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- PDB-4me3: 1.8 Angstrom Crystal Structure of the N-terminal Domain of an Arc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4me3
タイトル1.8 Angstrom Crystal Structure of the N-terminal Domain of an Archaeal MCM
要素DNA replication licensing factor MCM related protein
キーワードREPLICATION / AAA+ / Zinc binding domain / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex / single-stranded DNA helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain ...mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / mini-chromosome maintenance (MCM) complex, chain A, domain 1 / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.794 Å
データ登録者Fu, Y. / Slaymaker, I.M. / Wang, G. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: The 1.8- angstrom Crystal Structure of the N-Terminal Domain of an Archaeal MCM as a Right-Handed Filament.
著者: Fu, Y. / Slaymaker, I.M. / Wang, J. / Wang, G. / Chen, X.S.
履歴
登録2013年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication licensing factor MCM related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5192
ポリマ－31,4531
非ポリマー651
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.460, 93.460, 56.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM related protein / minichromosome maintenance / MCM


分子量: 31453.480 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-262) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HK10
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 15% PEG400, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.9
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 315r1CCD
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.794→30 Å / Num. obs: 26333 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 22.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.299 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.794-1.8312.40.5413340.5641,2100
1.83-1.8612.40.42912880.6071,2100
1.86-1.912.40.36713070.6381,2100
1.9-1.9412.40.30113070.6651,2100
1.94-1.9812.50.23513030.7181,2100
1.98-2.0312.40.1812980.7771,2100
2.03-2.0812.50.17313210.8211,2100
2.08-2.1312.40.1413030.8931,2100
2.13-2.212.50.1213340.9691,2100
2.2-2.2712.50.11712861.1091,2100
2.27-2.3512.40.10413231.3191,2100
2.35-2.4412.50.09613121.4491,2100
2.44-2.5512.30.0913021.7681,2100
2.55-2.6912.40.0913161.9341,2100
2.69-2.8612.30.09113241.9641,2100
2.86-3.0812.30.08213082.291,2100
3.08-3.3912.10.07213342.5091,2100
3.39-3.8812.30.0613241.9331,2100
3.88-4.8812.20.04713351.5781,2100
4.88-3011.80.04113741.5121,299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.794→26.98 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8622 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 1981 7.64 %
Rwork0.1817 --
obs0.1844 25918 98.5 %
all-27899 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.6 Å2 / Biso mean: 28.5617 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.794→26.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 1 184 2228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032085
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7252809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.599795
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.794-1.83930.23031330.19621624175794
1.8393-1.8890.23531360.18441640177695
1.889-1.94460.21741340.19441687182197
1.9446-2.00740.21771430.17691672181598
2.0074-2.07910.24051460.18451728187499
2.0791-2.16230.22311420.17951695183799
2.1623-2.26070.22921400.1841709184999
2.2607-2.37980.21311390.17261732187199
2.3798-2.52880.22271450.17891728187399
2.5288-2.72390.21791390.18681711185099
2.7239-2.99760.23811440.193617371881100
2.9976-3.43070.2341440.187517381882100
3.4307-4.31940.17181400.165917551895100
4.3194-26.98260.22491560.185617811937100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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