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Yorodumi- PDB-3tne: The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tne | ||||||
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Title | The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with the HIV protease inhibitor ritonavir | ||||||
Components | Secreted aspartic protease | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Aspartic Acid Endopeptidases / Catalytic Domain / Ritonavir / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information candidapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida parapsilosis (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Pachl, P. / Pichova, I. / Rezacova, P. | ||||||
Citation | Journal: J Enzyme Inhib Med Chem / Year: 2012 Title: The crystal structure of protease Sapp1p from Candida parapsilosis in complex with the HIV protease inhibitor ritonavir. Authors: Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Pachl, P. / Pichova, I. / Rezacova, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3tne.cif.gz | 256.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3tne.ent.gz | 218.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3tne.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/3tne | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 35865.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 63-401 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Candida parapsilosis (yeast) References: UniProt: B8YPM3, UniProt: P32951*PLUS, candidapepsin #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100-fold molar inhibitor excess, Cpr=20mg/ml; drops: 0.002ml protein + 0.001ml reservoir; reservoir: 0.1M MES pH 6.5, 30% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→42.055 Å / Num. all: 22587 / Num. obs: 22587 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.9 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→42.055 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 33.293 / SU ML: 0.348 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.403 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.209 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→42.055 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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