PDB-4n2f: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D169A, 0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2f

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D169A, 0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4n2f.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2f_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2f_full_validation.pdf.gz	451 KB	表示
XML形式データ	4n2f_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	4n2f_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n24-1 4n2d-1 4n20-1 4n2h-1 4n2k-1 4n25-1 4n2m-1 6f91-1 6q1r-d 22205 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.780, 51.020, 75.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.640, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→37.699 Å / Num. obs: 69618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	最高解像度: 1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 1.8→37.699 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / FOM work R set: 0.8737 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	3514	5.05 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1726	69618	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.932 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.6 Å² / B_iso mean: 30.7463 Å² / B_iso min: 10.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9612 Å²	0 Å²	-2.5555 Å²
2-	-	5.4605 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.699 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4954	0	38	487	5479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.215	7135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	792
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	913
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.169	1903

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8643	0.2733	361	0.2285	6570	6931
1.8643-1.939	0.2731	363	0.2009	6529	6892
1.939-2.0272	0.2128	358	0.1753	6542	6900
2.0272-2.1341	0.2114	343	0.1605	6606	6949
2.1341-2.2678	0.1994	323	0.168	6594	6917
2.2678-2.4429	0.2321	354	0.1716	6605	6959
2.4429-2.6886	0.2254	345	0.1807	6595	6940
2.6886-3.0775	0.2024	344	0.1742	6609	6953
3.0775-3.8767	0.1722	365	0.1572	6655	7020
3.8767-37.7074	0.1814	358	0.1666	6799	7157

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4921	-1.4874	1.3785	2.0402	-0.2065	4.0761	0.1541	0.065	0.0767	-0.2842	-0.0807	0.1178	-0.2494	0.0303	-0.083	0.2026	0.0224	0.0041	0.1023	-0.0495	0.1769	139.2524	13.5997	69.6547
2	5.861	-1.5437	2.5954	2.3749	-0.7082	1.7861	0.5912	0.0929	-0.1684	-0.6337	-0.1925	0.6568	0.3291	-0.3486	-0.322	0.319	0.0886	-0.1437	0.1715	-0.0766	0.3351	127.0097	12.0206	63.8343
3	6.3281	-0.4354	1.9203	0.2276	-0.3501	0.7227	-0.0578	-0.3246	0.4998	0.0114	-0.095	-0.1486	-0.0312	-0.0034	0.1461	0.1786	0.0223	-0.0103	0.2593	-0.001	0.2262	167.6403	7.3893	87.1817
4	7.4159	-1.1792	3.8841	4.0052	-0.6005	4.0207	-0.0235	-1.1955	0.1179	0.2931	-0.0176	-0.1797	0.0576	-0.0723	-0.0039	0.2243	0.0354	0.0139	0.4268	0.0412	0.071	157.275	2.0176	93.4176
5	1.1628	0.1569	0.3159	1.2295	0.201	1.1082	0.0355	-1.0363	-0.7465	0.3106	0.0592	0.079	0.1768	-0.0689	-0.0289	0.2175	-0.0345	-0.0132	0.4278	0.1232	0.2562	158.2518	-8.2782	89.118
6	3.1344	-0.4039	1.6002	0.1717	0.0995	1.1658	0.0552	-0.1418	-0.3371	0.0095	0.0433	0.0547	0.1062	-0.0858	-0.1023	0.131	-0.008	0.0156	0.1615	0.0464	0.1569	173.8428	-3.4418	89.3952
7	5.5867	-0.2245	0.4946	4.1574	1.015	5.3627	-0.1993	-0.5161	-0.2908	0.2441	0.0661	0.4908	0.2259	-0.6256	0.1104	0.3113	0.0449	0.0518	0.2989	0.0232	0.1696	201.3307	-7.438	110.5369
8	7.129	-6.098	2.4511	8.3091	-2.5756	2.5097	-0.056	-0.7417	-0.0923	-0.0305	0.2171	0.067	0.0285	-0.4246	-0.1359	0.1369	0.0054	0.0153	0.2537	0.0168	0.1724	189.3246	-4.4593	97.9565
9	5.1201	-5.0704	4.8887	5.0156	-4.8323	4.6627	-0.5555	-0.6336	-1.8381	0.5713	0.6502	1.2163	1.898	0.5032	-0.1311	0.5709	0.1292	0.0681	0.365	0.0464	0.6928	194.1178	-18.7179	95.7614
10	8.7318	-2.1934	-2.9575	5.8747	0.2426	2.877	-0.5238	-0.7629	-1.1222	1.6028	0.561	0.2131	1.0357	-0.0582	-0.0565	0.4983	0.0154	-0.0238	0.5091	0.1398	0.4055	187.5954	-12.1698	98.7681
11	3.5503	-1.1444	-0.2856	1.4773	0.1767	1.1934	0.0339	0.2367	-0.0788	-0.146	-0.0467	0.0776	0.0402	-0.1102	0.0094	0.1468	-0.01	0.0087	0.1384	0.0215	0.1106	199.8375	-3.7844	84.3699
12	3.4593	-0.8501	1.0283	1.1571	-0.4952	1.7413	-0.1852	0.0849	0.2637	0.1005	0.0128	-0.0163	-0.3027	0.0758	0.094	0.157	-0.0088	-0.0062	0.0544	-0.0031	0.1077	220.2417	3.9592	95.8295
13	5.6344	4.3274	-4.3928	6.1933	-4.8358	4.8654	-0.094	-0.4169	-0.5159	0.0439	-0.0955	-0.4641	0.2697	0.5114	0.1414	0.1471	0.0276	-0.0115	0.1352	0.0122	0.1414	228.3458	-12.9388	103.3016
14	2.0327	-0.0848	0.2474	0.7064	-0.1775	1.517	-0.061	0.1745	0.0085	-0.0261	0.0276	-0.0208	-0.0002	0.1005	0.0341	0.1338	-0.0194	0.0124	0.0841	-0.0105	0.1045	216.2553	-2.1034	91.029
15	2.2887	-1.0205	0.0465	4.2435	-0.4074	1.6912	-0.095	-0.2336	-0.0313	0.1	0.0988	0.1225	-0.072	-0.002	-0.006	0.1542	0.0138	0.0034	0.1366	-0.0101	0.0803	217.8142	-1.2504	105.3566
16	3.8519	-2.3237	2.0379	2.7841	-1.5675	1.9031	-0.0158	0.1841	0.0467	-0.0323	-0.0235	-0.017	0.1226	0.0181	0.0711	0.1503	0.0289	0.0323	0.2127	-0.0092	0.2218	191.0119	3.8911	93.9279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:96)	A	2 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 178:193)	A	178 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:375)	A	370 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 384:402)	A	384 - 402
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 645:667)	A	645 - 667

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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