PDB-4n2e: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D123N, 10 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2e

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D123N, 10 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.858 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2e.cif.gz	292.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2e.ent.gz	231.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2e_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2e_full_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示
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CIF形式データ	4n2e_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n28-1 4n2i-1 4n2l-1 4n2n-1 4n2b-1 4n26-1 4n2a-1 4n22-1 4n2g-1 4jd3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	203.386, 51.917, 76.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.630, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1245- HOH

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78672.016 Da / 分子数: 1 / 変異: D123N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.858→38.417 Å / Num. obs: 65016 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 18.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	最高解像度: 1.858 Å / R_merge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.858→38.417 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8613 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	3033	5 %
R_work	0.1686	-	-
obs	0.1706	65016	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.404 Å² / k_sol: 0.323 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.28 Å² / B_iso mean: 27.6378 Å² / B_iso min: 8.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.2067 Å²	0 Å²	-1.2026 Å²
2-	-	10.583 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3763 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.858→38.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5149	0	37	609	5795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.316	7401
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.108	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.44	1980

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.858-1.924	0.2832	319	0.2458	6031	6350	98
1.924-2.001	0.2734	320	0.2059	6093	6413	99
2.001-2.0921	0.2344	324	0.1829	6134	6458	99
2.0921-2.2024	0.221	325	0.1759	6159	6484	100
2.2024-2.3403	0.2215	323	0.1764	6146	6469	100
2.3403-2.521	0.2038	323	0.1672	6143	6466	100
2.521-2.7746	0.2397	327	0.1772	6210	6537	100
2.7746-3.176	0.2269	328	0.1742	6234	6562	100
3.176-4.0007	0.1888	329	0.1538	6246	6575	100
4.0007-38.4256	0.1619	335	0.1455	6367	6702	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.225	-1.5746	1.233	1.8229	-0.8136	3.6885	0.1087	0.1096	0.1002	-0.128	-0.091	0.111	-0.2456	-0.0003	-0.0333	0.1511	0.0178	-0.0131	0.092	-0.0572	0.1785	-43.5304	13.841	-3.5212
2	5.1521	-2.409	1.2608	4.0357	-0.5331	0.8474	0.5303	0.3407	-0.5705	-0.424	-0.124	0.4704	0.1595	-0.1295	-0.3142	0.2522	0.1073	-0.1081	0.1445	-0.0941	0.3238	-55.5889	12.4856	-9.1038
3	3.3402	-0.4255	0.974	0.5825	-0.0867	0.8378	-0.1068	-0.3712	0.2751	0.0574	-0.0355	-0.1319	-0.0026	-0.0877	0.1151	0.1203	0.0008	0.0043	0.1601	0.0019	0.1128	-13.1953	4.3476	17.1779
4	3.1993	-1.4948	1.032	1.6381	-0.5209	1.6587	-0.0085	-0.5493	-0.2956	0.1146	0.0909	0.0882	0.0435	-0.1164	-0.0691	0.1331	-0.0386	0.017	0.2909	0.0421	0.1165	-17.8734	-4.7436	23.2997
5	0.6229	0.1989	0.1426	0.8195	-0.57	0.7885	0.0545	-0.3683	-0.1995	0.0545	-0.0127	0.0487	0.0418	-0.0681	-0.0205	0.1533	-0.0265	-0.005	0.2199	0.0257	0.1436	-23.7931	-8.2814	17.5584
6	2.2476	-0.1151	1.1938	0.1783	0.0657	1.1482	0.0101	-0.0566	-0.1812	0.0205	0.0288	-0.0038	0.0974	-0.0272	-0.044	0.1108	0.0017	0.0205	0.086	0.0178	0.1104	-8.7838	-3.4675	16.2024
7	8.4989	-0.808	0.7634	6.5422	-1.6066	3.0447	-0.2125	-0.5573	0.1108	0.4478	0.1879	0.0649	-0.4663	-0.1648	0.021	0.3129	0.0748	0.0048	0.2315	-0.0137	0.1045	20.4397	-4.1899	39.6864
8	3.9062	-1.9792	1.1537	3.7616	-0.873	2.2901	0.0537	-0.5382	-0.086	-0.0225	0.0083	-0.1468	0.1092	0.0047	-0.0442	0.1257	-0.0178	0.0071	0.1813	0.0495	0.0994	7.6006	-4.9587	24.6814
9	6.3158	2.3242	2.4308	3.5505	-2.7254	5.7978	-0.3141	0.1462	-0.9141	-0.1003	-0.1284	0.1451	1.4172	-0.1352	0.3887	0.341	-0.0452	0.0094	0.1898	0.0168	0.4243	11.2084	-15.9311	18.9627
10	7.2964	-3.2916	2.6211	2.6963	0.2323	2.5937	-0.4337	-0.7384	-0.5758	0.6567	0.6537	0.5196	-0.0083	-0.2028	-0.2082	0.9026	0.2587	-0.3778	0.7523	0.1424	0.8858	9.3879	-16.5759	28.37
11	5.5739	-1.1088	-2.1103	4.0279	1.0635	3.6415	-0.0045	0.1425	-0.7934	-0.1472	0.1136	-0.2122	0.4206	-0.3171	-0.0187	0.1834	-0.0686	-0.0644	0.2343	0.0797	0.212	5.4249	-14.2636	20.326
12	2.3102	-0.5304	-0.4227	0.3076	0.5167	1.1479	0.0314	0.1185	-0.0197	-0.0939	-0.0104	0.0668	0.0108	-0.0577	-0.0099	0.1407	-0.0001	-0.0004	0.0955	0.0246	0.1356	17.6036	-3.7414	11.1273
13	3.9221	-1.0452	0.8821	1.1788	-0.1819	1.9836	-0.0919	0.0768	0.1528	0.0786	-0.0114	-0.0121	-0.225	0.1621	0.0594	0.1399	-0.0238	0.0044	0.0532	-0.0023	0.0978	38.2316	3.8408	22.8997
14	4.8138	4.6781	-3.5528	6.2062	-4.8149	3.7348	-0.1274	-0.0617	-0.5484	-0.0157	-0.0049	-0.6041	0.3052	0.1812	0.0556	0.1918	0.0431	-0.042	0.1681	-0.0063	0.2069	46.492	-12.5071	30.2301
15	1.5754	0.0672	0.4997	0.6209	-0.2931	2.0305	-0.0164	0.1442	-0.0697	-0.0106	0.0563	-0.0401	0.0473	0.1736	-0.0307	0.0938	-0.0098	0.0086	0.0658	-0.0262	0.1123	34.2469	-2.2936	17.8059
16	1.9134	-0.742	-0.0227	3.5807	-0.7594	1.5741	-0.0145	-0.2516	-0.0321	-0.0139	0.0867	0.0606	-0.0084	0.0302	-0.0615	0.1677	0.0089	-0.0193	0.1457	-0.0105	0.0965	35.7363	-0.9371	32.5803
17	2.9604	-0.5854	1.9665	2.0504	-1.9482	3.112	0.0427	0.1607	0.0442	-0.08	-0.1955	-0.1242	0.2334	0.2441	0.1389	0.1361	0.0499	0.0258	0.1365	-0.0136	0.1438	9.0096	3.1859	20.3281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:373)	A	370 - 373
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 381:382)	A	381 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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