PDB-4mlb: Reverse polarity of binding pocket suggests different function of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mlb

タイトル

Reverse polarity of binding pocket suggests different function of a MOP superfamily transporter from Pyrococcus furiosus Vc1 (DSM3638)

要素

PF0708

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / lipid translocase / flippase / membrane protein

機能・相同性

: / : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / MATE family efflux transporter

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.349 Å

データ登録者

Malviya, V.N. / Nonaka, T. / Muenke, C. / Koepke, J. / Michel, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Inward-facing conformation of a multidrug resistance MATE family transporter.
著者: Zakrzewska, S. / Mehdipour, A.R. / Malviya, V.N. / Nonaka, T. / Koepke, J. / Muenke, C. / Hausner, W. / Hummer, G. / Safarian, S. / Michel, H.

履歴

登録	2013年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Structure summary
改定 1.2	2018年9月12日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.pH / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.3	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mlb.cif.gz	372.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mlb.ent.gz	305.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mlb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mlb_validation.pdf.gz	7.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mlb_full_validation.pdf.gz	7.8 MB	表示
XML形式データ	4mlb_validation.xml.gz	70.3 KB	表示
CIF形式データ	4mlb_validation.cif.gz	93.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4mlb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fhzC 6gwhC 6hfbC 3mktS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5noo-d 4723 3mvr-d 4n5c-1 4n5c-2 4iqq-d 2qk4-d 4pc0-d 3dl9-d 3usp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PF0708

B: PF0708

C: PF0708

D: PF0708

ヘテロ分子

232 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PF0708

C: PF0708

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PF0708

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: PF0708

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: PF0708

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.560, 94.548, 138.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PF0708 分子量: 52928.137 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: 化合物	... ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ペンタエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル分子量: 378.544 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂O₆
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10 mg/ml protein, 0.1 M ADA/NaOH, pH 6.5, 10 mM ytterbium chloride, 0.15% w/v OG-Se, 24% w/v PEG2000 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 1.17 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月26日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.17 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.349→47.27 Å / Num. all: 95646 / Num. obs: 95103 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.349→2.48 Å / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MKT

3mkt

解像度: 2.349→45.24 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	4737	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2026	-	-	-
obs	0.2041	95091	99.73 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.304 Å² / k_sol: 0.319 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1931 Å²	-0 Å²	-3.3073 Å²
2-	-	-2.2666 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.9265 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.349→45.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13621	0	761	327	14709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.794	19524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.736	5525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2308

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.349-2.3756	0.3034	126	0.2754	2922	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3756-2.4035	0.3213	181	0.2481	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4035-2.4328	0.2842	140	0.2454	3075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4328-2.4636	0.3074	171	0.2371	2943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4636-2.4961	0.2962	181	0.2355	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4961-2.5302	0.2994	133	0.2275	3001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5302-2.5664	0.2938	157	0.221	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5664-2.6047	0.2581	161	0.2142	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6047-2.6454	0.2801	150	0.2157	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6454-2.6888	0.2596	173	0.2232	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6888-2.7351	0.2887	152	0.217	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7351-2.7848	0.2553	162	0.2155	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7848-2.8384	0.2575	144	0.2067	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8384-2.8963	0.2466	181	0.2028	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8963-2.9593	0.2761	152	0.2046	2978	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9593-3.0281	0.2438	142	0.206	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0281-3.1038	0.2405	155	0.2051	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1038-3.1877	0.243	166	0.2051	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1877-3.2815	0.2386	172	0.205	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2815-3.3874	0.2379	133	0.2037	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3874-3.5084	0.2293	159	0.1927	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5084-3.6488	0.2011	200	0.1947	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6488-3.8148	0.232	107	0.1852	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8148-4.0158	0.2207	178	0.1889	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0158-4.2672	0.2006	213	0.1801	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2672-4.5964	0.2218	30	0.1825	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5964-5.0584	0.2294	242	0.191	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0584-5.7891	0.2756	240	0.2287	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7891-7.2887		0	0.2194	3235	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2887-45.2485	0.1481	236	0.1838	2974	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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