PDB-4n2i: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D177A, 10 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2i

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D177A, 10 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2i.cif.gz	294 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2i.ent.gz	234 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2i_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2i_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
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CIF形式データ	4n2i_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n28-1 4n2l-1 4n2n-1 4n2b-1 4n26-1 4n2e-1 4n2a-1 4n2g-1 4jd3-d 4jar-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	203.020, 51.470, 76.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1206- HOH

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D177A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.46 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.833 Å / Num. obs: 59998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	最高解像度: 1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.9→48.833 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8464 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	3027	5.05 %
R_work	0.1714	-	-
obs	0.1734	59998	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.244 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.1 Å² / B_iso mean: 38.332 Å² / B_iso min: 14.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.0281 Å²	0 Å²	-3.7946 Å²
2-	-	9.1632 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.1351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.833 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5184	0	45	456	5685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5431
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	7417
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	816
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.297	1978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.9-1.9679	0.2816	282	0.2392	5658	5940
1.9679-2.0467	0.2527	292	0.1937	5676	5968
2.0467-2.1399	0.2365	298	0.1809	5648	5946
2.1399-2.2527	0.2401	293	0.1843	5670	5963
2.2527-2.3938	0.2336	323	0.1778	5632	5955
2.3938-2.5786	0.2287	298	0.1751	5688	5986
2.5786-2.8381	0.2294	288	0.1809	5723	6011
2.8381-3.2487	0.222	293	0.1709	5710	6003
3.2487-4.0927	0.1922	318	0.1522	5725	6043
4.0927-48.8487	0.1769	342	0.1637	5841	6183

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5667	-2.3181	2.1609	2.81	-0.7247	5.6123	0.1878	0.1471	0.1418	-0.2656	-0.1191	0.1605	-0.4386	-0.0484	-0.0543	0.2184	0.0391	0.0059	0.1139	-0.0482	0.2094	-63.8871	14.1523	69.7279
2	2.3811	-1.9275	1.635	4.3975	-0.6352	1.3864	0.6261	0.3082	-0.3094	-0.8731	-0.3485	0.9155	0.2092	-0.0429	-0.34	0.3628	0.1527	-0.1609	0.298	-0.0914	0.4371	-76.1536	12.8137	63.6172
3	6.534	-0.8629	1.3236	0.9126	0.1302	0.9795	-0.1069	-0.4831	0.2074	0.1252	0.0446	-0.1754	0.0749	-0.0976	0.0564	0.2042	0.0153	-0.0001	0.2652	0.002	0.1777	-34.6636	6.0691	89.1702
4	4.3374	0.253	1.0219	3.8681	0.0386	4.2368	-0.0325	-0.6455	-0.7375	0.5701	-0.0012	-0.561	0.6047	0.5127	0.0237	0.381	0.0546	0.0018	0.5626	0.1112	0.3164	-38.2207	-4.268	96.582
5	1.4548	-0.1754	-0.2806	1.656	0.279	0.6198	0.0469	-1.1243	-0.6746	0.3303	0.1175	0.1024	0.2503	-0.044	-0.0652	0.2427	-0.0532	0.0093	0.4634	0.1114	0.1942	-44.367	-8.1311	90.6735
6	4.092	-0.2324	2.1807	0.0095	0.1354	1.6202	0.0324	-0.135	-0.3371	0.0277	0.0679	0.0096	0.0862	-0.0634	-0.1213	0.1752	-0.0166	0.0177	0.1768	0.0433	0.1894	-29.3209	-3.2623	89.5795
7	2.4081	-1.2577	0.0141	9.7568	-1.8603	8.0727	-0.3545	-0.3007	-0.3917	0.2677	0.3405	0.6308	0.1737	-0.3427	0.0444	0.2614	0.0288	0.0572	0.3212	-0.0076	0.2429	-1.1632	-5.9379	111.5778
8	7.1773	-5.5756	3.3318	4.0563	-2.967	4.3775	0.2671	-0.7601	-0.1614	-0.1721	-0.045	0.0148	0.2125	-0.3882	-0.1928	0.2114	-0.0909	-0.0412	0.3506	0.0785	0.2996	-13.2459	-4.4243	98.0334
9	5.7589	1.8719	4.5924	6.6474	-2.2361	5.9701	-0.6996	0.1408	-2.692	0.3681	-0.1311	-0.6791	3.5702	1.4125	0.7537	0.9835	0.1149	-0.1671	0.4803	0.0373	1.2476	-8.7192	-17.3543	91.8111
10	9.1358	-0.4489	-3.8689	4.2095	3.7925	4.7474	-1.1204	0.0331	-2.2928	1.2763	-0.6315	1.3543	1.8373	-0.3857	1.6297	1.0911	0.131	-0.2759	0.6218	-0.0456	0.9187	-9.3158	-21.5042	96.316
11	7.6395	-2.247	-4.2926	3.9309	1.276	7.3738	0.0111	0.0252	-1.1925	0.3032	0.3954	0.6584	0.7555	-0.9278	-0.2821	0.3841	-0.0671	-0.1341	0.5484	0.2297	0.9063	-15.1661	-13.5917	93.9524
12	4.5332	-1.6824	-0.2098	1.1862	0.2724	1.3581	0.0357	0.1437	-0.14	-0.1143	-0.0313	0.1191	0.0645	-0.0818	-0.0054	0.1741	-0.0123	-0.0042	0.1375	0.0254	0.1647	-3.24	-3.363	84.4268
13	7.1686	-1.88	1.9082	1.5305	-0.5544	2.8857	-0.1177	-0.0061	0.2507	0.072	0.024	-0.0203	-0.1771	0.1631	0.0284	0.1556	-0.0336	0.0051	0.0631	-0.0089	0.1269	17.3933	4.2067	96.057
14	6.6508	5.4876	-6.6406	6.2527	-4.3476	7.6774	-0.2397	-0.4378	-0.6335	-0.0018	-0.0443	-0.5225	0.5883	0.5362	0.2044	0.2171	0.0632	-0.0185	0.2712	0.009	0.2471	25.4388	-12.1197	103.3825
15	2.7011	-0.1851	0.4373	0.7307	-0.0573	2.0558	-0.0237	0.184	-0.0696	-0.0263	0.0511	-0.0215	0.0859	0.1796	-0.0145	0.1447	-0.0174	0.0101	0.102	-0.0168	0.1339	13.535	-2.0514	90.9392
16	2.5643	-1.4728	-0.0355	7.067	-1.2799	3.0424	-0.1253	-0.3177	-0.0541	0.1156	0.2081	0.0333	0.0644	0.0914	-0.0773	0.1768	0.011	-0.0045	0.2088	-0.0257	0.1086	14.7998	-0.5414	105.7172
17	5.6211	-1.8041	4.0434	4.1625	-3.2852	4.7952	0.0611	0.3963	0.2574	-0.235	-0.3235	-0.1939	0.3108	0.367	0.2475	0.1221	0.0334	0.067	0.2126	-0.0177	0.1754	-12.1521	3.9376	93.3513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:96)	A	2 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:160)	A	113 - 160
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:382)	A	375 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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