PDB-4m7o: The crystal structure of a possible an iron-binding (periplasmic ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m7o

タイトル

The crystal structure of a possible an iron-binding (periplasmic solute-binding) protein from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228.

要素

Iron-binding protein

キーワード

Iron binding protein / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Iron-binding protein / Iron-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a possible an iron-binding (periplasmic solute-binding) protein from Staphylococcus epidermidis ATCC 12228.
著者: Tan, K. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m7o.cif.gz	113 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m7o.ent.gz	93.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4m7o_validation.pdf.gz	414.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4m7o_full_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示
XML形式データ	4m7o_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4m7o_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5joq-d 1mml-d 2hqb-d 4ns5-d 4unf-d 3vty-2 4gwr-d 1ugn-d 5xw7-5 1kvd-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111130

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Iron-binding protein

31.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.052, 48.173, 44.916
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.74, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Iron-binding protein / periplasmic solute-binding protein 分子量: 31736.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_0383 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8CQ54, UniProt: A0A0H2VHB1*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Iron-binding protein / periplasmic solute-binding protein

分子量: 31736.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 12228 / 遺伝子: SE_0383 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q8CQ54, UniProt: A0A0H2VHB1*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5 詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M MES:NaOH, 30% (v/v) PEG400, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97938

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日 / 詳細: Mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97938	1

反射

解像度: 2.02→35 Å / Num. all: 20707 / Num. obs: 20707 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 867 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.02→34.72 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2268	1060	5.13 %	random
R_work	0.1804	-	-	-
all	0.1827	20669	-	-
obs	0.1827	20669	96.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→34.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2012	0	0	80	2092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	2745
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.215	784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	312
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	355

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0198-2.1117	0.3302	124	0.2742	2119	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1117-2.2231	0.2789	129	0.2401	2368	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2231-2.3623	0.2944	138	0.222	2470	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3623-2.5447	0.2728	126	0.2115	2501	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5447-2.8006	0.2342	138	0.201	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8006-3.2056	0.2603	139	0.1995	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2056-4.0378	0.1981	128	0.1599	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0378-34.7254	0.1827	138	0.1462	2569	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7893	-0.5546	-0.8349	3.0153	-1.0889	2.036	-0.125	-0.1666	0.3973	0.0329	0.1551	-0.3554	-0.1142	0.0408	0.0604	0.2622	0.0006	-0.0086	0.1927	-0.009	0.2802	40.4075	22.6226	30.6126
2	8.0847	1.0099	1.6788	4.3348	0.5285	4.1701	-0.1928	0.9601	-0.6951	-0.3713	0.2877	-1.1482	0.0822	0.4768	0.0164	0.3829	0.006	0.1231	0.4246	-0.0215	0.5617	47.3886	12.5716	23.8661
3	6.3647	0.1286	0.1033	2.7136	0.4221	2.9723	-0.1727	-0.377	-0.8028	0.3646	-0.006	-0.3154	0.4575	-0.0761	0.1957	0.4026	-0.0053	0.006	0.2138	0.0835	0.2879	36.7596	11.1799	35.7567
4	4.1181	0.8112	1.9354	2.6552	0.1151	1.7455	-0.2737	-1.0015	0.5826	0.6857	-0.1835	0.5241	-0.2696	-0.2459	0.4427	0.4604	0.0547	0.0211	0.6018	-0.2542	0.2525	23.8921	26.8774	42.0652
5	6.7131	-4.6705	-3.4423	7.5186	3.6187	5.1396	-0.2378	-0.3852	0.189	0.2334	-0.2161	1.0255	-0.076	-0.6392	0.3996	0.2566	-0	0.0114	0.3577	-0.1418	0.5701	9.1541	12.5953	25.0509
6	4.2983	-0.1113	1.2563	5.6965	1.8484	3.4686	0.1335	-1.082	0.1844	0.4499	-0.2417	0.8097	-0.0936	-0.2273	0.0889	0.2731	-0.02	0.0665	0.5324	-0.0622	0.5115	11.8944	11.3545	33.1774
7	2.3267	-0.2081	1.6576	3.3231	0.932	3.5732	0.1964	-0.2319	-0.9256	-0.2159	-0.0577	0.4701	0.1901	-0.1494	0.0903	0.2793	-0.0165	-0.0412	0.3153	-0.0856	0.5675	6.7998	3.402	22.4259
8	5.6143	1.4455	0.4743	3.2449	0.059	3.8186	0.0949	0.4633	0.2185	-0.4843	-0.1487	0.6247	-0.2448	-0.0166	0.0274	0.3524	0.0354	-0.1125	0.3207	-0.0562	0.4813	9.6983	15.2178	15.3318
9	1.5608	0.4688	0.422	1.6576	-0.4097	3.406	-0.2361	0.3853	-0.2925	-0.2753	-0.3844	1.0175	-0.4903	-0.9974	0.8207	0.3719	0.0357	-0.1481	0.5112	-0.1583	0.8184	0.3171	13.95	16.728
10	6.9745	3.334	6.0473	1.5937	2.892	5.2341	-0.2081	0.4609	0.5271	-0.0771	0.0684	0.3728	0.0763	0.3437	0.1663	0.3152	-0.0375	-0.0317	0.3713	0.0055	0.318	21.3766	19.8583	25.2671
11	3.692	2.436	4.4448	5.4933	1.21	6.3326	-0.1171	0.4035	1.5963	-0.7096	-0.5462	1.063	0.1317	0.1167	0.7031	0.3317	0.0357	-0.016	0.4455	-0.1427	0.5769	13.5227	25.0895	28.9415

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 37 through 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 149 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 150 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 171 through 193 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 194 through 217 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 218 through 229 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 230 through 251 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 252 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 266 through 280 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 281 through 294 )

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