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- PDB-4m7d: Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4m7d | ||||||
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Title | Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU | ||||||
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Function / homology | ![]() mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA. Authors: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 444.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 365.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4m75C ![]() 4m77C ![]() 4m78C ![]() 4m7aSC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7 types, 14 molecules AHBICJDKELFMGN
#1: Protein | Mass: 10722.324 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K17L,C22S,I38L,C51S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / Production host: ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 11161.822 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C45S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / Production host: ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 10007.131 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C37S,C63S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / Production host: ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 9406.579 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM6, YDR378C, D9481.18 / Production host: ![]() ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 10432.954 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM5, YER146W / Production host: ![]() ![]() ![]() #6: Protein | Mass: 13027.045 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / Production host: ![]() ![]() ![]() #7: Protein | Mass: 10627.117 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-RNA chain / Non-polymers , 2 types, 92 molecules OP![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: RNA chain | ![]() Mass: 2442.425 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: RNA oligo is synthesized by TAKARA #9: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.17 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100mM Sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 27, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.595→40 Å / Num. all: 41994 / Num. obs: 41448 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
Reflection shell | Resolution: 2.595→2.69 Å / % possible all: 95 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 4M7A Resolution: 2.595→34.184 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.72 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.081 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.595→34.184 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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