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- PDB-4mkc: Crystal Structure of Anaplastic Lymphoma Kinase Complexed with LDK378 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mkc
タイトルCrystal Structure of Anaplastic Lymphoma Kinase Complexed with LDK378
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase domain / phosphotransferase / ATP binding / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / Signaling by ALK / adult behavior / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / phosphorylation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / energy homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / hippocampus development / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heparin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / receptor complex / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : ...Glycine rich protein / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4MK / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Lee, C.C. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2014
タイトル: The ALK Inhibitor Ceritinib Overcomes Crizotinib Resistance in Non-Small Cell Lung Cancer.
著者: Friboulet, L. / Li, N. / Katayama, R. / Lee, C.C. / Gainor, J.F. / Crystal, A.S. / Michellys, P.Y. / Awad, M.M. / Yanagitani, N. / Kim, S. / Pferdekamper, A.C. / Li, J. / Kasibhatla, S. / ...著者: Friboulet, L. / Li, N. / Katayama, R. / Lee, C.C. / Gainor, J.F. / Crystal, A.S. / Michellys, P.Y. / Awad, M.M. / Yanagitani, N. / Kim, S. / Pferdekamper, A.C. / Li, J. / Kasibhatla, S. / Sun, F. / Sun, X. / Hua, S. / McNamara, P. / Mahmood, S. / Lockerman, E.L. / Fujita, N. / Nishio, M. / Harris, J.L. / Shaw, A.T. / Engelman, J.A.
履歴
登録2013年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3584
ポリマ－41,6161
非ポリマー7423
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.640, 57.650, 105.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細1/2-x, -y, 1/2+z

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要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 41615.500 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN residues 1072-1410 / 変異: S1281G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-4MK / 5-chloro-N~2~-[5-methyl-4-(piperidin-4-yl)-2-(propan-2-yloxy)phenyl]-N~4~-[2-(propan-2-ylsulfonyl)phenyl]pyrimidine-2,4-diamine / Ceritinib / LDK378 / セリチニブ


分子量: 558.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H36ClN5O3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.11 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月16日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→46.42 Å / Num. obs: 21666 / % possible obs: 99.5 % / Biso Wilson estimate: 32.51 Å2 / Rsym value: 0.09
反射 シェル解像度: 2.01→2.04 Å / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BUSTER2.11.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L9P

3l9p


解像度: 2.01→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9525 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9299 / SU R Cruickshank DPI: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1108 5.11 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1734 21717 99.74 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.0303 Å20 Å20 Å2
2--2.4807 Å20 Å2
3----7.511 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.229 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2385 0 50 175 2610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012523HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023431HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d871SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes369HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2523HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion318SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3107SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.11 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 131 4.74 %
Rwork0.2061 2634 -
all0.2083 2765 -
obs--99.74 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.4437 Å / Origin y: 10.288 Å / Origin z: -16.7468 Å
111213212223313233
T-0.1017 Å2-0.0112 Å20.0204 Å2--0.075 Å20.0122 Å2---0.0783 Å2
L0.9979 °2-0.4054 °2-0.1876 °2-1.0879 °20.3649 °2--1.3598 °2
S0.0214 Å °-0.1022 Å °-0.0074 Å °0.0473 Å °0.0692 Å °0.0271 Å °-0.049 Å °0.0837 Å °-0.0907 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|1093 - A|1401 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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