PDB-4n2l: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (Q350A, 10 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2l

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (Q350A, 10 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2l.cif.gz	290.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2l.ent.gz	229.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2l_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2l_full_validation.pdf.gz	463.6 KB	表示
XML形式データ	4n2l_validation.xml.gz	29 KB	表示
CIF形式データ	4n2l_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n28-1 4n2b-1 4n2i-1 4n2n-1 4n2e-1 4n26-1 4n2a-1 4n2g-1 3vys-1 4jd3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.380, 51.100, 76.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.600, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78615.953 Da / 分子数: 1 / 変異: Q350A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.28 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40.242 Å / Num. obs: 44320 / B_iso Wilson estimate: 23.73 Å²
反射シェル	最高解像度: 2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 2.1→40.242 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8419 / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2153	2237	5.05 %
R_work	0.1652	-	-
obs	0.1678	44320	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.206 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.67 Å² / B_iso mean: 32.8102 Å² / B_iso min: 10.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.8704 Å²	0 Å²	0.0678 Å²
2-	-	13.779 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.9086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.242 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5182	0	65	421	5668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	7414
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.101	811
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	939
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.132	1972

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1751	0.2825	219	0.2122	4147	4366	99
2.1751-2.2621	0.2351	227	0.1876	4141	4368	99
2.2621-2.3651	0.279	203	0.1785	4205	4408	100
2.3651-2.4897	0.2693	237	0.1858	4164	4401	100
2.4897-2.6457	0.2549	195	0.1857	4196	4391	100
2.6457-2.8499	0.2621	210	0.1838	4220	4430	100
2.8499-3.1366	0.2518	220	0.1685	4197	4417	100
3.1366-3.5903	0.1845	238	0.1535	4221	4459	100
3.5903-4.5224	0.1656	251	0.1309	4238	4489	100
4.5224-40.2492	0.1891	237	0.1624	4354	4591	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4295	-1.5199	1.4888	2.2207	-0.364	4.3389	0.195	0.0436	0.1058	-0.1749	-0.097	0.1642	-0.2184	-0.0452	-0.1098	0.1452	0.0249	0.0085	0.0974	-0.051	0.1538	-43.3461	12.6377	-3.5561
2	9.5569	-1.4912	1.7526	5.5023	0.6389	0.7184	0.5943	0.4828	-0.1593	-0.7444	-0.2486	0.7749	0.3496	-0.0769	-0.3868	0.2327	0.0516	-0.082	0.2027	-0.0786	0.2838	-55.5199	11.3145	-9.7131
3	3.2432	-0.6704	1.2125	0.5217	-0.0136	1.1894	-0.0702	-0.7553	0.1975	0.1024	-0.0263	-0.0543	0.0111	-0.149	0.0542	0.1561	0.004	0.0099	0.2742	0.0215	0.1432	-13.3764	3.0672	17.2199
4	2.4623	-1.0428	1.0584	1.233	-0.3912	2.0684	-0.2089	-0.8521	-0.3506	0.2042	0.226	0.0207	-0.0781	-0.0103	0.0187	0.1494	-0.0186	0.0219	0.5178	0.0984	0.2075	-17.182	-5.9884	23.5212
5	0.5432	0.2185	-0.1465	1.2294	-1.0748	1.207	-0.0127	-0.6018	-0.3435	0.0838	-0.0174	0.1011	0.0363	-0.0409	0.0395	0.1706	-0.0269	0.0011	0.3255	0.0276	0.2087	-23.718	-9.5879	17.5385
6	3.7015	-0.1647	1.6352	0.0502	0.1363	1.0881	-0.0135	-0.0927	-0.2566	0.0143	0.0736	0.0008	0.0693	-0.064	-0.0618	0.1552	-0.0095	0.024	0.2084	0.03	0.1508	-8.1708	-4.7792	16.6749
7	8.5219	-0.1637	0.5255	3.611	-0.7537	2.8983	-0.2426	-0.868	0.0699	0.2851	0.3165	0.0408	-0.5897	-0.4259	0.0021	0.3478	0.0926	0.0269	0.3041	-0.0249	0.0931	20.0878	-4.9718	39.7549
8	1.1456	0.6486	0.4694	2.9004	-0.4387	3.9409	-0.0373	-0.5895	0.0491	0.0727	0.0271	-0.2383	0.2912	0.1112	0.0422	0.143	-0.0264	0.0058	0.3479	0.0629	0.103	6.3312	-5.7057	24.7063
9	2.0013	-1.8758	-2.8806	1.5031	0.4846	3.0302	-0.664	-0.2764	-1.8138	0.2813	-0.1275	0.1359	1.9741	-0.1652	0.7221	0.4859	0.0023	0.1043	0.4243	0.2036	0.4861	11.1199	-18.8011	18.9874
10	0.7113	0.9557	-1.3411	1.3879	-2.0667	3.1977	-0.53	0.2522	-1.2406	0.8522	-0.7385	1.5631	1.5199	-1.1194	1.2009	0.5232	-0.1546	0.1569	0.5151	-0.1518	1.0074	10.2699	-21.1833	24.0015
11	3.7822	-0.6241	-2.776	2.7161	1.7608	3.4515	0.0621	-0.3575	-0.7385	0.0725	0.2476	-0.2372	0.3345	-0.2907	-0.078	0.214	-0.0595	-0.1016	0.4653	0.1676	0.2894	5.4543	-15.0706	21.0951
12	3.6779	-1.396	-0.1934	0.9367	0.3493	1.5394	0.019	0.1924	-0.0572	-0.0762	-0.0506	0.0474	0.048	-0.0545	0.0453	0.1421	-0.0225	0.0013	0.1286	0.046	0.1354	17.6316	-4.9899	11.2429
13	6.9135	-2.4641	1.495	0.892	-0.5862	2.3943	-0.0177	-0.0573	0.3882	0.0885	-0.0083	-0.088	-0.1802	0.0848	0.0193	0.1655	-0.0443	0.0098	0.0655	0.0043	0.1871	38.1726	2.7629	22.9448
14	8.2126	8.0619	-7.6547	8.8097	-8.5576	8.3121	-0.1531	-0.5825	-0.5683	-0.0948	-0.1628	-0.6401	0.2493	0.7192	0.2699	0.1603	0.0357	-0.0304	0.22	-0.0448	0.1979	46.7475	-13.5221	30.2116
15	2.32	0.0369	0.2717	0.2023	-0.0587	2.2095	-0.0357	0.1569	-0.0377	-0.0031	0.0545	-0.0054	0.0521	0.0379	-0.0197	0.1384	-0.0288	0.0144	0.0646	-0.0106	0.1389	33.7906	-3.1947	17.9607
16	2.6364	-0.4517	-0.2961	5.8513	-0.5843	2.4748	-0.1227	-0.3311	-0.066	0.1209	0.1127	0.0893	0.0422	0.0851	0.0007	0.1431	0.0009	0.0092	0.1215	-0.0042	0.0717	35.6967	-2.021	32.5769
17	4.6918	-1.5519	2.8721	3.5374	-2.9771	4.0968	0.103	0.3042	0.0746	-0.1782	-0.2225	-0.0243	0.2291	0.4773	0.0824	0.1656	0.0202	0.0595	0.247	-0.0426	0.1609	9.261	1.9939	20.5647

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:96)	A	2 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 378:382)	A	378 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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