PDB-4mok: Pyranose 2-oxidase H167A mutant soaked with 3-fluorinated galacto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mok

タイトル

Pyranose 2-oxidase H167A mutant soaked with 3-fluorinated galactose (not bound)

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / FAD-BINDING / FLAVINYLATION / INTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes ochracea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Binding of Fluorinated Glucose and Galactose to Trametes multicolor Pyranose 2-Oxidase Variants with Improved Galactose Conversion.
著者: Tan, T.C. / Spadiut, O. / Gandini, R. / Haltrich, D. / Divne, C.

履歴

登録	2013年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mok.cif.gz	927.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mok.ent.gz	768.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/4mok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4moeC 4mofC 4mogC 4mohC 4moiC 4mojC 4molC 4momC 4mooC 4mopC 4moqC 4morC 4mosC 1tt0 2igo 3pl8 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fdy-1 1tzl-2 1tt0-d 3k4n-1 2ign-2 2igm-2 3k4k-1 3lsh-d 2igo-2 1tzl-1 4moi-1 2igo-1 4mor-d 3k4l-1 3k4c-d 4moe-d 4mol-d 3k4j-1 4mom-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

B: Pyranose 2-oxidase

C: Pyranose 2-oxidase

D: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

288 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.875, 102.295, 136.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / Pyranose oxidase 分子量: 70486.984 Da / 分子数: 4 / 変異: H167A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes ochracea (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル分子量: 546.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₅₀O₁₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THIS IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M MES, 50 mM MgCl2, 10% (w/v) monomethylether PEG 2000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9191 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月3日詳細: Oxford Danfysik/SESO two stage demagnification using two K-B pairs of bimorph type mirrors
放射	モノクロメーター: ACCEL fixed-exit double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9191 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.92 Å / Num. all: 216233 / Num. obs: 216233 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 30699 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→47.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 6.626 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21382	1066	0.5 %	RANDOM
R_work	0.17015	-	-	-
obs	0.17037	215167	99.83 %	-
all	-	215167	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.707 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.92 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18089	0	297	1793	20179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	18861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.901	1.965	25634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	31001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.135	5	2293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.306	24.502	893
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.493	15	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.02	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	2788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	20868
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3790

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2.003 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	169	-
R_work	0.267	30664	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3948	0.0089	-0.0417	0.3696	0.0243	0.313	-0.0007	0.0468	-0.0576	-0.0436	0.0127	0.036	0.017	-0.0096	-0.012	0.0843	0.0041	-0.0066	0.0669	-0.0044	0.0621	-21.9091	18.06	-65.7037
2	0.9493	0.7969	0.0748	1.5375	0.2976	0.5638	0.0229	-0.0501	0.1231	0.0147	0.0123	0.0642	-0.0233	0.0523	-0.0352	0.1016	0.0235	0.0047	0.1035	-0.0043	0.0715	-0.0993	27.3094	-52.7817
3	0.4737	0.1146	0.1894	0.4065	0.2027	0.5022	0.029	0.003	-0.0889	-0.007	0.0003	0.0551	0.0547	-0.0269	-0.0293	0.0662	0.0021	-0.0014	0.0461	-0.0027	0.0539	-19.3568	9.5663	-58.5467
4	0.3838	-0.1043	0.1383	0.4499	-0.1397	0.4083	0.0092	0.0006	-0.0026	-0.0245	0.0408	0.1168	0.0128	-0.0428	-0.05	0.0619	-0.0004	0.0028	0.0505	0.0202	0.0773	-31.4402	47.7985	-59.9498
5	2.0536	0.9425	0.6094	2.743	0.2618	1.5583	-0.0322	-0.0139	-0.2501	0.0545	0.0899	-0.1811	0.1341	0.09	-0.0577	0.0406	0.0085	0.0195	0.0982	0.0552	0.1218	-41.2985	45.8639	-49.8691
6	0.4494	0.0331	-0.0988	0.4819	-0.2852	0.5318	-0.0028	-0.0022	0.0737	0.0148	0.0357	0.036	-0.0559	-0.0025	-0.0328	0.0496	0.0076	0.0125	0.0304	0.009	0.0692	-27.935	57.8511	-54.3791
7	0.3071	-0.056	0.0872	0.4332	-0.1137	0.5759	0.0157	-0.0465	-0.0259	0.1276	0.0238	-0.0015	-0.0001	0.0011	-0.0395	0.1491	0.0027	0.0001	0.1039	0.0066	0.0061	-5.2776	27.2301	-9.5899
8	2.0368	0.5261	-0.131	1.5972	-0.1084	0.6593	0.0081	-0.1775	0.1251	0.134	0.0612	0.2754	0.1115	-0.0837	-0.0693	0.1657	-0.0002	-0.001	0.0952	0.0332	0.0603	-15.5266	4.4769	-20.6422
9	0.1742	0.1068	0.1911	0.3911	0.0889	0.7135	0.0017	-0.0335	0.0094	0.1015	0.0216	-0.0626	-0.0695	0.0846	-0.0233	0.1114	0.0048	-0.0213	0.0745	-0.0142	0.0199	3.132	28.7639	-15.5333
10	0.5203	-0.0905	0.1407	0.4521	-0.0713	0.4888	0.0042	-0.2797	-0.0877	0.2034	0.0746	0.1731	-0.0472	-0.1769	-0.0788	0.106	0.0246	0.0824	0.1826	0.0719	0.0806	-37.55	32.6051	-7.4364
11	2.3834	1.2947	0.5816	1.7829	0.0849	0.5878	-0.1027	-0.2836	-0.1428	0.2556	0.0686	-0.0944	-0.1364	-0.0716	0.0341	0.1913	0.0597	0.043	0.1258	-0.0103	0.058	-27.0487	58.2292	-15.8321
12	0.5586	0.1179	0.0827	0.5343	-0.2633	0.7108	-0.0253	-0.2659	-0.1116	0.1499	0.1138	0.2184	0.0004	-0.2553	-0.0885	0.0642	0.0439	0.0894	0.2095	0.1191	0.1435	-46.2686	32.4093	-13.0453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 341
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	342 - 461
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	462 - 618
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	44 - 427
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	428 - 460
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	461 - 618
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	45 - 392
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	393 - 461
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	462 - 618
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	46 - 388
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	389 - 461
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	462 - 617

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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