[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4mw9: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mw9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-{3-[(3-ethynylbenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1478) | ||||||
Components | Methionyl-tRNA synthetase | ||||||
Keywords | LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma brucei (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.65 Å | ||||||
Authors | Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J. | ||||||
Citation | Journal: Plos Negl Trop Dis / Year: 2014 Title: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness. Authors: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mw9.cif.gz | 436.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4mw9.ent.gz | 357.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mw9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mw9_validation.pdf.gz | 748.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4mw9_full_validation.pdf.gz | 755.6 KB | Display | |
Data in XML | 4mw9_validation.xml.gz | 38.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4mw9_validation.cif.gz | 55 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mw9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4mvwC 4mvxC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw6C 4mw7C 4mwbC 4mwcC 4mwdC 4mweC 4eg8S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 61330.715 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 237-773 / Mutation: K456A, K457R, E458A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma brucei (eukaryote) / Gene: Tb10.70.6470 / Plasmid: AVA0421 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase |
---|
-Non-polymers , 6 types, 224 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-DMS / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MET / | #6: Chemical | ChemComp-2EJ / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.73 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH range: 6.0-6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 17, 2011 |
Diffraction measurement | Details: 0.30 degrees, 4.0 sec, detector distance 350.00 mm |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Av R equivalents: 0.11 / Number: 225536 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 56721 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 7.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 2.045 / Rsym value: 0.692 / % possible all: 100 |
Cell measurement | Reflection used: 225536 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4EG8 Resolution: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.213 / WRfactor Rwork: 0.18 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 16.301 / SU ML: 0.167 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.234 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.62 Å2 / Biso mean: 44.8737 Å2 / Biso min: 17.84 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.65→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|