PDB-4n28: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (1 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n28

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (1 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / Chromatin modifying enzymes / estrogen receptor signaling pathway / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.879 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n28.cif.gz	291 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n28.ent.gz	229.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n28_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n28_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4n28_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	4n28_validation.cif.gz	46.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n2i-1 4n2l-1 4n2e-1 4n2n-1 4n2b-1 4n26-1 4n2a-1 4n2g-1 4jd3-d 4n22-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.689, 51.632, 76.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.570, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1173- HOH

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 569 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: vertical focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.879→37.898 Å / Num. obs: 59202 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 18.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	最高解像度: 1.879 Å / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.879→37.898 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.8488 / SU ML: 0.59 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2165	1999	3.38 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1737	59202	95.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.844 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.58 Å² / B_iso mean: 25.9688 Å² / B_iso min: 7.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.7107 Å²	0 Å²	-1.6535 Å²
2-	-	8.8131 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1024 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.879→37.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5186	0	41	569	5796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.235	7460
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	817
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	947
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.345	1998

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.879-1.9465	0.3088	156	0.2667	4469	4625	75
1.9465-2.0245	0.2643	182	0.2246	5218	5400	87
2.0245-2.1166	0.2665	200	0.1975	5708	5908	95
2.1166-2.2282	0.2411	204	0.188	5863	6067	98
2.2282-2.3677	0.2379	207	0.1778	5904	6111	98
2.3677-2.5505	0.2667	207	0.183	5927	6134	99
2.5505-2.8071	0.2389	208	0.1797	5930	6138	99
2.8071-3.2131	0.2108	209	0.1711	5999	6208	99
3.2131-4.0475	0.1745	210	0.1472	6002	6212	99
4.0475-37.9059	0.1762	216	0.1495	6183	6399	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7608	-0.5632	0.0636	0.7085	-0.1404	0.3312	0.1384	0.0166	-0.026	-0.0637	-0.0694	0.0599	-0.1121	0.0776	-0.0048	0.1501	0.0398	-0.02	0.119	-0.0384	0.1491	138.8207	13.9968	69.9149
2	0.0811	0.083	-0.0305	0.0457	-0.0916	0.0443	0.4465	-0.0823	-0.3034	0.1997	-0.3491	0.2424	0.0505	0.0393	0.009	-0.0946	0.5136	-0.1276	-0.4437	-0.1011	0.3127	126.5077	12.6728	64.0839
3	0.5242	0.0757	-0.1237	0.1441	-0.7102	0.1437	-0.0206	-0.4315	0.336	-0.063	-0.2819	-0.0208	-0.0031	-0.0843	-0.133	0.0837	0.0021	0.0057	0.1081	0.0421	0.0912	168.8989	4.414	90.5867
4	0.1417	0.1946	-0.0696	0.0681	-0.1106	0.1368	0.0277	-0.2919	-0.0266	-0.0161	-0.0426	-0.0573	-0.0252	-0.0477	-0.0065	0.1136	-0.0047	0.0013	0.2256	0.022	0.1173	164.9622	-4.562	96.8394
5	-0.0409	0.1876	-0.0374	0.1627	-0.2057	0.0087	0.0245	-0.1889	-0.1286	-0.023	-0.0213	0.0322	0.0387	-0.0483	0.0009	0.1331	-0.0127	0.0025	0.2009	0.0096	0.1257	158.5226	-8.0584	90.9527
6	0.1153	0.0412	0.2384	-0.0374	0.0331	0.2897	-0.0315	-0.0749	-0.0329	0.0085	0.0078	-0.0218	0.0457	-0.0362	-0.0012	0.0831	0.0101	0.0068	0.124	0.0059	0.105	173.4375	-3.1758	89.6252
7	0.0056	0.0071	0.0055	0.0491	-0.0844	0.0356	-0.1755	-0.2706	-0.0222	-0.0684	0.1653	-0.0013	-0.1315	-0.1523	0	0.24	0.0693	0.0129	0.2024	-0.0215	0.1288	202.3757	-3.7907	112.9718
8	0.0019	0.0411	0.109	0.0554	-0.0503	0.0737	0.0513	-0.268	0.1234	-0.0676	-0.0418	-0.1418	0.0415	-0.0971	-0.0231	0.1153	0.0055	0.0095	0.1545	0.0527	0.1182	189.8027	-4.6717	98.0921
9	0.0008	0.0033	0.0034	0.0071	0.0065	-0.0008	0.0216	-0.0029	-0.1565	-0.0883	0.0588	-0.0259	0.1685	-0.0548	-0	0.2903	0.0181	0.0217	0.1473	0.0695	0.2827	193.7222	-17.9417	92.0066
10	0.0019	-0.0086	0.0033	0.0048	0.008	0.0044	-0.0731	-0.0415	-0.0804	0.0002	-0.1136	-0.0274	0.1239	-0.0257	0.0001	0.3304	0.4212	-0.2868	0.2507	-0.1421	0.4741	194.8077	-22.0411	95.533
11	0.1833	0.0789	0.0486	0.0297	0.0486	0.017	0.0112	-0.257	-0.502	-0.0864	0.2542	-0.2731	0.0525	-0.0422	0.0143	0.1916	-0.0566	0.0096	0.3017	0.0507	0.243	187.6062	-13.7046	94.4063
12	0.2262	-0.1294	-0.1433	0.0597	-0.1016	0.1801	-0.019	0.0441	0.0369	-0.0195	0.0347	0.0186	0.0155	-0.0426	0.0018	0.1149	0.0073	0.0057	0.0757	0.0117	0.1179	199.7681	-3.5954	84.6249
13	0.1097	0.0934	0.1938	0.305	-0.0869	0.4578	-0.0709	0.0116	-0.04	0.0041	-0.0082	0.0175	-0.1019	0.0634	-0.0862	0.1217	0.0044	0.0007	0.1113	-0.0207	0.1054	220.3406	4.0501	96.3028
14	0.0017	-0.0367	-0.0203	0.0199	-0.0119	-0.0097	0.0089	-0.016	-0.0661	0.1223	-0	-0.1624	0.1094	0.168	-0	0.1451	0.0365	-0.0193	0.1448	0.0034	0.1683	228.5796	-12.192	103.7419
15	0.35	0.2603	0.2602	0.1268	0.0891	0.4637	-0.0348	0.0614	-0.0154	-0.0041	0.0505	-0.024	-0.0037	0.0949	-0.0348	0.0958	0.0111	0.0189	0.0736	-0.011	0.0897	216.4307	-2.1241	91.2209
16	-0.0541	-0.0774	0.0554	0.1782	-0.0822	0.1621	-0.002	-0.082	0.0055	0.0835	0.0248	-0.0461	-0.0028	0.051	-0.0032	0.1345	0.0113	-0.0037	0.0878	-0.0153	0.0933	217.8359	-0.6371	105.9501
17	0.2128	0.1629	-0.0842	0.1426	-0.1222	0.0007	0.0092	0.0912	0.0378	0.0028	-0.0777	-0.0481	0.0435	0.0632	0	0.129	0.0521	-0.0005	0.1392	-0.0008	0.1403	190.9952	3.7918	93.9843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:382)	A	375 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:667)	A	645 - 667

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)