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- PDB-4my6: EnaH-EVH1 in complex with peptidomimetic low-molecular weight inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4my6
タイトルEnaH-EVH1 in complex with peptidomimetic low-molecular weight inhibitor Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-1]-OH
要素Protein enabled homolog
キーワードCell adhesion/inhibitor / MOLECULAR RECOGNITION / ACTIN DYNAMICS / Cell adhesion-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / cell junction ...actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / cell junction / lamellipodium / actin binding / cytoskeleton / focal adhesion / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily ...VASP tetramerisation / VASP tetramerisation domain superfamily / VASP tetramerisation domain / WH1/EVH1 domain / WH1 domain / WH1 domain profile. / WASP homology region 1 / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(3AR,5AS,8S,10AS)-1-[(3S,6R,8AS)-1'-[(2S)-2-ACETAMIDO-3-(2-CHLOROPHENYL)PROPANOYL]-5-OXIDANYLIDENE-SPIRO[1,2,3,8A-TETRAHYDROINDOLIZINE-6,2'-PYRROLIDINE]-3-YL]CARBONYL-10-OXIDANYLIDENE-2,3,3A,5A,8,10A-HEXAHYDRODIPYRROLO[3,2-B:3',1'-F]AZEPINE-8-CARBOXYLIC ACID / : / BROMIDE ION / Protein enabled homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Barone, M. / Roske, Y. / Kuehne, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: A modular toolkit to inhibit proline-rich motif-mediated protein-protein interactions.
著者: Opitz, R. / Muller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / ...著者: Opitz, R. / Muller, M. / Reuter, C. / Barone, M. / Soicke, A. / Roske, Y. / Piotukh, K. / Huy, P. / Beerbaum, M. / Wiesner, B. / Beyermann, M. / Schmieder, P. / Freund, C. / Volkmer, R. / Oschkinat, H. / Schmalz, H.G. / Kuhne, R.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32015年5月6日Group: Database references
改定 1.42015年7月22日Group: Structure summary
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein enabled homolog
B: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7696
ポリマ－25,2572
非ポリマー1,5124
水2,954164
1
A: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4644
ポリマ－12,6281
非ポリマー8363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein enabled homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3042
ポリマ－12,6281
非ポリマー6761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.830, 131.420, 35.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

BR

21B-327-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein enabled homolog


分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 断片: EVH1 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: 化合物 ChemComp-3VH / (3aR,5aS,8S,10aS)-1-[(3S,6R,8aS)-1'-[(2S)-2-acetamido-3-(2-chlorophenyl)propanoyl]-5-oxidanylidene-spiro[1,2,3,8a-tetrahydroindolizine-6,2'-pyrrolidine]-3-yl]carbonyl-10-oxidanylidene-2,3,3a,5a,8,10a-hexahydrodipyrrolo[3,2-b:3',1'-f]azepine-8-carboxylic acid


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 676.159 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H38ClN5O7
参照: (3AR,5AS,8S,10AS)-1-[(3S,6R,8AS)-1'-[(2S)-2-ACETAMIDO-3-(2-CHLOROPHENYL)PROPANOYL]-5-OXIDANYLIDENE-SPIRO[1,2,3,8A-TETRAHYDROINDOLIZINE-6,2'-PYRROLIDINE]-3-YL]CARBONYL-10-OXIDANYLIDENE- ...参照: (3AR,5AS,8S,10AS)-1-[(3S,6R,8AS)-1'-[(2S)-2-ACETAMIDO-3-(2-CHLOROPHENYL)PROPANOYL]-5-OXIDANYLIDENE-SPIRO[1,2,3,8A-TETRAHYDROINDOLIZINE-6,2'-PYRROLIDINE]-3-YL]CARBONYL-10-OXIDANYLIDENE-2,3,3A,5A,8,10A-HEXAHYDRODIPYRROLO[3,2-B:3',1'-F]AZEPINE-8-CARBOXYLIC ACID
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.2M ammonium sulphate, 200mM ammonium bromide, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月22日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. all: 23715 / Num. obs: 23659 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 4.02
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.11 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EVH

1evh


解像度: 1.7→32.064 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2382 1183 RANDOM
Rwork0.1892 --
all-23715 -
obs-23659 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→32.064 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1752 0 98 164 2014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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