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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n2h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D177A, 0 mM Ca2+) | ||||||
要素 | Protein-arginine deiminase type-2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / deiminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear estrogen receptor binding / euchromatin / azurophil granule lumen / chromatin remodeling / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.808 Å | ||||||
データ登録者 | Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015 タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design. 著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n2h.cif.gz | 287 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n2h.ent.gz | 226.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n2h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D177A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9787 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→40.633 Å / Num. obs: 69484 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4N20 解像度: 1.808→40.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8721 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.829 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.73 Å2 / Biso mean: 27.9177 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.808→40.633 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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