PDB-4n2m: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (E354A, 0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2m

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (E354A, 0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.599 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2m.cif.gz	290.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2m.ent.gz	229.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n2h-1 4n2d-1 4n24-1 4n25-1 4n20-1 4n2f-1 6f91-1 1d01-d 4n2k-1 6qnz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.261, 51.636, 76.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78614.969 Da / 分子数: 1 / 変異: E354A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.599→42.66 Å / Num. obs: 99810 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.87 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	最高解像度: 1.599 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 1.599→42.66 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8693 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2036	2000	2 %
R_work	0.1774	-	-
obs	0.1779	99810	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.316 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.65 Å² / B_iso mean: 27.8529 Å² / B_iso min: 9.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.0234 Å²	0 Å²	-0.7731 Å²
2-	-	6.9337 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.599→42.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5065	0	37	653	5755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5388
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.265	7346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	945
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.398	1983

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.599-1.6564	0.3422	196	0.2728	9581	9777	98
1.6564-1.7228	0.2511	197	0.2409	9653	9850	99
1.7228-1.8012	0.2113	199	0.2008	9723	9922	99
1.8012-1.8961	0.2453	198	0.188	9720	9918	99
1.8961-2.0149	0.2219	200	0.1811	9719	9919	100
2.0149-2.1705	0.2037	200	0.1756	9800	10000	100
2.1705-2.3889	0.1842	200	0.1733	9809	10009	100
2.3889-2.7345	0.2177	202	0.1873	9868	10070	100
2.7345-3.445	0.198	203	0.1722	9891	10094	100
3.445-42.6756	0.1788	205	0.1573	10046	10251	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4853	-1.8625	0.6932	2.2454	0.5263	3.9977	0.2505	0.1746	0.0469	-0.2587	-0.1631	0.0101	-0.2787	-0.0122	-0.082	0.1507	0.0223	0.0108	0.1136	-0.0243	0.1321	158.737	13.4236	-3.2817
2	4.0274	-2.4358	-0.2184	3.6161	0.2762	2.5713	0.2081	0.6821	-0.2468	-0.2931	-0.4654	0.1756	-0.334	-0.5388	0.0304	0.169	0.2228	-0.1092	0.2354	-0.2483	0.4366	146.3678	11.7836	-8.8501
3	7.1114	-0.2334	1.7736	0.3198	-0.0927	0.8191	-0.0575	-0.2772	0.5356	-0.0301	-0.0515	-0.0657	0.0211	-0.0758	0.1156	0.1375	0.0201	-0.0029	0.1933	-0.0122	0.1706	187.7598	7.1286	14.1585
4	3.5294	-0.1074	0.418	2.0426	-0.5959	2.47	-0.0897	-1.0545	-0.2374	0.361	-0.0388	-0.149	0.193	-0.0682	0.0936	0.2237	0.0146	0.0089	0.4574	0.0292	0.1228	179.3959	-0.7583	22.5994
5	0.2652	0.5064	-0.2464	1.0613	-0.0667	2.1062	0.0134	-0.7117	-0.3946	0.2409	-0.0188	0.0902	0.152	0.0018	0.0397	0.1772	-0.0303	0.014	0.3024	0.034	0.1576	178.1763	-8.1141	16.297
6	2.9056	-0.0747	1.5327	-0.0058	0.1123	1.2007	0.0261	-0.1024	-0.1661	0.0131	0.0174	0.008	0.0832	-0.054	-0.0638	0.1125	-0.0034	0.0163	0.1161	0.0224	0.1252	193.7914	-3.4052	16.1712
7	4.4882	0.3995	0.4144	6.9409	1.6151	5.4066	-0.0431	-0.457	-0.0515	0.2954	-0.0103	0.3605	0.0273	-0.4837	0.0505	0.1741	0.0416	0.0312	0.2476	0.0482	0.1106	221.0502	-7.7343	37.5094
8	8.2445	-6.2561	3.9609	4.8024	-3.1426	2.6316	-0.0656	-0.4495	-0.215	0.0347	0.1955	0.215	-0.0164	-0.3393	-0.1402	0.1576	-0.0103	-0.0051	0.1973	0.0144	0.1797	209.1782	-4.3518	24.8819
9	5.8068	-5.1278	1.341	4.6057	-0.8031	2.1622	0.0245	0.3436	-1.6757	0.2356	0.398	0.3371	1.2472	0.5203	-0.414	0.4585	0.0318	-0.0609	0.268	-0.0483	0.469	214.432	-18.4507	22.6092
10	7.2464	-0.4244	-2.5408	9.0437	6.0932	4.8087	-0.0254	-0.438	-1.9421	-0.6688	0.2523	-0.8066	0.4341	0.7575	-0.1459	0.5609	0.1711	0.2006	0.5328	0.0208	0.8557	209.7192	-20.1317	27.6731
11	7.3234	-1.3911	-0.9719	2.9471	-2.7498	3.3944	-0.2903	-1.1112	-1.3165	0.6812	0.1235	0.0896	0.6977	0.2244	0.126	0.3343	-0.0054	-0.0101	0.4696	0.1728	0.4215	207.0564	-11.417	27.2508
12	3.6865	-1.7469	-0.6022	1.3588	0.795	0.7976	0.0242	0.137	-0.0693	-0.0637	-0.0578	0.0846	0.031	-0.1442	0.0393	0.1377	-0.0095	0.012	0.1301	0.0307	0.1144	219.7912	-3.7473	11.1527
13	5.8628	-1.523	1.0629	0.9508	-0.3621	1.8395	-0.0887	-0.0391	0.2454	0.0769	0.026	-0.0861	-0.1732	0.0814	0.0253	0.1464	-0.0171	-0.0066	0.0615	-0.0034	0.1116	239.8551	3.8946	23.0332
14	5.4952	5.0962	-4.8259	6.2773	-5.6797	5.1691	-0.0948	-0.3397	-0.4714	-0.0009	-0.1151	-0.4225	0.3189	0.3874	0.1462	0.1567	0.0372	-0.0253	0.1335	0.0104	0.1436	248.2195	-12.9091	30.6309
15	1.4642	-0.1113	0.144	0.5743	-0.1793	1.7446	-0.0167	0.0781	-0.0131	-0.0207	0.0129	-0.0537	0.0739	0.0714	0.0083	0.0988	-0.0135	0.0062	0.0627	-0.0091	0.1093	236.3735	-2.2653	18.0894
16	1.8604	-0.7022	0.0785	5.5996	-0.6379	1.3721	-0.0422	-0.2184	0.0128	0.1141	0.0691	0.0663	-0.0472	0.0285	-0.0209	0.1252	0.0133	-0.0068	0.1371	-0.0118	0.0559	237.6136	-1.1639	32.4533
17	4.4487	-2.6693	3.6898	3.3934	-3.2093	3.6884	-0.0739	0.1605	0.1175	-0.0026	-0.0101	0.0175	0.0726	0.0744	0.0389	0.1096	0.0076	0.0335	0.1392	-0.0061	0.1371	210.3533	3.7408	19.6847

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:157)	A	113 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:193)	A	172 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:382)	A	375 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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