PDB-4n2b: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (10 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2b

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (10 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2b.cif.gz	294 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2b.ent.gz	232.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n2b_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2b_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	4n2b_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	4n2b_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n26-1 4n2l-1 4n2i-1 4n2n-1 4n2a-1 4n28-1 4n2e-1 4n2g-1 4jd3-d 4jar-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.665, 51.549, 76.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.760, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1375- HOH

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→40.393 Å / Num. obs: 79078 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.01 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	最高解像度: 1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.69→40.393 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.8742 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	2000	2.53 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1683	79077	92.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.039 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.1 Å² / B_iso mean: 20.0622 Å² / B_iso min: 4.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1814 Å²	0 Å²	-0.292 Å²
2-	-	1.2075 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.0261 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→40.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5152	0	37	762	5951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5413
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.337	7416
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.114	813
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	938
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.687	1987

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.69-1.7501	0.2321	111	0.2179	4298	4409	52
1.7501-1.8202	0.2622	170	0.2022	6515	6685	79
1.8202-1.903	0.236	207	0.1915	7997	8204	96
1.903-2.0033	0.2173	214	0.1795	8259	8473	100
2.0033-2.1288	0.1994	214	0.1717	8257	8471	100
2.1288-2.2932	0.2027	215	0.1721	8267	8482	100
2.2932-2.5239	0.2129	215	0.1686	8280	8495	100
2.5239-2.889	0.2041	216	0.1697	8327	8543	100
2.889-3.6395	0.1842	217	0.1616	8367	8584	100
3.6395-40.4043	0.1776	221	0.148	8510	8731	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1196	-1.1285	1.1023	1.3895	-0.2717	3.2941	0.1182	0.1557	0.1334	-0.1333	-0.101	0.127	-0.2416	0.0357	-0.007	0.1182	0.0281	-0.0196	0.0558	-0.046	0.1416	-43.4199	13.8231	-3.4688
2	2.6108	-2.086	0.3693	3.3721	-0.5695	0.4191	0.24	0.195	-0.2242	-0.2484	-0.0824	0.1978	-0.0163	-0.037	-0.1107	0.1561	0.1511	-0.1301	0.0546	-0.0861	0.2646	-55.4298	12.4142	-9.0378
3	2.9133	-0.3029	0.9428	0.209	0.0746	0.5467	-0.109	-0.3617	0.2992	0.0401	-0.0279	-0.0582	0.0097	-0.0588	0.0695	0.0675	0.0076	0.0126	0.1145	0.0132	0.0637	-13.1904	4.4075	17.0977
4	2.5503	-1.0895	0.5182	1.3987	-0.3761	1.3658	-0.0384	-0.4488	-0.2026	0.1208	0.0077	0.0184	0.0436	-0.0261	0.0071	0.0538	-0.0269	0.0289	0.234	0.0254	0.054	-17.8601	-4.614	23.2212
5	0.1629	0.1852	0.0142	0.5901	-0.5322	0.7671	0.03	-0.3401	-0.1992	0.0592	-0.0159	0.0667	0.0646	-0.0291	0.0213	0.0832	-0.0182	0.0087	0.1495	0.0208	0.074	-23.7851	-8.1982	17.5719
6	1.5853	-0.1884	0.8775	0.3055	0.0002	0.783	-0.0068	-0.0868	-0.1474	0.0016	0.0312	0.0025	0.0714	-0.0301	-0.0222	0.052	-0.0012	0.0226	0.0703	0.0164	0.0512	-8.7921	-3.3655	16.1191
7	6.9268	-0.142	0.5498	5.7649	-1.2028	2.1502	-0.0886	-0.419	0.1128	0.2851	0.0975	0.0309	-0.4003	-0.2093	-0.007	0.2615	0.1021	0.007	0.1876	-0.0262	0.0378	20.3219	-4.0467	39.4876
8	1.9994	-0.906	-0.0018	2.7522	-0.0316	2.0675	-0.0579	-0.305	-0.1169	0.1403	0.0063	-0.088	0.1545	-0.0677	0.0344	0.0599	-0.0073	0.0002	0.1279	0.0538	0.0415	7.5105	-4.838	24.5481
9	8.7482	1.3481	2.0573	2.289	-3.3253	6.8582	-0.2987	-0.0137	-0.9496	0.3357	-0.0246	0.1273	1.2849	0.0833	0.302	0.2625	-0.034	-0.0069	0.1154	0.0455	0.262	11.09	-15.8064	18.8723
10	2.3166	2.0946	1.887	2.0503	2.065	2.3602	-0.3316	-1.512	-1.524	1.137	0.7208	0.3139	0.8786	0.2477	-0.384	0.5423	0.1573	-0.1439	0.5952	0.1731	0.6271	9.3469	-16.4149	28.3341
11	5.6472	-1.5202	-3.6132	3.2776	1.1743	4.0725	-0.1656	0.1801	-0.6444	-0.0792	0.0287	-0.0679	0.4673	-0.3915	0.2096	0.1136	-0.0493	-0.0283	0.1705	0.0969	0.1361	5.3524	-14.137	20.2252
12	1.5202	-0.3452	-0.2755	0.518	0.5235	0.6927	0.037	0.0781	0.0159	-0.0695	-0.0054	0.0341	0.0043	-0.0481	-0.0214	0.0748	0.0016	0.0074	0.0251	0.0269	0.0691	17.5066	-3.6651	11.0717
13	4.2921	-1.1306	0.6211	1.0161	-0.124	1.4609	-0.0878	0.0358	0.0961	0.0648	-0.002	-0.011	-0.2046	0.128	0.0155	0.0898	-0.0044	-0.0003	0.0062	-0.0126	0.0427	38.0737	3.8663	22.7794
14	6.1533	5.9533	-5.5036	7.1135	-6.5677	6.0865	-0.1101	-0.01	-0.3852	-0.0659	0.0512	-0.4639	0.3615	0.1051	0.0573	0.1223	0.0349	-0.0501	0.1126	-0.0134	0.1218	46.1952	-12.4228	30.1228
15	1.1492	0.0709	0.2126	0.4492	-0.1865	1.3478	-0.04	0.0772	-0.0405	0.0007	0.0568	-0.0295	0.0294	0.1564	-0.0114	0.0595	0.0008	0.0055	0.0214	-0.0254	0.059	34.2513	-2.3152	17.6501
16	1.4848	-0.3691	-0.0852	3.7638	-0.6457	1.2882	-0.0097	-0.1682	-0.0639	-0.0409	0.0732	0.095	-0.0386	0.0286	-0.0575	0.0925	0.0062	-0.0074	0.0593	-0.0147	0.0248	35.5385	-0.8673	32.4095
17	3.4656	-1.5125	2.567	2.5583	-2.2338	2.9751	-0.0024	0.0596	0.0739	-0.0636	-0.044	-0.0885	0.1316	0.137	0.039	0.0692	0.0317	0.0302	0.0835	-0.0265	0.0877	8.9342	3.2855	20.1947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:373)	A	370 - 373
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 381:382)	A	381 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)