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- PDB-4mvw: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mvw
タイトルTrypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea (Chem 1433)
要素Methionyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / protein-inhibitor complex / Rossmann fold / translation / nucleotide binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43E / METHIONINE / methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Liu, J. / Zhang, Z. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2014
タイトル: Structures of Trypanosoma brucei Methionyl-tRNA Synthetase with Urea-Based Inhibitors Provide Guidance for Drug Design against Sleeping Sickness.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Wetzel, A.B. / de van der Schueren, W.J. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Liu, J. / Zhang, Z. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年4月30日ID: 3U1Z
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase
B: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,71617
ポリマ－123,0772
非ポリマー1,63915
水4,828268
1
A: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2919
ポリマ－61,5391
非ポリマー7528
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4268
ポリマ－61,5391
非ポリマー8877
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.066, 105.858, 206.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase


分子量: 61538.684 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 237-773 / 変異: K456A, K457R, E458A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 283分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-43E / 1-{3-[(3,5-dichlorobenzyl)amino]propyl}-3-thiophen-3-ylurea


分子量: 358.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17Cl2N3OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0-2.3 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0-6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
PH範囲: 6.0-6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 90.0 sec, detector distance 70.00 mm
放射モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.202 / 数: 290946
反射解像度: 2.901→50 Å / Num. obs: 43617 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rsym value: 0.202 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.901→3 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 2.058 / Rsym value: 0.831 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 290946

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 33.66 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å41.55 Å
Translation2.9 Å41.55 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EG8

4eg8


解像度: 2.901→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / WRfactor Rfree: 0.249 / WRfactor Rwork: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 25.502 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.713 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 2185 5 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1955 43364 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.51 Å2 / Biso mean: 43.0186 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.89 Å2-0 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8487 0 98 268 8853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0198818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0591.96311965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.702319322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.28951060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53623.483402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.478151454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5161558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7362.4844246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7362.4844245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3253.7245304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.901-2.9760.3191650.2832923315297.97
2.976-3.0560.3241670.2742919309499.741
3.056-3.1440.2871440.2612839300199.4
3.144-3.240.3121590.2282714287999.792
3.24-3.3450.2691450.2182668282599.575
3.345-3.460.2791260.2062600274099.489
3.46-3.5890.2451330.1982497264199.583
3.589-3.7340.2471350.1882407254999.725
3.734-3.8970.2061230.1722328246199.594
3.897-4.0840.2041090.1652237236099.407
4.084-4.30.231200.1532112224299.554
4.3-4.5550.204860.1532015210899.668
4.555-4.8620.22860.161938203199.655
4.862-5.240.247890.1741775187399.519
5.24-5.7220.261850.1831654175099.371
5.722-6.3690.298690.2141512159299.309
6.369-7.2990.279870.2091340143799.304
7.299-8.8110.19660.1711152122799.267
8.811-11.9550.161480.13193198998.989
11.955-300.255430.25561666898.653
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5556-1.5286-0.62912.82040.64891.4479-0.04840.0749-0.0812-0.09690.00560.10370.054-0.18040.04290.0647-0.01820.03240.051-0.00150.0278-2.705-13.4103-52.938
22.7655-0.7023-0.51351.73130.46382.59090.01530.1302-0.215-0.0748-0.04520.3088-0.0636-0.33750.02990.0368-0.00540.00040.09580.00110.0665-27.40488.9243-34.7723
32.72821.4329-1.019811.3624-12.849915.15491.0418-0.27490.43580.58510.19552.0103-0.5717-0.3158-1.23730.3861-0.0011-0.06760.5626-0.21892.1379-39.39212.3078-42.1648
42.2058-0.8832-1.1481.09380.29461.8574-0.1287-0.1373-0.11320.12470.07250.10950.1178-0.01550.05620.0704-0.0022-0.0010.04140.00350.0172-32.754613.817110.8542
50.5657-0.3875-1.201912.0718-1.11673.9582-0.26880.1521-0.4316-0.25150.37741.45661.2344-0.6675-0.10860.5305-0.1031-0.25860.71830.17041.1032-63.363514.697911.0755
62.5757-0.5874-1.07741.6670.59812.9004-0.0790.09910.0240.07370.0209-0.04810.0843-0.10030.05810.009-0.00120.00930.0083-0.00040.0333-37.664421.87894.2803
72.1733-0.399-0.85042.22550.38792.3597-0.0605-0.1449-0.36890.0783-0.01720.10430.30640.04230.07770.09310.03730.00280.06060.00980.0749-14.7158-4.1098-10.2503
82.5984-0.48344.80951.13321.391313.93290.5985-1.2193-1.1362-0.00560.73680.511.3664-1.1439-1.33530.7957-0.0629-0.2230.88470.5811.243-16.6384-17.1867-3.8721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A237 - 562
2X-RAY DIFFRACTION2A563 - 756
3X-RAY DIFFRACTION3A757 - 767
4X-RAY DIFFRACTION4B-4 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5B363 - 403
6X-RAY DIFFRACTION6B404 - 549
7X-RAY DIFFRACTION7B550 - 756
8X-RAY DIFFRACTION8B757 - 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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