PDB-4mwb: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mwb

タイトル

Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-(3-{[(2,5-dichlorothiophen-3-yl)methyl]amino}propyl)-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1509)

要素

Methionyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.313 Å

データ登録者

Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2013年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4mwb.ent.gz	360.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mwb_validation.pdf.gz	798.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mwb_full_validation.pdf.gz	805.4 KB	表示
XML形式データ	4mwb_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	4mwb_validation.cif.gz	60 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4mvwC 4mvxC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw6C 4mw7C 4mw9C 4mwcC 4mwdC 4mweC 4eg8S 4eg1 4eg3 4eg5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mw0-1 4mwc-1 4mw6-1 4mvy-1 4mvw-1 4mwe-1 5j5a-1 4zt4-1 4zt6-1 4eg3-1 5j59-1 4eg3-2 4mw9-1 4mvx-1 4mw7-1 4eg1-2 4mw5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.138, 106.171, 206.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase 分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Methionyl-tRNA synthetase

分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 444分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-2EK / 1-(3-{[(2,5-dichlorothiophen-3-yl)methyl]amino}propyl)-3-thiophen-3-ylurea 分子量: 364.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅Cl₂N₃OS₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月12日

放射

モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.313→38.567 Å / Num. all: 85493 / Num. obs: 85493 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.2 % / R_sym value: 0.161 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.313-2.44	7.9	0.7	97592	12305	1.109	99.9
2.44-2.59	8.5	0.9	100165	11737	0.809	100
2.59-2.76	8.4	1.4	92046	10960	0.563	100
2.76-2.99	7.9	2	81023	10263	0.377	100
2.99-3.27	8.5	3.3	80788	9476	0.232	100
3.27-3.66	8.3	6.1	71678	8604	0.126	100
3.66-4.22	8	10.5	61181	7624	0.072	100
4.22-5.17	8.3	13.7	54085	6502	0.054	99.9
5.17-7.32	7.9	12.1	40258	5096	0.061	99.9
7.32-38.567	7.6	21.2	22168	2926	0.031	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.45 Å	48.37 Å
Translation	2.45 Å	48.37 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC	refmac_5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EG8

4eg8

解像度: 2.313→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.198 / WR_factor R_work: 0.181 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.118 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1982	4273	5 %	RANDOM
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1814	85417	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.97 Å² / B_iso mean: 37.7066 Å² / B_iso min: 16.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.313→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8516	0	105	428	9049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	8845
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.149	1.965	11999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.732	3	19410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.398	5	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.116	23.441	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.404	15	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.961	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.922	2.336	4260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.922	2.336	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.599	3.499	5319

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.313-2.373	0.268	307	0.264	5893	6217	99.727
2.373-2.438	0.33	255	0.269	5774	6043	99.768
2.438-2.508	0.302	295	0.242	5603	5898	100
2.508-2.584	0.265	305	0.225	5439	5745	99.983
2.584-2.668	0.252	266	0.216	5295	5562	99.982
2.668-2.761	0.205	243	0.199	5139	5388	99.889
2.761-2.865	0.231	252	0.203	4940	5194	99.961
2.865-2.98	0.229	262	0.196	4727	4994	99.9
2.98-3.112	0.207	253	0.188	4563	4819	99.938
3.112-3.262	0.22	225	0.192	4415	4640	100
3.262-3.436	0.214	219	0.191	4185	4405	99.977
3.436-3.641	0.177	241	0.17	3943	4185	99.976
3.641-3.889	0.159	209	0.162	3701	3915	99.872
3.889-4.194	0.171	196	0.147	3501	3698	99.973
4.194-4.586	0.153	177	0.131	3227	3405	99.971
4.586-5.112	0.139	164	0.131	2926	3094	99.871
5.112-5.875	0.181	136	0.169	2623	2767	99.711
5.875-7.127	0.182	120	0.186	2253	2374	99.958
7.127-9.806	0.167	91	0.136	1822	1914	99.948
9.806-30	0.172	57	0.173	1147	1204	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8389	0.6206	-0.4707	1.1363	-0.503	0.5924	0.0111	-0.1157	-0.049	0.0708	-0.0539	-0.0569	-0.0222	0.0881	0.0428	0.1403	0.0053	0.0342	0.0503	0.0088	0.0355	6.497	-11.765	56.192
2	1.2166	0.5307	-0.3862	1.1953	-0.45	1.1359	-0.037	0.0082	-0.0075	-0.0106	0.0451	0.0023	0.0264	0.0263	-0.008	0.1444	0.0023	0.0328	0.0656	0.0059	0.096	-1.479	-14.604	50.866
3	1.9929	0.9447	-0.4093	4.2779	0.1975	1.8867	-0.1278	-0.1813	-0.484	0.272	0.0026	-0.3142	0.5584	0.2009	0.1252	0.1805	0.0747	0.0411	0.0836	0.0776	0.143	28.407	-8.698	42.306
4	1.2426	0.4331	-0.4487	1.2128	-0.204	1.4806	0.0136	0.0079	0.0293	-0.0144	0.0131	-0.0926	-0.2081	0.2468	-0.0268	0.0956	-0.0297	0.0237	0.0721	0.0038	0.0515	26.378	14.56	32.09
5	3.0774	-0.0535	7.696	1.9977	1.9585	21.918	-0.3791	0.1711	0.6101	-0.379	0.1409	-1.2855	-1.2508	1.1194	0.2382	0.3505	-0.165	0.2186	0.7495	-0.028	0.9492	39.745	1.486	43.015
6	1.2003	0.2396	-0.6045	0.3902	-0.387	1.0893	-0.0908	0.1047	-0.0736	-0.1089	0.036	-0.0241	0.1296	-0.0418	0.0549	0.101	-0.0138	0.0043	0.0776	-0.0027	0.0401	31.067	12.357	-10.85
7	2.4064	-1.5125	1.0324	7.2663	-0.0651	2.6089	0.1556	0.001	-0.3495	0.2765	0.1278	-0.9331	0.4038	0.6307	-0.2834	0.1568	0.0782	-0.074	0.2531	0.0265	0.3463	60.503	19.671	-10.635
8	1.1239	0.4115	-0.6157	0.8154	-0.1416	1.4625	0.0083	-0.0385	0.0193	-0.0258	-0.0269	0.0352	-0.0297	0.0433	0.0186	0.0788	0.0003	0.015	0.0798	0.0012	0.0777	37.809	22.875	-4.762
9	1.5937	0.4471	-0.6082	0.8861	-0.3695	1.2669	-0.1102	0.0135	-0.209	-0.0753	-0	-0.0797	0.2627	-0.0341	0.1102	0.1282	-0.0121	0.0232	0.0469	0.0176	0.0738	17.772	-4.036	10.467
10	2.1292	-0.4321	-0.1219	2.0769	0.1147	1.5344	0.1329	0.3667	-0.3439	-0.2502	0.003	-0.0588	0.3402	-0.1849	-0.1359	0.1224	-0.0325	-0.039	0.097	-0.0482	0.092	6.991	-3.47	5.669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	238 - 380
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	381 - 546
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	547 - 617
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	618 - 755
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	756 - 768
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	237 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	352 - 406
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	407 - 539
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	540 - 731
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	732 - 767

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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