal structures of full-length FixJ from B. japonicum crystall... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xt2 | ||||||
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Title | Crystal structures of full-length FixJ from B. japonicum crystallized in space group P212121 | ||||||
![]() | Response regulator FixJ | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Response Regulater / FixJ/NarL Family / Full-length / unphosphorylated monomeric state | ||||||
Function / homology | ![]() Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nishizono, Y. / Hisano, T. / Shiro, Y. / Sawai, H. / Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Architecture of the complete oxygen-sensing FixL-FixJ two-component signal transduction system. Authors: Wright, G.S.A. / Saeki, A. / Hikima, T. / Nishizono, Y. / Hisano, T. / Kamaya, M. / Nukina, K. / Nishitani, H. / Nakamura, H. / Yamamoto, M. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. / Shiro, Y. / Sawai, H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 391.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 324.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 495.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 512.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 54.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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5 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23355.830 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.264 Å3/Da / Density % sol: 62.3 % Description: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: pentaerythritol ethoxylate, magnesium formate, glycerol, Tris-HCL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX225-HS / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 47221 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 28.2 % / Biso Wilson estimate: 33.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.012 / Net I/σ(I): 60.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 1.127 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2050 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.266 / % possible all: 95.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.652→49.512 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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