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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m7d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lsm2-8 complex bound to the RNA fragment CGUUU | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Sm Like Fold / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN-RNA complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / P-body assembly / spliceosomal tri-snRNP complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / maturation of SSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / 核小体 / RNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.595 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA. 著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m7d.cif.gz | 444.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m7d.ent.gz | 365.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN
#1: タンパク質 | 分子量: 10722.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K17L,C22S,I38L,C51S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47093 #2: タンパク質 | 分子量: 11161.822 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203 #3: タンパク質 | 分子量: 10007.131 Da / 分子数: 2 / 変異: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743 #4: タンパク質 | 分子量: 9406.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM6, YDR378C, D9481.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406 #5: タンパク質 | 分子量: 10432.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089 #6: タンパク質 | 分子量: 13027.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905 #7: タンパク質 | 分子量: 10627.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070 |
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-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 92分子 OP
#8: RNA鎖 | 分子量: 2442.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligo is synthesized by TAKARA #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 5mM MgCl2, 8mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.595→40 Å / Num. all: 41994 / Num. obs: 41448 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 2.595→2.69 Å / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4M7A 解像度: 2.595→34.184 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.081 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.595→34.184 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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