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- PDB-4n24: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (100 uM Ca2+) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n24
タイトルCrystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (100 uM Ca2+)
要素Protein-arginine deiminase type-2
キーワードHYDROLASE / deiminase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear estrogen receptor binding / euchromatin / azurophil granule lumen / chromatin remodeling / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain ...Protein-arginine deiminase, central domain / Protein-arginine deiminase, N-terminal domain / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein-arginine deiminase type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.968 Å
データ登録者Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3519
ポリマ－78,6731
非ポリマー6788
水9,854547
1
A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,70218
ポリマ－157,3462
非ポリマー1,35616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_559-x,y,-z+41
単位格子
Length a, b, c (Å)201.760, 51.585, 75.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II


分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

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非ポリマー , 6種, 555分子

#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: vertical focusing mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.968→33.823 Å / Num. obs: 50413 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル最高解像度: 1.968 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20


解像度: 1.968→33.823 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8533 / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 2527 5.01 %
Rwork0.1745 --
obs0.1767 50413 93.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.896 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 91.41 Å2 / Biso mean: 24.7048 Å2 / Biso min: 3.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1983 Å20 Å2-1.4574 Å2
2--6.1361 Å20 Å2
3----0.9378 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.968→33.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5033 0 42 547 5622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2967084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5471875
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.968-2.03840.27392110.21833915412678
2.0384-2.120.24842320.19864397462987
2.12-2.21640.25972460.19684612485891
2.2164-2.33330.24292480.1914769501794
2.3333-2.47940.25352650.18874900516596
2.4794-2.67080.23682580.19134948520698
2.6708-2.93940.23292600.18144997525798
2.9394-3.36440.20652660.16835042530899
3.3644-4.23750.18872660.14635088535499
4.2375-33.82830.18052750.16295218549399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2975-0.2067-0.0590.1842-0.12490.48830.3258-0.1616-0.0985-0.14380.04530.2551-0.19-0.00760.24470.05460.170.0147-0.1621-0.11020.0584-83.572511.6949142.5155
20.1990.0288-0.08390.0035-0.01290.03510.03780.1497-0.0289-0.1362-0.02560.0363-0.09-0.0751-0.00150.21040.125-0.11950.0747-0.05370.2098-95.625710.4931136.4428
30.08840.02210.11360.0076-0.02460.17050.0019-0.05740.1114-0.017-0.0608-0.08270.0378-0.0646-0.01160.06660.0174-0.00990.1004-0.00610.1773-54.79715.2622160.2974
40.01340.0209-0.00140.04010.01310.01560.0347-0.1239-0.00410.0845-0.01630.00470.04420.00220.00080.12990.0197-0.0120.2314-0.00450.1001-62.3329-3.2485168.8761
50.03530.03850.02940.0240.01930.0175-0.0192-0.1804-0.15570.0575-0.00540.0120.0904-0.0772-0.00080.1007-0.01090.0060.15630.01410.1015-64.3757-10.0341162.1013
60.0166-0.01970.0548-0.06490.03390.037-0.028-0.0503-0.02750.00720.0127-0.03120.0237-0.0487-0.00020.06240.00070.00310.09490.00250.0881-48.9217-5.2351162.1128
70.01260.0095-0.00220.0114-0.01860.0275-0.0613-0.13280.00070.0020.04050.00490.0756-0.1206-0.00010.1630.02920.01120.154-0.03070.096-21.2677-9.1147183.3488
80.00060.00480.00440.0055-0.00050.0305-0.0492-0.05120.0548-0.04150.0022-0.0337-0.0148-0.1193-0.00010.09190.02780.01020.10980.01310.1245-32.9349-6.3121170.6965
90.0013-0.00370.00060.0094-0.0001-00.0002-0.0004-0.0159-0.0010.0109-0.01060.02650.01940.00560.32120.07370.01940.1228-0.01920.2805-27.8133-20.7791168.6902
100.00420.002-0.01460.0021-0.00360.06230.0041-0.0041-0.0008-0.0072-0.0022-0.01010.0001-0.00580.00010.582-0.0163-0.05940.51150.08590.5237-33.4632-23.417173.3477
110.04750.00930.01180.0065-0.00710.0167-0.0092-0.011-0.13120.03610.0351-0.0026-0.0104-0.02790.01370.2193-0.0980.03990.29320.05760.2425-34.6495-14.204172.3975
120.12460.0893-0.00410.18130.06950.0612-0.0090.05870.0344-0.0096-0.03370.06330.0116-0.0174-0.09420.05670.01510.00650.05380.01060.0592-22.7173-5.6461157.0361
130.12810.1058-0.00390.092-0.04790.3101-0.074-0.0337-0.04450.0145-0.0442-0.0396-0.17050.1059-0.15560.04490.04030.00610.0038-0.02370.0312-2.13961.9782168.7843
140.0048-0.0013-0.00290.003-0.00170.00170.0261-0.0508-0.00070.01280.0297-0.09970.07330.0177-00.11550.02670.00370.11550.02230.12135.735-14.327176.1517
150.13250.12540.05190.10740.00560.1026-0.02790.02260.03240.01030.0391-0.03660.02890.03440.01940.0810.01050.00190.0679-0.00990.0606-6.271-4.2405163.7122
160.2304-0.0614-0.0560.06280.03220.0751-0.0298-0.1756-0.02110.05350.03930.0184-0.03170.05110.0030.10290.0127-0.01060.0899-0.00310.0593-4.7649-2.6839178.3113
170.08780.0437-0.00840.0968-0.06170.0411-0.02830.0403-0.01020.00430.02710.03020.0851-0.0322-0.02870.11320.0435-0.00110.11130.00390.1523-31.73951.8985165.905
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:96)A3 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 97:112)A97 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 113:157)A113 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 170:193)A170 - 193
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 194:242)A194 - 242
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 243:318)A243 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 319:346)A319 - 346
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 347:369)A347 - 369
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 370:374)A370 - 374
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 375:382)A375 - 382
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 383:402)A383 - 402
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 403:475)A403 - 475
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 476:514)A476 - 514
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 515:530)A515 - 530
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 531:607)A531 - 607
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 608:644)A608 - 644
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 645:668)A645 - 668

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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