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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n24 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (100 uM Ca2+) | ||||||
![]() | Protein-arginine deiminase type-2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / deiminase | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling ...negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase activity / estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / substantia nigra development / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear estrogen receptor binding / euchromatin / azurophil granule lumen / chromatin remodeling / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design. 著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 279.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 220.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4n20SC ![]() 4n22C ![]() 4n25C ![]() 4n26C ![]() 4n28C ![]() 4n2aC ![]() 4n2bC ![]() 4n2cC ![]() 4n2dC ![]() 4n2eC ![]() 4n2fC ![]() 4n2gC ![]() 4n2hC ![]() 4n2iC ![]() 4n2kC ![]() 4n2lC ![]() 4n2mC ![]() 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 555分子 ![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MRD / ( | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.04 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: vertical focusing mirrors |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.968→33.823 Å / Num. obs: 50413 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.968 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4N20 解像度: 1.968→33.823 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8533 / SU ML: 0.58 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.896 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.41 Å2 / Biso mean: 24.7048 Å2 / Biso min: 3.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.968→33.823 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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