[日本語] English
万見
- PDB-4mda: Structure of Mos1 transposase catalytic domain and Raltegravir with Mn -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mda
タイトルStructure of Mos1 transposase catalytic domain and Raltegravir with Mn
要素Mariner Mos1 transposase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RNase-H fold / DDD motif / recombinase / DNA transposition / DNA integration / transposon DNA / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-RLT / Mariner Mos1 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila mauritiana (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Richardson, J.M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Mos1 Transposase Inhibition by the Anti-retroviral Drug Raltegravir.
著者: Wolkowicz, U.M. / Morris, E.R. / Robson, M. / Trubitsyna, M. / Richardson, J.M.
履歴
登録2013年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Database references
改定 1.32014年5月7日Group: Other
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mariner Mos1 transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4464
ポリマ－26,8921
非ポリマー5543
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.580, 44.580, 209.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Mariner Mos1 transposase / Mos1 DNA transposase / Transposable element Mos1 transposase


分子量: 26891.555 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 211-345) / 変異: T216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila mauritiana (ハエ) / 遺伝子: mariner\T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7JQ07, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-RLT / N-(4-fluorobenzyl)-5-hydroxy-1-methyl-2-(1-methyl-1-{[(5-methyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)carbonyl]amino}ethyl)-6-oxo-1,6-di hydropyrimidine-4-carboxamide / RALTEGRAVIR, MK0518 / ラルテグラビル


分子量: 444.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21FN6O5 / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 22% w/v PEG4000, 100 mM Tris, pH 6.8, 5 mM manganese chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月12日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.6 Å / Num. all: 24487 / Num. obs: 24487 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F7T

2f7t


解像度: 1.7→41.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.191 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 1249 5.1 %RANDOM
Rwork0.1966 ---
obs0.1988 24377 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.66 Å2 / Biso mean: 19.7396 Å2 / Biso min: 6.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1706 0 34 158 1898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0521.9452487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91833904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2685208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96622.8100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69115321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6441518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2590.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8761.672817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8751.669816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.972.4911023
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 90 -
Rwork0.218 1641 -
all-1731 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る