PDB-4mvx: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mvx

タイトル

Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-phenylurea (Chem 1356)

要素

Methionyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT OF ISOMORPHOUS STRUCTURE / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.

履歴

登録	2013年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2014年4月30日	ID: 3TUN
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4mvx.ent.gz	361.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4mvx_validation.pdf.gz	793.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mvx_full_validation.pdf.gz	799.3 KB	表示
XML形式データ	4mvx_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	4mvx_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mvwC 4mvyC 4mw0C 4mw1C 4mw2C 4mw4C 4mw5C 4mw6C 4mw7C 4mw9C 4mwbC 4mwcC 4mwdC 4mweC 4eg8S 4eg1 4eg3 4eg5 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eg1-2 4mw6-1 4eg7-1 4zt3-1 4mw1-1 4zt4-1 4mwe-1 4eg6-1 4eg3-1 5j5a-1 4mwd-1 4mwb-1 4eg3-2 5j59-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Methionyl-tRNA synthetase

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methionyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.058, 105.956, 206.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Methionyl-tRNA synthetase 分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Methionyl-tRNA synthetase

分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#5: 化合物	ChemComp-C13 / 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-phenylurea 分子量: 352.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉Cl₂N₃O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K PH範囲: 6.0-6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月17日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 10.0 sec, detector distance 419.68 mm
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.139 / 数: 259374
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 62918 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.139 / R_sym value: 0.139 / Χ²: 1.075 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.156 / R_sym value: 0.695 / % possible all: 99.5
Cell measurement	Reflection used: 259374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT OF ISOMORPHOUS STRUCTURE
開始モデル: PDB ENTRY 4EG8

4eg8

解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / WR_factor R_free: 0.244 / WR_factor R_work: 0.199 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 14.718 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2439	3189	5.1 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2013	62638	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 127.53 Å² / B_iso mean: 37.2497 Å² / B_iso min: 10.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.72 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8512	0	106	413	9031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	8877
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.081	1.961	12048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.706	3	19469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.426	5	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.082	23.457	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.948	15	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.727	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	9955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.088	2.349	4271
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.088	2.349	4270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.976	3.516	5336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.55-2.615	0.328	228	0.283	4238	4626	96.541
2.615-2.686	0.297	224	0.252	4251	4518	99.048
2.686-2.763	0.302	210	0.244	4129	4392	98.793
2.763-2.847	0.271	217	0.225	3999	4275	98.62
2.847-2.94	0.279	198	0.219	3856	4181	96.962
2.94-3.042	0.253	197	0.201	3738	3985	98.745
3.042-3.156	0.247	195	0.189	3645	3874	99.122
3.156-3.283	0.225	194	0.184	3521	3749	99.093
3.283-3.427	0.227	205	0.19	3354	3602	98.806
3.427-3.592	0.228	164	0.187	3197	3417	98.361
3.592-3.783	0.224	165	0.18	3056	3302	97.547
3.783-4.009	0.209	131	0.179	2915	3144	96.883
4.009-4.28	0.188	136	0.171	2753	2919	98.972
4.28-4.615	0.241	141	0.166	2596	2770	98.809
4.615-5.044	0.216	129	0.171	2377	2539	98.7
5.044-5.619	0.276	137	0.223	2098	2327	96.046
5.619-6.451	0.333	104	0.246	1906	2072	97.008
6.451-7.811	0.244	84	0.218	1645	1785	96.863
7.811-10.69	0.203	73	0.151	1313	1445	95.917
10.69-30	0.22	56	0.256	823	930	94.516

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6185	0.6611	0.5191	1.0535	0.4296	0.5474	-0.0505	-0.0059	0.0193	0.0559	0.026	-0.0209	0.0008	-0.0363	0.0245	0.2002	0.0142	-0.0761	0.0396	-0.0165	0.062	-2.198	13.253	53.187
2	0.6098	0.553	0.464	1.1034	0.4558	1.1486	-0.0493	-0.0888	0.1488	-0.0657	-0.0033	0.0021	0.0306	-0.2217	0.0526	0.0839	-0.0009	-0.0517	0.1397	-0.0136	0.1022	-27.336	-5.047	35.506
3	1.3724	-1.2196	1.0737	5.3686	-0.7049	1.2658	0.1608	-0.3536	-0.126	-0.0473	0.0945	0.4745	0.2902	-0.2316	-0.2553	0.0963	-0.0585	-0.0696	0.1528	-0.0013	0.1084	-30.621	-12.719	39.747
4	0.9714	0.4104	0.6278	0.2001	0.385	0.995	-0.1158	0.0796	0.0437	-0.0632	0.0589	0.0163	-0.1331	0.1259	0.0569	0.1735	-0.0062	-0.0252	0.1224	0.0014	0.0437	-31.063	-12.215	-10.737
5	1.652	-0.3892	-0.798	4.2842	-0.6879	0.9375	0.3032	0.0685	0.1032	0.1079	0.1792	0.5241	-0.1847	-0.2447	-0.4824	0.1215	0.0852	0.0408	0.1946	0.1695	0.3143	-61.344	-18.631	-10.745
6	0.6124	0.6564	0.3913	0.7703	0.2595	1.0202	-0.0065	-0.0806	-0.0131	-0.0627	-0.0436	-0.007	0.0405	-0.0511	0.0502	0.1025	-0.0021	-0.0148	0.1351	-0.0175	0.0777	-37.791	-22.601	-4.494
7	1.5725	0.1566	0.7556	0.6915	0.3232	0.5523	-0.1051	-0.0543	0.052	-0.0825	-0.005	0.1057	-0.1948	0.0398	0.11	0.1951	-0.051	-0.0608	0.1009	-0.0097	0.0738	-16.816	4.497	10.523
8	3.01	-1.5012	-0.3279	1.7174	0.1755	0.6845	0.2184	0.257	0.1206	-0.2575	0.067	0.0639	-0.1393	0.4423	-0.2854	0.088	-0.0964	0.0296	0.4063	-0.1469	0.124	-7.564	4.775	6.258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	238 - 545
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	546 - 736
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	737 - 768
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-4 - 351
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	352 - 403
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	404 - 546
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	547 - 735
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	736 - 767

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)