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- PDB-4mpd: Staphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnB bound a-ketog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpd
タイトルStaphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnB bound a-ketoglutarate and NAD+
要素Putative ornithine cyclodeaminase
キーワードOXIDOREDUCTASE / siderophore / iron / L-Dap synthesis / ACEGA dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
2,3-diaminopropionate biosynthesis protein SbnB / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...2,3-diaminopropionate biosynthesis protein SbnB / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM) / Ornithine cyclodeaminase / Putative ornithine cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kobylarz, M.J. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Synthesis of L-2,3-diaminopropionic Acid, a siderophore and antibiotic precursor.
著者: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Takayama, S.J. / Rai, D.K. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8823
ポリマ－38,0731
非ポリマー8102
水1,35175
1
A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子

A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7656
ポリマ－76,1462
非ポリマー1,6194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area24170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.931, 61.931, 151.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative ornithine cyclodeaminase


分子量: 38072.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NEWMAN / 遺伝子: sbnB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NYS7, UniProt: A0A0H3K9Y6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAJ / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE (ACIDIC FORM)


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 0.2 M MgCl2, 29-33% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月18日
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax VHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→27.25 Å / Num. obs: 15508 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 4.5 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 27.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 1.115 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.146.90.4648111.046190.4
2.14-2.187.80.4358301.131196.4
2.18-2.228.20.447881.068190.7
2.22-2.268.10.4198161.101193.2
2.26-2.318.30.3667931.13188.7
2.31-2.378.20.3447891.118189.4
2.37-2.4280.3277781.187189.1
2.42-2.498.10.3097431.117183.8
2.49-2.567.80.2747421.126183.8
2.56-2.657.50.2627341.156183
2.65-2.747.30.2277091.267179.8
2.74-2.856.90.2037021.185178.5
2.85-2.986.50.176931.144176.8
2.98-3.1460.1426721.145174.8
3.14-3.335.70.0996711.134174.4
3.33-3.594.90.0776801.05174.5
3.59-3.954.20.0677441.06181.8
3.95-4.5240.0558801.075194.6
4.52-5.75.50.0499400.977198.2
5.7-508.10.0519931.048194.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.101→27.249 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / FOM work R set: 0.7943 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2658 1505 9.77 %RANDOM
Rwork0.2293 ---
obs0.2329 15406 85.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.14 Å2 / Biso mean: 34.1003 Å2 / Biso min: 15.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→27.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2513 0 54 75 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7013557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002459
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.472974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1009-2.16870.28191440.26321332147693
2.1687-2.24610.26561470.24911318146592
2.2461-2.3360.31441470.25781300144791
2.336-2.44230.30891350.26071264139988
2.4423-2.5710.26951310.24351224135583
2.571-2.73190.29161230.2721164128781
2.7319-2.94260.35251170.27611119123676
2.9426-3.23830.28731140.24731114122875
3.2383-3.70590.2191150.21471112122774
3.7059-4.66520.21921590.19181366152591
4.6652-27.2510.27691730.21291588176198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.62590.4307-2.07191.38360.192.6032-0.17830.46-0.12220.20060.0075-0.174-0.158-0.07320.14690.2646-0.0188-0.07360.25440.04670.1945-23.829222.7176-11.1396
21.19510.5641-1.61470.5235-1.31375.8302-0.0241-0.06660.45120.1545-0.1437-0.179-0.12591.3235-0.23350.3440.0005-0.07510.36790.05690.6061-17.464837.1148-3.494
34.8125-0.4976-0.14682.89150.40843.4030.0073-0.32670.37180.2509-0.0432-0.79880.04850.24220.01050.21110.0455-0.06080.2379-0.04370.3925-24.303228.32240.8709
43.72470.4370.25493.2522-0.06391.6543-0.0671-0.1171-0.32250.18740.10640.01950.1030.0632-0.04230.19550.0337-0.00160.1618-0.0130.1858-2.058917.4892-3.7425
53.6472.08694.11643.82413.25465.4206-0.1979-0.25050.4449-0.42530.04580.0951-0.9352-0.2530.19850.40830.0728-0.030.28650.00420.38350.378740.0122-6.4844
65.9268-0.86343.00194.1038-0.0834.30070.15750.82310.7393-0.8428-0.4238-0.2998-0.00020.74310.20660.3172-0.00550.03140.37220.03960.16911.857428.3628-19.1721
72.4581-1.0892-0.8953-0.26810.50950.55270.03110.33580.4762-0.0586-0.0736-0.01680.1416-0.12890.00550.2672-0.0251-0.01660.2840.06750.3474-24.881126.3609-10.1542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 36 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 74 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 115 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 116 through 253 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 283 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 301 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 302 through 336 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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