ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.7_650)精密化 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3KD2 解像度: 1.95→42.417 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1861 | 2296 | 5.04 % | thin shells |
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Rwork | 0.1456 | - | - | - |
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obs | 0.1476 | 45523 | 99.79 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.288 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.7791 Å2 | -0 Å2 | -3.1777 Å2 |
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2- | - | -0.4562 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0.3228 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.417 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5059 | 0 | 0 | 608 | 5667 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 5245 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.028 | 7112 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.685 | 1924 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.075 | 747 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 916 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.95-1.9924 | 0.2552 | 135 | 0.1744 | 2667 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9924-2.0387 | 0.2107 | 174 | 0.1586 | 2653 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0387-2.0897 | 0.2433 | 153 | 0.1459 | 2657 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.0897-2.1462 | 0.1944 | 116 | 0.1482 | 2712 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1462-2.2094 | 0.2153 | 115 | 0.1495 | 2698 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2094-2.2807 | 0.2031 | 162 | 0.1407 | 2686 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2807-2.3622 | 0.1956 | 185 | 0.1422 | 2643 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3622-2.4567 | 0.1918 | 114 | 0.1429 | 2709 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4567-2.5685 | 0.206 | 117 | 0.1486 | 2703 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5685-2.7039 | 0.1809 | 115 | 0.1472 | 2728 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7039-2.8733 | 0.1811 | 233 | 0.1464 | 2614 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8733-3.0951 | 0.1829 | 115 | 0.1404 | 2744 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0951-3.4064 | 0.1786 | 113 | 0.1462 | 2726 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.4064-3.8991 | 0.1592 | 113 | 0.1307 | 2780 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.8991-4.9112 | 0.1423 | 229 | 0.1187 | 2644 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.9112-42.4266 | 0.2264 | 107 | 0.185 | 2863 | X-RAY DIFFRACTION | 99 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.0064 | 0.0016 | 0.0033 | 0.0041 | 0.0004 | 0.0039 | -0.0026 | 0.0033 | 0.0078 | 0.0051 | -0.0058 | -0.0111 | -0.0066 | 0.007 | -0.0216 | 0.0238 | -0.013 | -0.0112 | 0.0303 | 0.0146 | 0.0259 | -6.7248 | 5.6928 | -18.9426 | 2 | 0.0137 | -0.0064 | 0.0068 | 0.0113 | -0.0075 | 0.0056 | 0.0031 | -0.0049 | -0.0023 | 0.0014 | 0.0014 | 0.0052 | -0.0017 | -0.0029 | 0.0006 | 0.0154 | -0.0036 | 0.0044 | 0.0065 | 0.0001 | 0.0078 | -44.292 | 16.4001 | -22.7176 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (CHAIN A AND RESID 25:348)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (CHAIN B AND RESID 26:348) | |
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